沉迷于索斯机兽的少年岚在森林被逼入绝境。那个时候出来帮助岚的，是乘坐索斯机兽在世界旅行的至高琉姆团的队长培根。他们的目标，是有着“索斯机兽之王”之称的长牙狮。再次进入森林的岚，遇到了传说中的狮子种索斯机兽——荒野长牙狮。

完成本能解放（Wild Blast）的岚和长牙狮击退了死亡金属帝的敌人。然而，岚马上又被长牙狮拒绝了而不知所措。为了得到对方认可，岚用尽一切办法想骑上长牙狮，但是都失败。这个时候，死亡金属帝国再次向村庄袭来！

岚终于成为了长牙狮成的搭档。但是培根认为，岚一上来就依赖Wild Blast的战斗方式有着很大的危险性，于是决定给岚进行特训……在严厉的特训中，岚需要学会理解索斯机兽的特性，与长牙狮融为一体。

旅行途中，饥饿万分的岚倒下了，这时向他施予援手的竟然是死亡金属帝国的游击队。而且，他们的目的是捕捉荒野长牙狮。知道他们目的的岚，想在暴露身份之前离开，然而，死亡金属四天王之力的“瞬击之德雷克”出现在他面前。

听闻古大秘宝Z的岚进入了某个森林，在那里遇到了驾驭蝎子种索斯机兽·红蝎兽的少女佩妮。她也是在寻找宝物。围绕着宝物，一开始敌对的二人，慢慢地融洽相处。然后，在森林深处的某个洞穴里，岚和佩妮找到了某个在月光照耀下闪烁着光辉的宝物……

因为饥饿而倒下的岚被宽边帽村的村长多哈搭救了。岚拜托多哈，作为宽边帽村的代表参加索斯机兽战斗的“索斯机兽祭”。但是，邻村·棒球帽村的代表——岚和长牙狮的对手是“至高琉姆”的黑谭和蜿龙兽。

岚和长牙狮被死亡金属的索斯机兽开发研究设施“牢房”捕获。在那里，他遇到了自称索斯机兽博士的饭团。他被迫去制作死亡金属钥的复制品，而他的搭档，原颚龟种索斯机兽·炮龟兽被当作实验对象。看到受尽实验痛苦的索斯机兽们，岚的愤怒达到了顶点。

岚邀请饭团加入无限自由团后，二人继续旅行。路上，他们听说了一下雨就会闪闪发光的某个竹林的故事。岚认定那就是古大秘宝Z，于是二人走进那片竹林。但是，在那里他们遇到了曾经让岚和长牙狮苦战的死亡金属四天王之一的瞬击之德雷克。

君谷（シメジ，CV:高桥未奈美），和负伤了的索斯机兽一起在森林生活的少年。饭团代替君谷，为那些索斯机兽治疗伤口。在修理过程中，饭团开始讲述了他跟搭档炮龟兽的相遇。

岚和饭团遇到了视金钱为一切的劲头男子饺子。他的索斯机兽搭档三角龙，正为他卖艺赚钱。岚和饭团对他的这种做法十分反感。就在他们为了还债而在村子打工的时候，一大群迷路的野生迅龙兽向村子逼近……

奴隶都市“监狱”，那是死亡金属帝国的索斯机兽实验设施的重要城市。岚和饭团为了破坏那设施，向监狱奔去。但是，因为与他们同行的佩妮的失误，3人被死亡金属帝国捉住了，被关进了牢房。

死亡金属四天王的第二人，加比亚。他乘搭的是持有强劲下颚的鳄鱼型索斯机兽帝鳄兽。岚和长牙狮被帝鳄兽咬住拖到水中。弹动不得，也无法呼吸，岚真的穷途末路了吗？

岚正面对抗死亡金属帝国的皇帝加卡拉而陷入绝境，赶来施予援手是培根。加卡拉似乎还跟培根还有一段渊源。培根驾驭野性解放的钢牙虎，漂亮地击败了加卡拉驾驭的鳃龙兽。但是，加卡拉随即使出王牌，解开了号称史上最狂的索斯机兽死亡暴龙的枷锁，向培根扑来。

