为救出被掳走的首领，小智和三平追着神秘的忍者军团。敌人的头目景友和三平的兄长一平单挑，而小智和三平则与景友的手下对战。在激烈的对战中，小智的呱头蛙突然出现变化，连小智身上亦出现神奇的现象！