巴特莱茵帝国以所派使臣被土耳切将国杀害为由，意欲与其开战。被称作“金雕将军”的玛法姆特因却发现这是帝国想要引发两国战争的阴谋，于是他便与卡利将军一同前往帝国进行申辩，使两国的战争暂时得到回避，然而使臣被害一事的真相最终也未能解开。

易卜拉欣总督勾结阿拉巴族宣布独立，并占领了土耳切帝国的要塞城希萨尔，扎格诺斯将军自愿领兵前去镇压叛乱。与易卜拉欣从小便是好友的玛法穆特觉得此事必有蹊跷，于是同夏拉一起偷偷前往希萨尔城，发现原来这一切都是帝国意欲侵占要塞城的阴谋。城外两国大军剑拔弩张，战争一触即发，而城内的玛法穆特也与帝国的爪牙陷入苦战。

帝国企图利用阿拉巴族占领要塞城的野心已昭然若揭，玛法穆特凭借一己之力拯救了被挟持的土耳切人质，成功镇压叛乱。而在回国后的将军会议中，立下功劳的玛法穆特却被宣判革职降级，他逐渐意识到自己要面对的未来环境还相当复杂，于是下定决心要更加努力，成为一个对得起将军之名的人。

回到故乡的玛法穆特在“耳探”巴巴罗斯的带领下，见到了与扎格诺斯将军共同建立密探组织的苏莱曼长官，原来他竟是和玛法穆特同族的仅剩的幸存者。正当二人交谈往事之时，帝国派来的红蛇教刺客意欲刺杀巴巴罗斯。在三人的共同努力下成功击退了刺客，玛法穆特也在苏莱曼的教导下重新踏上征程。

玛法穆特乘船来到了被称作“灯塔城”的港湾城邦颇尼基亚，他刚一进城便被侍卫带去会见副市长君士坦丁。原来就在不久前帝国使节来访，要求将港口割让给帝国作为军港使用。君士坦丁以古代大帝国后裔的身份为傲，同时对友国威尼迪克的援助颇有自信，拒绝割让领土的他对拿下攻防战的胜利深信不疑。然而玛法穆特却认为君士坦丁过于自负，且灯塔城与土耳切国可谓一衣带水，唇亡齿寒。心系祖国的他决定凭借一己之力帮助灯塔城渡过难关。

帝国军在灯塔城外苦战数日仍不能攻下城池，少数被帝国抓来打仗的别国将士决心连夜投奔灯塔城，却在交涉的过程中被追来的帝国军所袭击。在经过计算和投票后，副市长决定接纳投降兵，但在放下铁链的过程中却遭到了帝国军的算计，被攻破城门。前来支援的玛法穆特与帝国使臣陷入了苦战，而灯塔城已是一片火海。

在路易大臣的算计下，灯塔城被帝国军攻破城门并陷入火海，将士因担心家眷而无心作战。为了保护城内民众的安全，灯塔城向帝国宣布投降，副市长也在与帝国爪牙的战斗中不幸牺牲。负伤的玛法穆特和居鲁士乔装打扮，乘船逃离了灯塔城，并在途中遇到了盟国威尼迪克的舰队。为了查明威尼迪克迟迟不来救援的原委，二人随舰队一并前往威尼迪克官邸会见元首。

玛法穆特和居鲁士前往拜见威尼迪克的元首卢西奥，质问其为何不遵守盟约协战颇尼基亚。卢西奥以国家利益为由敷衍了事，并邀其二人在国内驻留几日。二人在寻找耳探的路上偶遇了管带的随从亚比利戈，正当三人交谈起往事时，亚比利戈被商会以非法投资逮捕，而商会也将陷害亚比利戈之事故意泄露给玛法穆特……原来一切都是管带的计策，其真正的用意是考验玛法穆特。赢得管带信任的玛法穆特赎下亚比利戈，三人乘船踏上新的征程。

颇尼基亚的陷落震惊了整个大陆，巴特莱茵帝国的野心已是人尽皆知。土耳切将国提议与四个卫星国家共同建立大土耳切体制以御外敌，却遭到了四国的拒绝。与此同时，玛法穆特一行恰巧途经穆兹拉克将国，便决定去拜访苏丹巴拉班。经过面谈并目睹了苏丹的强硬作风后，玛法穆特等人意欲离开穆兹拉克，却发现苏丹早已和红蛇教暗中勾结，遭到追击的三人能否逃出生天？

