阔别师父十五年，剑心终於又见到了教他飞天御剑流的师父﹣比古清十郎。清十郎是唯一全部习得飞天御剑流的人，也是现阶段飞天御剑流的继承人。十五年前幕末乱世，剑心不忍看着人们受战乱之苦，在最後的精髓尚未练成前便下山去救助人们；十五年後为了对付志志雄真实，再度回师门求教。小薰和弥彦亦来到山上，见到了剑心，再度重逢，剑心忧喜参半，担心二人之安危。