三人回到2007年9月2日，追兵也同时抵达。迦瓦鲁因为肚子饿，在雅美打工的店门口看里面的食物被雅美当作偷窥狂而叫来警察。三人终于在警局吃到了东西，随后还把三人送到他们租的屋子那儿，结果房东就是雅美的妈妈。

三人进入皇树学校就读，见到了夏芽和柳子。迦瓦鲁打败了追兵。

三人发现学校里在隐蔽处都装了摄像头以掌控学生的行动。雅美怀疑迦瓦鲁，按理凡是进入皇树学院的人都有自己擅长的科目，而迦瓦鲁没有好像擅长算数，龙擅长生物学）。又出现了一个Generator，迦瓦鲁迎战，却被雅美看到他惊人的弹跳能力，浩司便说迦瓦鲁是在进行秘密训练

龙因为自己给迦瓦鲁造成的伤害而自责。他也终于见到了根笠博士，然而说服未果

最搞笑的一话。这话中，柳子阐述了生命的“真谛”：为了保存遗传基因。迦瓦鲁还当着许多人的面变身为Generator。柳子问雅美：如果迦瓦鲁不是人类，你还会爱他吗？雅美仔细考虑会回答：会。

迦瓦鲁变身后的样子被雅美和夏芽看到，结果新闻报道说是只猩猩。这一话中，迦瓦鲁第一次见到カナエ。

大伙去公共浴室洗澡，回去时发现Generator，迦瓦鲁设计离开，雅美为了证实心中的疑问，返回去，看到了之前被说成猩猩的Generator，迦瓦鲁却打死不承认。迦瓦鲁受伤失踪，雅美担心极了。

这话主要是回忆，龙回忆未来的事。

三人失踪，雅美担心不已，同时迦瓦鲁昏迷不醒。浩司和龙再次找到根笠，柳子让三人看到被“绑架”的迦瓦鲁，同时根笠也为自己的内细胞理论竟有如此可怕的威力而几近崩溃。

柳子决定让夏芽去杀死三人，カナエ明知道夏芽踏上不归路却没有阻止。夏芽下不了杀手，又不能背叛柳子，留下遗言后选择了自爆。三人寻夏芽到了柳子那儿，カナエ已经在那等候了，カナエ让三人到根笠的研究室去，三人在那儿发现了夏芽的遗书。迦瓦鲁因为夏芽的死而暴走。

暴走的迦瓦鲁和前来追杀他的Generator在都市引发激战，导致恐慌。雅美追寻而至要求浩司和龙说出真相。カナエ终于摘下眼镜带着博士出现在浩司，龙和雅美面前，决定性的时刻到来。

迦瓦鲁被柳子打得惨败，失控开启时空之门。眼看历史就要重演，カナエ和根笠为了给浩司、龙和雅美争取唤醒迦瓦鲁的时间，迎战柳子。　　最后一切恢复正常，三人也留在了这个时代。