虎杖悠仁是一位体育万能的高中生，某天他为了从“咒物”危机中解救学姐，而吞下了被诅咒的手指“两面宿傩之指”，让“宿傩”这种诅咒跟自己合而为一。

虎杖醒后，面前的咒术高专老师五条悟告诉自己“秘密执行死刑”已经决定了，但五条告诉虎杖有两个选择，要么现在就死，要么把20根“两面宿傩的手指”全部找齐后再死——。

虎杖、伏黑和五条在接完第3名高中一年级学生钉崎野蔷薇后，来到了一栋废弃大楼。五条告诉虎杖和钉崎前去进入废弃建筑里面把诅咒拔除掉即可完成课题。建筑内部，钉崎在与虎杖兵分两路后，与将小孩当成人质的狡猾咒灵对峙了起来。

由于少年院发生了紧急事故，虎杖、伏黑、钉崎被派去前往该处。任务是在解决掉等级已经达到特级咒灵的咒胎的同时寻找并救出仍然活着的生还者。

逃到少年院外面的伏黑感受到了特级咒灵的死亡，然而就在下一刻，两面宿傩突然来到了他的面前，并掏出了虎杖的心脏以此作为人质。

五条因为虎杖的死而感到不甘。因为同伴的死而感到心情沉重的伏黑和钉崎为了变得更强而和高二的前辈们开始了特训。另一方面，夏油他们也开始了行动。这时应该已经死了的虎杖却...。

移动中的五条突然遭受到了特级咒灵“漏瑚”的袭击，以重视进攻来决定胜负的漏瑚，即将见识到五条有多么强大。

正在为交流会而进行着特训的钉崎和伏黑遇上了咒术高专京都分校的禅院真依和东堂，两人来势汹汹地前来找茬，伏黑被东堂用胳膊推开，另一边因为对真依的话感到厌恶，钉崎随即与真依的战斗一触即发...。

从高中逃学到电影院的吉野顺平亲眼目击到了同年级学生身体变形而死亡的惨状，为了抓住“犯人”，吉野顺着声音的方向跟了过去。然后，来到变成案发现场的电影院的虎杖与1级咒术师七海建人遇上了2只咒灵。

虎杖和伊地知对吉野进行着调查作战，随后靠低级咒灵袭击吉野时候的反应来确认是否有问题的作战失败了。另一方面，七海正在与真人在地下水道互相交锋。