自从跟培根分别后，岚变得沉默寡言。为了重新振作而进行修炼的时候，德雷克出现了。德雷克对他说，“培根已经成为了死亡暴龙的腹中餐”。岚极度愤怒而忘记自我，第三次向德雷克发起挑战。那个时候，岚的身上发生了某种异变……

在岚他们面前出现的是自称是天才索斯机兽猎人的海菜芽（ヒジキ，CV：村田太志）。然而，所谓天才不过是徒有虚名，别说是驾驭索斯机兽，他连好好地触摸索斯机兽也没成功过。立志若不成为优秀的索斯机兽猎人就不回家乡的海菜芽，想岚他们陪他演戏，好向村名们证明自己已经成为了索斯机兽猎人。

为了实现在故乡建一间索斯机兽改造工厂，让那些无依无靠的孩子们能够好好地生活的梦想，金钱对佩妮来说必不可少。岚听说了佩妮的这个梦想的当天晚上，目击到了佩妮的可疑举行。这时响起了叫唤声，正是来自佩妮身上正在振动的通讯器，那是死亡金属四天王之一的“原始之鹅肝”的物品。

佩妮留下岚和饭团，单人匹马地前往挑战四天王鹅肝。但是，一个接一个袭来的Z-BOYS，让佩妮和红蝎兽陷入苦战。那个时候，骑着长牙狮赶来的岚出现了。与强敌鹅肝和大猩猩种·拳猩兽的激烈战斗打响了。

旅行途中，岚跟酱织重逢了。酱织正在为守护被盗贼团盯上的多奈加村的某个宝物而做起保镖工作。怀疑宝物是否为古大秘宝Z的岚等人也帮忙守护村子。那天晚上，在村子的大门前视察的岚等人看到了三个可疑的身影……

培根死了……岚知道了这个冲击性的事实。岚内心波动不已，悲痛万分。唐果、酱织、黑谭3人为了给培根复仇，计划袭击加拉卡。听说此事的岚想也不想也参与了这个袭击计划。加拉卡VS至高琉目团无限自由团的激战的导火线就此点燃！！

至高琉目团和无限自由团对死亡暴龙发起全员总攻击，却仍然不是号称最狂索斯机兽的死亡暴龙的对手。不断攻击的岚受到加拉卡的反复挑衅，岚的怒火终于爆发了。与这份愤怒相连接，长牙狮发生了异变！

为了从传说中的索斯机兽猎人虫仙人那里得到修行，岚一行人来到了索斯机寺。为了成为“自称五百岁的帅哥”的虫仙人的弟子，作为入门考试的求生捉迷藏游戏开始了。岚等人被虫仙人乘坐的大王具足虫种索斯机兽·具足虫兽（グソック）以其速度捉弄着。岚到底能否顺利拜入虫仙人的门下？

岚他们顺利通过了入门试炼，正式开始接受虫仙人的修行。虫仙人指出岚一味地顾着冲向敌人的作战方式的单调性。在没有新的作战方式的提示下，修行的日子一天一天地度过了。但是这时，一阵狂风刮过，给岚开启了新的道路……

岚一行人在一个山村里遇到了坚果和番茄兄妹，他们一直瞒其他人照顾着一只被取名为小雨（Rain）的野生迅龙兽。但是，小雨被德雷克的部下捉住了，并成为了开发量产型死亡金属钥的试验品，然后失控暴走。坚果和番茄，还有听到骚动声而赶来的岚他们，试图阻止小雨的暴走。

即将来到金城（キンコ）的岚一行人被风吹来的通缉海报的内容吓了一跳。之前遇到的索斯机兽猎人饺子竟然成为了索斯机帮且被通缉中。看到将某大地主洗劫一空后逃离现场的饺子，岚怒气上头。饺子为什么要做出强盗般的事？那背后似乎有着深远的缘由……

