在乡下小镇彭波.西鲁兹生活的少年.赛特，为了成为大魔法师，虽然每天都努力进行特训，却又老是失败……不但让重要的家畜逃走、惹居民们生气，还被养育者阿鲁玛痛骂。有一天，空中降下了怪物.涅梅西斯的卵。能够打倒涅梅西斯的就只有魔法师。为了守护镇上的人们，赛特决定代替不在的阿鲁玛和涅梅西斯战斗。然而面对涅梅西斯超乎想像的强大，赛特根本就无从对抗……

魔法使“勇敢四人组”突然现身在赛特面前。第一次见到阿鲁玛以外的人使用魔法的赛特，看着他们在转眼间就封住了涅梅西斯的行动，感觉他们十分的可靠。赛特希望证明自己也能够帅气地大显身手，于是向领导者唐.波斯曼（老大）提出了合作的要求。对他的意气深深感动的老大，决定在引导居民们避难的过程中，拜托赛特先拖住封印已经解开的涅梅西斯。被交代了重责大任而涌现斗志的赛特，再次挺身对抗涅梅西斯！

魔法师与普通人无法互相理解。尽管阿鲁玛已经如此教导好几次了，但赛特依旧无法接受。赛特决心前往据说是涅梅西斯巢穴的传说之地拉帝安。虽然阿鲁玛想劝赛特死心，但正因为两人十分重视彼此，使得两人的意见迟迟没有交集。当天晚上，阿鲁玛回想起当初和赛特相遇时的昔日往事……

为了找寻传说之地.拉帝安的线索，赛特以阿尔特弥斯学院为目标前进。半路上，他遇见了取缔魔法师的组织.异端审问所的德拉古诺夫队长。尽管赛特没有做半点坏事，却还是因为魔法师的身份而被逮捕关进牢中。虽然赛特想办法脱逃但还是无法成功。正当他伤透了脑筋时，他遇见了红发少女.梅莉。另一方面，正当阿鲁玛对赛特感到担心时，自称是研究者的男人.赛特来到她面前。

赛特抵达魔法师的城市.阿尔特弥斯后没多久，就为了要成为阿尔特弥斯的一员而被带去参加入院典礼。然而这时学院的创办人领主.马杰斯帝大师却强硬地对他课以罚金……之后赛特听从阿鲁玛的吩咐，开始寻找最强的魔法师.亚加。为了取得拉帝安的线索，赛特和梅莉浑身充满干劲。然而两人却在不知不觉中引发了大麻烦！

为了成为亚加的弟子，必须要展现自己魔法的才能。赛特虽然请梅莉教导使用魔法，但由于梅莉不擅长使用攻击魔法，所以无法教导赛特他想学的魔法。温柔的梅莉因为太过于担心赛特而性格大变，变身为另一个性格凶暴的“疯狂梅莉”。疯狂梅莉表示若不抱着必死的决心无法获得力量，并且为此对赛特进行危险又严格的训练。然而在训练过程中却发生了意外……

在梅尔巴小姐的咖啡店喝上一杯咖啡是杜克每天的例行公事。然而杜克却在平静的午后，被从人孔盖中出现的触手抓走了。潜伏在下水道的怪物是魔鬼鱼大海怪，它因为喜欢喝咖啡而被杜克身体染上的气味吸引，并且将杜克抓走了。赛特与梅莉为了拯救杜克潜入了下水道。然而赛特的泰坦拳却对怪物柔软的身体起不了作用。无视于困难重重的救援行动，杜克他这时……

赛特很快地就学会了魔法之力，但却因为惯于使用魔法使他驾驭力量的方式变得杂乱无章起来。亚加为了要给赛特警惕，于是让他戴上了封印魔法使用的手套，并表示要是破戒就要逐出师门。这个时候，过去和赛特在彭波.西鲁兹对决过的勇敢四人组为了做坏事企图潜入阿尔特弥斯，并且被收到命令、正在打扫学院外墙的赛特发现了。赛特虽然处于没有魔法的状态，但还是为了阻止他们入侵而努力奋战，然而……

在新人队员葛威斯眼中，德拉古诺夫身为队长态度却十分散漫，实在难以想像他会深受资深队员们的信赖。葛威斯请愿希望能像个异端审问官一样与危险的魔法师战斗。过程中，他们收到了来自艾多穆德队的紧急信号。他们的船只因为遭受到涅梅西斯的袭击而被破坏。正当葛威斯对于捕捉到大量魔法师的艾多穆德感到佩服不已时，德拉古诺夫察觉到了某件真相。

赛特离开阿鲁玛踏上旅程已经过了一个月的时间。现在阿尔特弥斯正在举行祭典，一片热闹的气氛让赛特的内心兴奋不已。这场乍看之下是马杰斯帝临时起意举行的祭典，真正的目的其实是为了要收集自我防卫用的资金。祭典中最受注目的活动莫过于扫帚大赛。优胜者候补的少年尼克因为瞧不起阿鲁玛而惹怒了赛特，于是赛特决定也要参加大赛对他还以颜色。骑上从阿鲁玛手中继承而来的扫帚，赛特飞向天空。

