在一个雨夜，八杰集成员受命攻击了载有黑晶的车队……与此同时，世界综合格斗大赛在美国南镇召开并广发邀请函，全世界的格斗高手因此齐聚南镇。作为三大家族之一的草薙家族不必说也将参加这次角逐，拿到邀请函的草薙京与友人二阶堂红丸，大门五郎也一起踏上了征途。

来到南镇的三人在街头闲逛时碰到了正在追击什么人的坂崎良，红丸战意满满的加入了追击的队伍中，追击中的几人很快来到了吉斯霍华德的公司楼下。这时比利凯恩出现将坂崎良拦住，随后开始了激烈的格斗，在一旁观战的草薙京却敏感的发现有着其他人关注着这里。

坂崎良带着草薙京三人来到了自己家中，却从罗伯特加西亚那里得知妹妹百合离家出走了，查看妹妹留下的讯息时，草薙京发现百合就是机场撞了红丸的女生。特瑞博加德来到了吉斯霍华德名下的酒吧，在其中邂逅了缪斯女神安琪莉娜。

为复仇回到南镇的特瑞博加德与弟弟安迪博加德决定夜探吉斯塔，同行的还有泰拳格斗冠军东丈，不料吉斯霍华德早有准备，三人的行动就此落败。与此同时，还有另一股势力也在监视着吉斯塔，局势越来越错综复杂。

吉斯霍华德作为剧中的反派人物，但是俗话说，可恨之人必有可怜之处，小时候的经历使得他内心充满了难以言说的感情，对家族，对兄弟，对变强……被自己的弟弟赶出家族进入武馆学习，却为了秘籍与武馆的兄弟再次反目。

草薙京在修炼途中感受到了大蛇的魂魄之力，安全起见打电话给父亲确认封印是否出了问题，却被告知封印完好。坂崎百合到英国找泰式拳法的琼来组成战队参加KOF，但她们却缺少第三名人员组队，就在这时碰到被混混找麻烦的不知火舞，三人一拍即合，组成了女王队来参与KOF的角逐。

从吉斯霍华德公司逃脱的特瑞博加德三人因打草惊蛇反而增加了再次潜入的难度，特瑞在跟踪吉斯霍华德养女安琪莉娜的时候，却无意中救了陷入危险的安琪莉娜，原来他们并不是初识。草薙京通过红丸拿到了选手的参赛资料，引起他们注意的除了吉斯，特瑞之外，还有一个带着一只眼罩的家伙。

终于，令人瞩目的KOF大赛开始了，选手们在入场登记时便擦出了火花，这次的参赛选手众多，性格体型也相距甚大。草薙京作为三大家族传承者首先登场，在草薙京三人之后，有超人气少女偶像歌手，有身负重罪的惯犯，大赛还未开始，选手之间已经充满了剑拔弩张的气氛。

报名登记结束后的特瑞博加德跟踪吉斯霍华德来到了密室之中，密室内正在进行着某种奇怪的试验，特瑞在退出途中碰到草薙京，两人的争斗引起了密室的警报，最终在哈迪兰的帮助下成功逃脱。吉斯霍华德进行试验所使用的黑色晶体正是美国军方所寻找的东西，好像与大蛇的封印也有着联系。

二阶堂红丸因败给了草薙京而不服气，于是找草薙京打架，刚好遇到草薙京和黑帮的争斗，争斗中途红丸因不忿黑帮的阴险，作为草薙京的帮手也加入了战斗，两人合力干掉了黑帮的众多打手，也因为一起战斗的原因从对手变为了朋友。

吉斯霍华德命令安琪莉娜干掉特瑞，就在要成功时，安琪莉娜自己放弃了任务，要求特瑞与自己一起离开，然而这个提议却被特瑞拒绝了，没能完成吉斯任务的安琪莉娜会安全吗？KOF大赛终于拉开帷幕，首次比试女王队轻松获胜，特瑞的饿狼队却陷入了苦战。

