小智在前往映雪市途中遇上三平和甲贺忍蛙，三平并邀请小智一行人参加忍者村的祭典。他们第一次到访忍者村，认识了三平的兄长一平和二平，并和村民交流。但此时忍者村突然被神秘的忍者军团袭击！