与红蛇教陷入战斗的玛法穆特一行人又遭到骑兵的追击，正当他们走投无路时，苏莱曼将军和爱榭公主等人及时赶到，众人一起逃离了穆兹拉克将国。在逃亡的途中，玛法穆特接受了联合反苏丹势力发起武装起义、逼迫四大将国苏丹退位的重任。在分配好作战任务后，玛法穆特等人来到穆吉贝尔，试探苏丹塞利姆的态度。而苏莱曼将军和巴耶济德则来到布查克将国，与王子伊斯玛仪暗中会晤，并最终达成协定，共同起义。

玛法穆特等人计划在奥尔汗王子的婚礼上行刺各国苏丹，而这一计策被巴拉班识破，他迅速联合三将国准备将计就计攻占库尔契。另一方面，扎格诺斯提议趁各国苏丹出兵库尔契之际，派军占领三将国。婚礼当日，玛法穆特收到扎格诺斯的传书，命他拖住敌军主力。塞利姆苏丹见状，便想要取下公主的首级以避免交战，不料却在打斗中被奥尔汗刺死。奥尔汗因此成为库尔契的新任苏丹，他命令众将士配合玛法穆特的指挥，一场保家卫国的战役即将打响。

三将国的大军将库尔契围了个水泄不通，土耳切将国则趁机袭击三将国的主要城市，玛法穆特临危受命指挥战斗拖住敌军。巴耶济德深知巴拉班苏丹狂妄自负，便和玛法穆特一起设计击溃了巴拉班的精锐部队。自尊心受挫的巴拉班失去理智，携残余兵力追击玛法穆特，却再次中了巴耶济德的埋伏。身负重伤的巴拉班走投无路，质问巴耶济德为何背叛他，兄弟二人互相吐露心声后，巴拉班死在了巴耶济德怀里，战争也终于画上了句点。

乌尊苏丹见巴拉班带兵前去毫无音讯，便私自下令进攻库尔契。千钧一发之际，玛法穆特提着巴拉班的项上人头赶到，乌尊苏丹见状慌忙撤军，不料却在撤退的途中遭到埋伏，自己也被伊斯玛仪王子取走了性命。与此同时，法忒玛将王也在玛法穆特的安排下退位，至此四将国叛乱终于被平息，玛法穆特也顺利再次晋升为将军。

玛法穆特前去拜访三大商人之一的拉赫莫诺夫，以期与东方各国加强贸易往来，然而拉赫莫诺夫以不想受国家纷争为由谢绝了玛法穆特的请求。碰壁的玛法穆特一行人路过交易集市，恰巧目睹了巴赫拉姆商队的妮琪被其他商队挤兑嘲讽的场面，于是他便联合妮琪一起共同开拓商机。在妮琪的引见下，玛法穆特结识了来自东土大秦的商人，二人达成协定为两国利益共同努力。

为了阻止巴特莱茵帝国继续侵略扩张的阴谋，玛法穆特一行人前往北方王国弗拉德意欲与其结盟。在外交大臣玛格丽特的引见下，玛法穆特与国王齐格蒙特三世进行了商谈，但国王表面坚持闭关锁国的原则不愿与别国结盟，实则暗中与巴特莱茵帝国保持着联系。弗拉德王国与土耳切和巴特莱茵接壤，统治着西卢美拉那的北方，与其结盟是制约帝国侵略的重要手段，玛法穆特能否说服国王与土耳切结盟？

巴特莱茵在路易大臣的操控下大肆侵略扩张，里索拉尼共和国因利益牵扯私自违背了与威尼迪克的盟约，暗中勾结帝国，央海的和平已是岌岌可危。为了抵御帝国的侵略和守护国家的利益，土耳切、威尼迪克与弗拉德三国召开同盟会议，最终决定结成三国军事同盟，并联系卢美拉那其余城邦与国家，共同组成反帝国的盟友。而与此同时帝国则展开对斯科古里奥公国的攻击，不日便攻占了奥斯特要塞，卢美拉那大战就此拉开帷幕。

