剑心习得飞天御剑流的精髓天翔龙闪，却将师父比古清十郎杀成重伤，剑心急忙找出以前师父为他疗伤的药方替师父疗伤，却不知是否能救回师父性命。第二天，清十郎终於醒来了，而且看起来并无大碍，原因并不在药方，而在剑心使用的逆刃刀真打，由於赤空的精心设计，使得这把刀在使用时会削弱用剑者的力道，才挽回清十郎的性命，剑心告别师父下山欲铲除志志雄等人。而志志雄这方面也集结了十本刀的九位高手，准备放火烧掉京都，也烧掉以前残害他的维新志士。