降落在地球上（新奥尔良、北京、莫桑比克、东京）的扬陆城利用导弹压制了地球通信光缆和通信卫星的同时，火星的铁甲骑兵的攻击也同时展开。开始反抗的地球联合军铁甲骑兵在拥有aldnoah引擎的火星铁甲骑兵面前不堪一击。另一方面，前往避难的伊奈帆遇见了不可思议的少女（实为火星艾瑟依拉姆公主利用光学迷彩变身）。此时，库鲁特欧的杨陆城中的托尔兰前往新芦原市进行暗中灭口（消灭潜伏的火星间谍）的计划。然而由于界冢雪和鞠户孝一郎的活跃没有达成目标，火星间谍的女儿莱艾・阿里亚修被界冢雪救下，送入伊奈帆所在的运输车内。由于托尔兰的攻击界冢雪的机体损伤严重倒在运输车上，其后伊奈帆的同学箕国起助为了营救机体中的界冢雪而被托尔兰所杀。但是运输车最后还是逃入隧道暂时躲过一劫。伊奈帆决定和同学一起反击火星机甲。