为了支付生病的妹妹拉由的止咳药的费用，饺子抢夺坏人的不义之财。但是，那药的卖家不断地提升药的价格。饺子决定袭击仓库盗取药物。然而，等待着他的是卖家，即死亡金属四天王之一的“奇策之洋菇”所设下的陷阱。

岚的爷爷台风从酸辣汤那里收到岚寄来的信。这封信讲述了岚出发去旅行发生的事情，记述了与佩妮、饭团、饺子等伙伴的相遇，组成无限自由团；还有跟死亡金属帝王的强敌们的战斗。

在沙漠中倒下的岚一行人被酸辣汤救下了。为了答谢她（也为了还债），岚等人帮忙传送邮件。一行人路过被死亡金属帝国摧毁的城镇“扎金（ザギン）”。酸辣汤想到城上客人的事而流泪，然后讲述了跟过去作为邮递员的父亲一起的往事。

乘搭着猎狼兽的赏金猎人索尔特出现在与岚分开行动的佩妮和饭团面前。知道对方的目的是要打倒岚的两人，假报了一个岚的所在地点。但是，索尔特前往那个地点的途中就跟岚遇上了……

岚向打败饺子的索尔特挑战战斗。长牙狮和力量和猎狼兽的速度相互碰撞。在激烈的战斗中，岚突然露出兴奋的笑容。那份笑容让索尔特想起故人故事，进而失去战意。索尔特想起的那个人正是培根。

岚一行人遇到了分岔道而分开行动。岚和佩妮在同一条路上行动，途中红蝎兽出现异常。路边的工厂的工人卡雷尔，热情地帮助他们修理。作为回礼，岚和佩妮留下来帮忙除草。但是这时候，瞄准了岚的赏金猎人们出现了，而且，死亡金属四天王之一的“原始之鹅肝”再度出现在他们面前。

跟岚分开行动的饭团和饺子到达了一个名为加波村的村落。村长委托他们保护神的秘宝。他们来到了据说神殿沉睡着神的秘宝的山头，2个索斯机兽猎人出现。他们是至高琉姆团的尤利和大爽。

饺子和索尔特向来不和。岚等人也都为他们俩每一件事都要相互顶撞一下感到很吃惊。为了争夺谁才是强者的二人在沙漠上奔跑时，乘搭着铁剑龙兽的羊菇出现在他们面前。而且，曾被打败过的帝鳄兽和加比亚也现身，将无限自由团逼入绝境……

前往维修工厂的途中，岚等人误入死亡金属阵营的中心地带。受到Z-BOYS袭击，往河边逃跑的岚等人，阻挡在他们面前的是“瞬击之德雷克”。Z-BOYS人为地引发洪流，饭团、索尔特、德雷克被卷进了其中……

岚在废墟的城镇遇到一个叫做汉邦卡（バーガー）的男子。据汉邦卡说，他是唯一幸存下来的士兵，他的同伴和搭档索斯机兽都在战争中丧命。他对以完成本能解放为开端，一只给搭档索斯机兽增重负担一事感到深深的后悔。听闻此事的岚，开始害怕施展本能解放。

岚接受帮他支付感冒药费用的某位财主的委托，为他守护某样宝物，免受某个驾驭索斯机兽的盗贼的盗窃。那天晚上，装着宝物的箱子突然飘在空中，飞出屋外。岚匆匆忙忙地追赶过去，女盗贼羊羹和冠蛛种索斯机兽·蜘蛛。蜘蛛不断地吐丝，在各建筑物之间穿梭，玩弄着岚。

在森林中遇到抵抗组织的岚等人受到热烈欢饮。抵抗组织的人在深山里建筑起堡垒，与死亡金属帝国持续地战斗。对他们来说，无限自由团和至高琉姆团是他们的心灵支柱。在死亡金属帝国的一方，按照皇帝加卡拉的命令，死亡金属四天王终于团结起来，开始实行对无限自由团的袭击计划。

