为了解开“拉帝安”的谜团，赛特展开了崭新的冒险旅程。他的目标是魔法师骑士团之都.卡斯兰马林。赛特乘坐在阿鲁玛的飞行船上，与阿鲁玛及成为阿鲁玛助手的波斯曼、吉吉一起朝向希凡提尔大陆飞行。另一方面，异端审问官队长.德拉古诺夫在多尔克将军的命令下造访了异端审问所的圣地。德拉古诺夫虽然已经做好接受处刑的觉悟，然而……

在与阿鲁玛道别后，赛特独自降落至希凡提尔大陆。在那里，他与为寻求大陆资源而来到这里的商人男爵集团意外接触。身为魔法师的赛特被他们视为敌人，并且在商人男爵们的猛烈攻势下陷入了绝境。在古利姆的帮助下，赛特总算顺利脱逃。不久后，赛特终于抵达了城市。看见魔法师与非魔法师们和平共存的模样、以及眼前受到众人仰慕赞扬的魔法骑士，赛特不禁大开了眼界。

赛特与梅莉及杜克再次重逢，然而梅莉的态度却显得十分冷淡，并且默默地从赛特眼前离去了。赛特为了寻找拉帝安的线索而来到城内，结果却吃了闭门羹。正当赛特伤透脑筋时，眼前出现了一位自称是米尔的怪异老人。米尔带着赛特来到了魔法师骑士团的厩舍。在厩舍内，赛特遇见了正准备出击歼灭涅梅西斯的魔法骑士志愿者少女奥可霍。被奥可霍误认为新人的赛特就这样被带往战场……

赛特想要保护被战斗破坏得一团糟的田地中的作物。对赛特感到敬佩不已的奥可霍和他合作使出了防御魔法，然而之后奥可霍却因为违反命令而遭受指责。不过，女王布蒂卡对奥可霍像传说中的魔法师马林般保护大地的行动赞赏有加。根据农民们的说法，自从史佩克托尔.涅梅西斯出现之后，就开始有垂着脑袋的妖精.杜拉罕在夜晚出没……

梅莉冷漠地拒绝了造访旅馆登门道歉的赛特。赛特不希望自己无法控制的力量伤害到自己的伙伴因而选择独自踏上了旅程；而梅莉则是希望能以伙伴的身份获得赛特的信赖，两人的想法恰恰相反。之后，奥可霍拜托无处可去的赛特协助她一起锻炼。做为交换条件，奥可霍表示愿意帮她在城堡内调查拉帝安的情报。赛特虽然对于结交伙伴感到犹豫，不过……

由于奥可霍调查拉帝安迟迟没有进展，于是赛特决定自己一个人潜入城堡的书库。然而，赛特明明应该是第一次来到这里，但他却在梦境中看过城内的模样。他沿着在梦境见过的信道前进，并且抵达最深处。那里出现了涅梅西斯和一位神秘的青年。青年看见赛特的角后大为惊恐，并且将赛特关在防护罩之中。然后，被抓住的赛特的所有行动，全都和袭击地面的史佩克托尔.涅梅西斯同步了……

拥有赛特外型的涅梅西斯在地面上出现了，而这正是潜伏在城堡地下的神秘男子搞的鬼。他就是让史佩克托尔.涅梅西斯出现的幕后黑手。潜入城堡地下的赛特遭受到涅梅西斯的攻击而丧失了意识、被封闭在不可思议的世界中。在赛特的意识世界之中，赛特开始回顾自己过往的记忆。然而，因为某些原因，导致赛特在失控的状态下苏醒了。

认识彼欧东的神秘男子对失控的赛特感到畏惧，于是将他轰出至城堡之外。梅莉等人为了找寻音讯全无的赛特，沿着幻想的痕迹进入了据说一旦进去就再也无法出来的凯鲁多森林之中。穿越不可思议的森林，梅莉等人与将赛特藏匿以来的米尔及米尔的妻子吉儿相遇。困在意识的世界“席多”之中无法脱身的赛特害怕自己的力量，不愿离开这里……

奥可霍和梅莉因为在不久前的战斗中做出违反命令的行动而遭到指责。不过，莫德雷德向女王进言、指出一切都是源自于布朗葛瓦尔指挥上的过失，使得奥可霍和梅莉因此得救了。另一方面，赛特为了控制住自己的力量，留在凯鲁多森林持续进行修行。在米尔与吉儿的帮助下，赛特学会了与幻想之间进行调和的方法。然后，赛特开始试图驾驭自己体内的黑暗，然而……

魔法师骑士团在布朗葛瓦尔卿与葛里斯卿的指挥下动身前往讨伐出现在农地的涅梅西斯。然而，却只有奥可霍一个人察觉到那其实是涅梅西斯的集合体.艾可涅梅西斯。艾可涅梅西斯分裂成无数的个体、并开始四处破坏。奥可霍虽然向骑士团呼救，但声音却无法传达到他们耳中。在无计可施的情况下，奥可霍决定再一次违背命令。然后，奥可霍使出了强力的吉索尼，从布朗葛瓦尔卿手中夺去了骑士团的指挥权……

