装者和炼金术师对峙的舞台转移到日本。私立莉迪安音乐院的第二学期开始了，尚未完成的暑假作业，还有为克莉丝担忧的响，这些心事在其表情一一浮现。带着巴贝尔德政府持有的机密资料，稍晚回国的翼和玛利亚遭到卡里奥斯特罗和普雷拉蒂的袭击。虽然因为敌人的“热烈欢迎”，所乘搭的特别飞机被击毁了，但箱子里的机密资料勉强得以保住。圣日耳曼启动安蒂基西拉（Antikythera）的齿轮，让自律人偶·缇姬苏醒。这时电话铃声急切地响起，话筒的另一头是巴伐利亚光明结社的统制局长亚当·怀斯豪普特。炼金术师们再次袭击装者，派出能够制造出虚拟空间的Alca-Noise，将响、翼、克莉丝三人围困。响她们则使用IGNITE模块突破困境。