发现史黛拉受伤之后，真立即带着她返回密涅瓦号进行救治。他的所为令密涅瓦号的众人为之大吃一惊。在经过随舰医生检查之后，发现史黛拉有可能是联合军的强化人，其身体经过了基因操作，并且数据相当接近罗德尼亚研究所；而就连记忆也被进行了人为的操作。经过短暂的治疗，史黛拉醒了过来。但是由于强化药物的影响，她对于真的记忆已变得相当模糊。另一方面，大天使号上的拉克丝决定回PLANT看看情况。由巴尔特菲尔德陪同，真正的拉克丝利用了正在ZAFT基地巡回演出的假拉克丝的“拉克丝身份”，抢先一步登上了穿梭机。虽然其后发现了“真相”的ZAFT军进行了追击，但由于驾驶自由高达的基拉的保护，穿梭机安然无恙。在基拉的注视中，拉克丝搭乘的穿梭机顺利地飞向宇宙。C.E.73年10月2日，奥布联合酋长国首相卡嘉莉·尤拉·阿斯哈来到L4的殖民卫星阿莫利万，决定与PLANT的杜朗达尔议长举行机密会谈，与其同行的还有隐姓埋名的阿斯兰·萨拉；而就在同一个地方，ZAFT军的新型战舰“密涅瓦号”的入水仪式也即将进行。一派轻松的气氛下，“密涅瓦号”所属的真也与同事尤兰等人上街闲逛，并偶遇秘密潜入阿莫利万的地球联合军特务部队所属成员——史黛拉·露歇，但双方并不知道彼此的真实身份。就在入水仪式即将举行的时候，阿莫利万的MS格纳库遭到了地球联合军特务部队的突然袭击，ZAFT军所开发的三架最新型高达也被夺走。ZAFT的MS部队损失惨重，而卡嘉莉和阿斯兰也陷入危险之中。就在这危急时刻，飞鸟真驾驶剑装备型脉动高达挡在三架高达的面前。