赛特如今仍然无法控制失控时的自己。他虽然使尽全力试图抑制，却反被遭到吞噬而陷入危机。但是，赛特在这时感受到自己至今相遇的伙伴们之间的连系，并在此时领悟将力量用于创造、而非破坏方面的方法。赛特了解到只要自己能正确运用孕育生命的力量，或许能让过去充满妖精的世界再次复活。于是，米尔决定将希望托付给赛特。

在册封仪式将至，街上充满了热闹的气氛，但奥可霍这时瞒着其他人独自外出了。长久以来就一直对她的行动感到怀疑的布朗葛瓦尔卿对奥可霍展开了袭击。梅莉出手阻止了布朗葛瓦尔卿，但难以置信的是，奥可霍刚才竟然打算召唤史佩克托尔.涅梅西斯。赶到现场的赛特阻止了失去理智的奥可霍，然而奥可霍恢复神智后却什么也不记得了。事后，一行人得知奥可霍是受到了某人的操控。而那个犯人究竟是……？

控制奥可霍的人就是莫德雷德。莫德雷德告诉奥可霍女王布蒂卡正是与充满谜团的可疑组织“隐士信徒”勾结的谋反者。如今奥可霍已经不晓得到底该相信什么了，这个时候，她因为赛特的一番话而下定了决心。到了册封仪式当天，奥可霍在众人面前向女王提出质问，并将魔法骑士之中有谋反者存在的真相公诸于世。

册封仪式被迫中断。女王布蒂卡拒绝异端审问，展开彻底抗战。魔法师骑士团因为突然无法使用魔法而陷入危机中。另一方面，潜入城堡内的赛特和迪亚巴尔再度相遇。迪亚巴尔表示他和赛特的关系就像兄弟一样。然后，杜克在城堡的书库发现了真实之书，然而……

迪亚巴尔为了逃离彼欧东的追赶，同时为了守护藏身之处而与“隐士信徒”携手合作。赛特透过意识的空间“席多”得知地上陷入了战争状态。当他连忙赶回地上时，却发现梅莉已经被德拉古诺夫捉去当成诱饵了。另一方面，奥可霍发现莫德雷德等人居然降落在商人男爵的船上。

莫德雷德没有身为人的感情。他是为了引发终将到来的混乱，在父亲的指示下于年幼时潜入卡斯兰马林的。他的父亲杜桑男爵道出了他真正的目的。在地面上奋战的女王布蒂卡虽然试图将幻想无效化的装置破坏，最后却还是倒下了。奥可霍被捕，而萨格拉墨也开始与他的儿时玩伴莫德雷德刀剑相向。

多尔克将军告诉德拉古诺夫，表示本次行动的目的是要捉拿赛特，军事介入并非这次计划的本意。然而成功捉拿赛特后，异端审问所却还是派出了军舰对卡斯兰马林展开攻击。德拉古诺夫为了阻止战争，决定违背命令。赛特则与阻却了他的去路的桑德里展开了战斗。这个时候，有一名神秘的战士突然降临至战场上。

神秘的战士的真实身份是躲藏在铠甲中的杜克以及“记忆之石”。战士为了拯救女王疾驰于战场，但却遭到拥有石化能力的维洛奴阻饶。另一方面，赛特与桑德里展开了决战。渴望享受战斗欢愉的桑德里试图让赛特失控，但却引爆了赛特的怒火。奥可霍对上杜桑、梅莉对上莉洁洛蒂，三个人的怒火同时爆发了。

被奥可霍逼入绝境的商人男爵们终于露出了本性。眼看这场战争即将步入尾声时，异端审问官乌尔米娜因为失去了桑德里，决定进一步朝森林投入哈莫尼乌姆以做为报复。幻想逐渐消失，受到乌尔米娜的强大奇迹操纵的士兵们也逐渐逼近城墙。赛特赶至森林后，出现在眼前的是陷入绝望的米尔。

陷入绝望的米尔为了破坏一切开始四处大闹，赛特也随着米尔的怒火而失控，并且被乌尔米娜捉住了。在这空前绝后的危机当中，奥可霍向陷入绝望的女王布蒂卡提问其身为女王的资质。受到奥可霍的鼓励而重新振作的女王为了破坏哈莫尼乌姆再度站了起来。另一方面，梅莉在德拉古诺夫与古利姆的协助下终于成功夺回了赛特。恢复理智的赛特为了阻止失控的米尔决定挺身而出。

赛特发现了吉儿留下的孩子，并阻止了米尔的失控。米尔在新生命的面前重新找回了希望。在这场战争过后，德拉古诺夫对异端审问所的正义产生了疑问，为了当面向多尔克将军问个清楚，他决定要返回本国波姆。漫长的战争结束后，卡斯兰马林的人民齐聚一堂。女王布蒂卡当众宣示要废除旧有的陋习，并任命新一任的女王人选。