巴特莱茵帝国攻陷奥斯特后继续向西部挺进，要塞斯科古里奥公国因畏惧帝国之强大而选择投降。面对帝国军队对卢美拉那周边小国的侵略，玛法穆特一行人前往佛罗伦斯，试图说服总统卡特丽娜与土耳切联合。但此举却引起了小国总统和诸多贵族的不满，在诸多压力之下卡特丽娜最终放弃与土耳切联合，而是与周边小国共同组成心脏地带同盟，成为大陆的第三方势力。

佛罗伦斯欲与周边小国结成心脏地带同盟，以期形成三国鼎立之势。然而帝国企图称霸整个大陆的野心已是昭然若揭，在玛法穆特等人的据理力争下，佛罗伦斯最终决定让土耳切军队通过境内以御外敌。解决了心腹之患后，玛法穆特等人一路南下，成功说服了沿途国家与土耳切结盟。与此同时，其他同盟小国也纷纷采取各种手段制约帝国侵略的步伐，卢美拉那大陆的战火即将熊熊燃起。

随着帝国军的大肆侵略，各地纷纷出现了无家可归的难民。天上之都切罗素来以接济穷人救死扶伤为名，大批难民便逃难至此以求庇护。玛法穆特一行人恰好也来到切罗，看到此情此景便顺势与切罗元首结盟，共同抵抗帝国军的侵略。得知此事的帝国军便下令攻打切罗，与此同时卡利将军也带着土耳切大军赶到，一场关乎生死存亡的防卫战就此打响。

帝国军吸取了之前战败的教训，转而派兵攻打手握军粮的土耳切军队。卡利将军本希望通过避战拖垮帝国军，不料撤退路线却被秘书官柯克西卡一眼看穿。遭到帝国军围捕的土耳切军队只能被迫作战，却因战术思想陈旧被帝国军一举歼灭，卡利将军也战死沙场。面对卡利将军的死讯，玛法穆特陷入了痛苦和无助中。

土耳切将国远征军在与帝国军队交战中不慎落败，卡利将军也战死沙场，夺取了军粮的帝国军因此与切罗展开了持久战。眼看着城内粮草日益减少，切罗内部出现了一队主张投降的民兵，他们将卡瓦哈尔院长抓起来，企图以此向帝国军投降。与此同时，玛法穆特则连夜出城，召集了残余的土耳切部队和反帝同盟，希望能重整旗鼓夺回主权。

在玛法穆特的指挥下，反帝同盟各国充分发挥作战特长，在与帝国军的交战中大获全胜。眼看着大势已去，柯克西卡建议将残余部队向东北方向调转，攻打兵力稀缺的艾斯巴达。苟延残喘的帝国军在一路经历了追击与埋伏后，终于来到艾斯巴达城下，不料却早已有心脏同盟地带雇佣的山猫团在此驻守，而身后的土耳切追兵也顺势赶到。腹背受敌的帝国军在皮诺将军的鼓舞下，与两军展开了最后的垂死挣扎。

遭受重创的帝国军希望攻陷艾斯巴达作为反击据点，但前有山猫团的防守，后有土耳切骑兵的追击，腹背受敌的帝国军已是回天乏术。在玛法穆特的指挥下，反帝同盟在此次战役中大获全胜，一举歼灭了帝国军的主力部队。另一方面，部分切罗民众因不知城外战况如何，猜疑玛法穆特一去不返，便贸然绑架了卡瓦哈尔院长，希望处死院长以向围城的帝国军投降。

反帝同盟围绕切罗统治权的归属展开会议，然而各国却因此产生了分歧。最终在卢西奥的提议下，切罗成为了土耳切第一个属州，玛法穆特被任命为切罗州的新任属州总督。为了重建战后的切罗，玛法穆特在保留切罗体制的基础上融入了土耳切体制，受到了切罗人民的一致认可。另一方面，帝国为了缓解战败的损失也开始整理内政，但路易大臣并未因此放弃自己的野心。为了防止战争再次发生，扎格诺斯率领土耳切军队开始了攻打巴特莱茵帝国的征程。