小林少年在直到升入初中二年级的今天为止，都未曾感到过活着的喜悦。这和死亡没有什么区别。某天，他在变得七零八落的尸体前醒来。那竟然是被杀害的担任教师。小林少年首当其冲被警察怀疑，并被当做嫌疑犯遭到逮捕。由于证据不足而被释放的小林少年，前往拜访了明智侦探。他是年仅17岁就得到政府许可证的少年侦探。今时此地，围绕着神秘的“人间椅子”，小林少年和明智侦探的推理开始了。

小林少年被释放，但学校的人对他的目光发生了变化。所有人都在怀疑小林少年。尽管如此，只有朋友羽柴君一个人相信着小林少年并维护他。他是羽柴财阀的公子、学生会长、班级委员，是个非常优秀的少年。羽柴君为了找出真正的犯人而协助小林少年。但，他似乎不喜欢谜团重重性格阴险的明智侦探。之后，三人终于将真正的犯人逼到绝境。究竟犯人的目的是什么？为什么要将人做成椅子？如今，令人不快的真实即将开始讲述。

令世间骚动的怪盗“怪人影男”是个变装天才，只要是男性，可以变装成任何人物。他唯独无法变装成少女，原因是他爱着所有的少女。警察怀疑他是最近发生的连续少女诱拐事件的犯人。这一天，明智侦探从警察那里收到了让他对影男进行搜查的委托，但他以“对影男没兴趣”为理由而拒绝了。对神秘怪人颇感兴趣的小林少年，决定独自展开调查。然而，影男却主动来与小林君见面。他为何要暴露自己？为了抓住真正的犯人，影男竟然说想要让小林少年扮成女装！

三年前，曾发生过隐藏真身、对法律无法制裁的恶人予以天诛的“怪人二十面相”的事件。那是不断出现模仿犯的大事件。就在人们几乎忘记这些事件的现在，新的怪人二十面相出现了。新的怪人二十面相将免罪释放的恶人们以极其惨烈的方法杀死，并将其公之于众。有所悔过的恶人们都在为“下一个被盯上的会不会是自己”这样的恐怖而发抖。这个二十面相的真正身份究竟是什么人？也许真正的二十面相已经回来了。明智侦探为了将计就计而实行了某个战略。究竟明智侦探能否抓住二十面相？

曾经接连出现的面具男，全都追杀着法律无法制裁的犯罪者，不求回报地消除被害者的悔恨。这虽然是违法行为，但也被人们视作英雄行为。只要手上有面具，不管是谁都能成为怪人二十面相。引发凄惨事件的犯人说出了这些令人恐惧的真相。为何他会成为怪人二十面相？此外，更加不可理解的是，他已经杀人杀到这种地步了，为何唯独无法杀掉他最为怨恨的那个人物？

那一天，一只小猫被遗弃在明智侦探事务所的门前。平常不对人类敞开心扉的小林少年，却喜欢上了这只小猫。但，家主明智侦探却对猫过敏。小林少年不情愿地准备去把小猫丢掉，这一次则是被绑起来的影男遭到了遗弃。他的身上竟然被绑上了定时炸弹。究竟小林少年等人能否不抛弃小猫和影男而救助他们？或者，不去救助？在此之上，这回连被留言说是明智的小孩的婴儿都被遗弃在门前？明智侦探事务所究竟发生了什么？

这也许是男人的梦想。将全世界男人的梦想实体化的艺术性理想，究极的主题公园……帕诺拉马岛。进行大型度假胜地开发的这一设施，发生了新的二十面相实施的杀人事件。被杀的人是事业主和艺术总监。根据黑蜥蜴的情报，事业主等人正推进着相当恶劣的工程计划，遭到记恨也是当然的。明智侦探和小林少年究竟能否从无数的嫌疑人中找出犯人呢？以及，究竟为何明智侦探对于二十面相事件表现得如此固执？他是打算要猎捕所有的二十面相吗？

帕诺拉马岛的二十面相事件真相大白，杀害菰田源三郎和人见广介的是事务员东小路千代子。千代子故意订购劣质钢材，导致二人被机械器材砸中身亡，而她的杀人动机正与帕诺拉马岛的企划有关。二十面相捉拿归案，明智侦探道出了自己对二十面相如此执着的原因，那是过往的旧情，也是共同孕育出的错误……

怪人二十面相接连出现，即使真正的二十面相加贺美警官已经被抓，但不满社会政府决策的人们还是陆续挑战继承怪人二十面相的意志。明智和浪越创作了一个公式：暗黑星，世间万物都包含在这公式中，犹如蝴蝶效应一般，这个公式能把事物的起因结果精准的联系在一起。但是这个公式却被浪越利用，创造出了一个又一个怪人二十面相。

明智与浪越再次相见，浪越在慌乱之中成功逃脱，被逮捕的验尸官对此事闭口不谈，本应收场的闹剧变得更加扑朔迷离。小林被浪越诱拐，而浪越的目的是为了向小林讲述自己与明智间的故事。初中时的浪越成绩优异，却不善与人交流，经常遭到同学和家长的欺凌。就在浪越感到绝望时，明智向他伸出了手……

警方收到匿名信件，信中称将在午夜十一点进行二十面相的复活行动。浪越和小林在钟楼塔顶，而每隔五分钟就会有一名自愿献身的少年从塔顶跳下，只有明智才能解救他们。一时间明智成了媒体的焦点，大家都将少年们的死算在了他头上。众多对社会不满的市民成了二十面相的拥护者，明智陷入尴尬局面。