剑心和小薰等人终於回到东京神谷道场，过着和以前一样平静安和的日子，弥彦还是勤於习剑，左之助依然在这里当食客混饭吃，当然免不了要做些杂活。然而因为长久的旅行，小薰几乎已是身无分文，於是拜托剑心去河边钓鱼回来当晚餐。剑心到了河边遇见一位隐士剑客，听他谈起「祈愿萤火虫」的故事，有个女孩对着萤火虫祈愿，希望她的心上人能早日放下屠刀回到她身边。21年後，男子回来了，然而女孩却在一年前死了。