特瑞和镇元斋的比赛将会决定两队的胜负，就在双方难分胜负时镇元斋却突然认输，这个令人意外的结果让特瑞的饿狼队获得了胜利。红丸作为队伍中第一个登场战斗的人员，却碰到了麻烦的选手，对方似乎有着打不死的魂魄之力。

吉斯以安琪莉娜的命要挟特瑞赶往某处，收到消息的特瑞即便知道这是对方的阴谋也不得不赴约。同时，草薙京他们队伍碰到的美国队的选手全都有着不正常的大蛇魂魄之力，在二阶堂红丸败北之后，大门五郎和草薙京陷入了恶斗之中。

按照吉斯的要求，特瑞赶到了安琪莉娜被绑架的地方，不出所料这里全都是吉斯的爪牙，特瑞陷入苦战，危急时刻，安迪和东丈赶到，齐心协力共同战斗。与他们一起赶来的哈迪兰作为军方之人潜入吉斯的公司收集证据，不料很快被发现。

特瑞在义父死亡之后，决定离开南镇去找师公唐福禄，在离开途中救了因没能偷到有价值的东西而被混混欺负的安琪莉娜。两人约定一起离开南镇，安琪莉娜却被随后赶到的混混抓住，没能成功离开，在重伤濒死之时被吉斯收养。

特瑞带着安琪莉娜逃往天台，却遇到了早已等候在那里的吉斯，随即两人展开了战斗，安迪和东丈赶到后，三人合力将吉斯从大楼击落。就在三人以为使命完成之时，哈迪兰出现并告知他们吉斯背后另有人操控且KOF大赛也是对方的阴谋。

比赛中场休息之际，众参赛选手来到宴会大厅享受美食，这时的他们并不知道自己已经身陷险境，甚至连一举一动都被八杰集监视着。草薙京与镇元斋因外出商议事情而逃过一劫，随后发现事情不对的他们返回寻找众人，却为时已晚。

镇元斋在密室中发现了之前消失的参赛选手，但他们却好像被什么操控了一样，雅典娜用超能力探知到众人的意识被一座神秘的雕像所禁锢。草薙京成功唤醒了大门和红丸，他们在逃离密室时却触动了危险的机关，密室的空间正在逐渐缩小。

发现KOF大赛阴谋的特瑞等人及时从吉斯塔返回拯救众人，却发现大家已经受到黑晶影响失去了神智，他们不得不与曾经的朋友战斗。另一面企图唤醒金家藩三人的雅典娜小队却由于只能防守而陷入被动局面。

琼为了支付自己弟弟天价的医疗费用，即使游走在黑暗地带也义无反顾，在她看来保镖、打手与其他工作没有什么两样。雇佣琼工作的老大绑架了坂崎百合，坂崎良为救妹妹奋不顾身的战斗，那坚定的信念、纯粹的眼神惊醒了即将沉迷黑暗的琼。

麻宫雅典娜在危机关头爆发能力并成功扭转战局，摆脱危机后她利用超能力引导草薙京等人前去摧毁黑晶雕像。特瑞·博加德和东丈拼尽全力也无法战胜被黑晶狂化的女王队，陷入绝境的他们能撑到黑晶被摧毁吗？

随着黑晶雕像的碎裂，被黑晶控制的众人也纷纷陷入了昏迷，草薙京在留下二阶堂红丸和大门五郎保护失去意识的选手后，他与特瑞·博加德两人前往寻找大赛的幕后黑手卢卡尔·伯恩斯坦。草薙京和特瑞顺利的来到了战局中心，他们在见到幕后黑手的同时还看到被做成了雕像的格斗家。

草薙京和特瑞与幕后黑手卢卡尔展开了激烈的战斗，但即使两人合力也无法战胜拥有着大蛇之血的卢卡尔。就在两人陷入危机之时其他参赛选手及时赶到，大家汇聚了所有人的能力给了卢卡尔致命一击。

受到重创的卢卡尔竟将黑晶与大蛇之血融合，获得了强大力量的他轻易就将众人击溃。危急时刻陷入昏迷的草薙京领悟到了新的力量，战局再次逆转，丧心病狂的卢卡尔在引爆船上炸药之后被人救走，这一切还未结束。