歹徒入侵风华宫，国王和王后被杀死，襁褓中的公主下落不明。国王的乙HiME蕾娜身负重伤的情况下救走一个婴儿，“活下去……”让婴儿顺流而下后，蕾娜独自面对敌人。“大名鼎鼎的苍天之青玉在失去乙HiME的能力后就如此不堪一击吗？”面对敌人嘲笑，失去乙HiME的力量的蕾娜毫不退缩。婴儿身上的苍天之青玉闪出耀眼的光芒。十四年后，怀着成为乙HiME的梦想，14岁的少女爱莉卡来到了培养乙HiME的加尔德罗贝学园所地温德布卢姆市，并遇到今后将在她生命中扮演重要角色的在学园中排名珊瑚No.1的尼娜、尼娜的养父阿尔塔公国的谢尔盖、任性公主真白。为了击退要杀害真白的希巴鲁兹Slave，尼娜与真白订立暂时契约与之战斗，但仍然不敌。关键时刻五柱之一的娇嫣之紫水晶静留、学园珍珠No.1的茜出现救了三人，静流的帅气表现让爱莉卡更加坚定了成为乙HiME的决心。然而谢尔盖、学园长夏树惊奇的发现爱莉卡身上竟然佩戴着苍天之青玉！