杜克收到了和涅梅西斯有关的事件委托。戒心重的杜克原本打算要拒绝委托。但一心想将涅梅西斯赶走的赛特仍然硬是拖着杜克出发，一行人踏上了前往爆炸声与喧闹的城镇.蓝布镇的旅程。在那个城镇中，魔法师们在异端审问官.孔拉德的无理政策之下，受到了相当严重的不平等对待。赛特在镇中遇到涅梅西斯后原本打算将它抓起来，但这时全身缠满了绷带的神秘魔法师.古利姆突然出现在他们面前！

赛特等人抵达了位在贫民窟的委托人家中。家中的长男塔吉是涅梅西斯的感染者。一家人希望赛特等人能代替对移民们的诉求不闻不问的异端审问官调查涅梅西斯的事件。在赛特等人开始进行调查时，宣告避难的钟声响起。蓝布镇因为过度的开发导致地盘根基不稳，为了避免城镇崩塌，移民必须要定期移动位置。当镇上空无一人的时候，涅梅西斯出现了！

异端审问官孔拉德煽动民众，表示蓝布镇引发的事件全都是移民和魔法师造成的。人们受到恐惧及不安的影响蜂拥而起、开始展开排除感染者的行动。而这一切全都是从以前就厌恶着移民的孔拉德的计划。变成暴民的人们将塔吉抓了起来，准备将他处刑，而千钧一发之际，即时赶到的赛特和梅莉将他救了出来。赛特究竟能否阻止煽动人民情绪的孔拉德的阴谋呢……！？

赛特因为杜克遭挟持为人质而被孔拉德反将一军、并且被抓了起来。孔拉德声称赛特就是和移民们勾结的犯罪者，借此煽动群众。紧接着，朝向移民居住地区发动的炮击开始了。赛特虽然在古利姆的帮助下得救，然而涅梅西斯也在同时现身，让镇上陷入了大混乱。涅梅西斯的操纵者，是女魔法师哈梅莉奴。憎恨着蓝布镇居民的她，究竟有什么目的？

15年前，作为感染者的年幼的哈梅丽娜，与同样的境遇的孩子们一起被幽禁在综合城。年轻的孔拉德，亲自动手保护孩子们的异端审问官准尉·oxumare，由于移民们的叛逆捏造这个。恐怖的人们把幽闭区划从岛上崩落。这就是15年前的真相。唯一幸存一人事件的哈马丽娜瞄准了复仇的机会。知道了悲剧的开始的…

强敌孔拉德一个劲地释放着巨大的牙利。死斗的结果，塞特终于打倒康拉德。但是，由于哈梅丽娜的手街道开始崩塌。受到攻击的塞特被吹跑失去意识。一睁开眼睛，发现那里站着一个长得像羽毛的男人。自称是皮奥顿的神秘男子问塞特。到底是为了什么而战斗，站在哪个立场上呢？接着，塞特急忙赶往战场。为了阻止哈梅丽娜。

终于和哈梅丽娜相对了。哈梅丽娜激烈地攻击塞特“没有拯救城里居民的价值”。为了保护大家使用魔法的seto,不过，回顾自己的过去，不久同境遇的hameline同感了。确实存在着对魔法使的迫害和歧视。但是，他告诉我们，绝对不能成为自己使用暴力的妖怪。塞特在哈马琳娜提出申请时，异端审问官的军舰突然袭击！

被“野兽”扭矩将军的凶刃击倒的哈梅丽娜。激动了的seto挑战战斗，被异端审问官fon·zepeshu也返回讨伐了。失去意识的塞特。但是就在这时，隐藏在塞特里的巨大力量开始暴走。一脚踢sepeshu，没有意识向扭矩袭击。并且“山头”圣托里上校也加盟，展开激烈的战斗。在打算从街逃出的玛丽她们面前，有来自majesty的迎接…。

回到阿尔特密学院的塞特他们，作为揭露异端审问官不正当行为的英雄受到了热烈的欢迎。但是赛特一想到哈玛丽娜和自己的暴走，就无法坦率地高兴。玛吉斯蒂举行了歌颂圣斗士们的派对，但那种悲伤却无法消除。一个人闷闷不乐的斗篷下，阿尔玛来见你。担心小偷的玛丽联系了他。阿尔玛读了来自圣斗士、兰布尔镇的塔吉的信…。

在伦敦，由于不正当行为被公开，异端审问所的信用正在逐渐消失。现在，德拉格诺夫队没有帮助物资的街道。新人士兵感叹不仅仅是干坏事的孔拉德队，连为救人而战的自己也遭受了不幸的待遇。德拉格诺夫告诫人们，即使是相信正确的行为，也未必会有好的结果。另一方面，在Altymys学院由于Luble・Town的一件事流通停止了…。

从yaga留下的信，seto决定了新的旅行的时候，Altemis学院大量的nemesisu的蛋下来了。魔法使们迎击,不过，射漏了的蛋掉下了到孤岛。那里正是Meri用途前往的地方。为了拯救雌性，雌性急速前往，与从卵孵化出来的雌性进行战斗。被过分的强度，追逼的sato再次使之暴走了力量…。害怕无法控制自己的力量的Sato，做出了某个决定。