自由无限团和死亡金属四天王在抵抗组织的驻地展开激烈的战斗。四天王的猛攻下，无限自由团的成员倒下，逐渐被逼到走投无路的绝境。就在岚穷途末路之际，伴随咆哮现身的是，原本被认为已经牺牲了的培根的搭档·钢牙虎。

在死亡金属宫殿集合的四天王和拉焦，回顾了过去与无限自由团的战斗，并开始对至今为止的战斗进行分析。在这个情况下，被他人责备的德雷克充溢愤怒之情。在他的脑海里，与岚展开的多次激烈战斗慢慢地一一重现……

与死亡金属四天王的激战过后，饺子因为身负重伤，为了治疗而不得不离开岚他们。另外，饭团、佩妮、索尔特的搭档索斯机兽也负伤了，至高琉姆团的大爽、尤利、黑谭的搭档索斯机兽甚至被死亡金属帝国夺取。不想让朋友再受到伤害，岚决定抛弃同伴，单人匹马闯入死亡金属帝国的阵地。

从唐果那里得知古大秘宝Z可能是击败死亡金属帝国的关键，岚等人以有关线索的地下城镇·通斯拉为目的地出发。岚他们一达到那城镇，镇上的居民以为是死亡金属帝国的人，纷纷逃跑回家躲起。那时，索尔特向一个跑得晚的男子打招呼，那个男子竟然是抛弃了索尔特的父亲休卡！

在索斯机兽挖掘现场，岚等人与考古学家卡尔K相遇。卡尔K正收集零件，试图复活迅龙兽，但苦于没有复原系统。于是，佩妮和羊羹潜入持有复原系统的死亡金属帝国的设施，但是，羊羹被杂兵Z-BOYS发现了……

德雷克被加卡拉命令去处理掉黑鳃龙兽。那一瞬间，德雷克的记忆苏醒过来。3年前，父母被加卡拉杀害了的德雷克，偕同红色、白色2只鳃龙兽，试图逃出死亡金属帝国。但是，德雷克被加卡拉捉住了。德雷克被迫面临将红色或白色其中一头鳃龙兽摧毁的抉择。

岚一行人正前往有围猎索斯机械兽的人出没的哈加克雷村。途中，岚他们被一班蒙面少年袭击。而这些人之人就有酸辣汤所寻找的少年三叶。他因为培根违反了过去他们之间的某个约定，开始痛恨索斯机兽。

为了寻找古大秘宝Z的线索，岚造访了虫仙人的索斯机兽寺院，在那里与黑谭、大爽、尤利重逢。那时四天王之一的加比亚出现了，并且操控着尤利的搭档索斯机兽·背甲龙。看到着一幕的尤利愤怒地打颤着，向曾经的搭档述说自己的存在……

岚和分开行动的同伴汇合，但那之中有个同伴之外的新面孔。那个人竟然是岚的父亲雷。于是，岚一行人和雷一起以古大秘宝Z的所在地デス・ロッキー为目的地前进。可是在那里，死亡金属四天王之一的鹅肝出现了。

岚一行人向可能藏有古大秘宝Z的火山デス・ロッキー前进。另一方面，德雷克被帝王加拉卡下达若再不打倒长牙狮就要将鳃龙兽破坏的死命令。不知不觉间和岚走散的索尔特等人遭到死亡金属帝国的杂兵Z-BOYS的包围，而且在岚面前，杀气腾腾的德雷克也出现了。

岚邀请德雷克加入无限自由团，德雷克拒绝岚然后离开了。第二天，为了得到古大秘宝Z，无限自由团的各位开始攀登火山。可是，不久在山腰看到Z-BOYS的身影，却那瞬间山上发生了爆炸。骑着肿头龙、异齿龙的加比亚、洋菇出现在岚等人面前。

岚等人和德雷克一起吃饭的时候，一路抵抗组织的人马路过此地。看到德雷克和他们在一起，于是开始谴责岚。虽然岚为德雷克说好话，但抵抗组织的人完全不听岚的话。这时，“死岩”附近的岩壁发生了坍塌，巨大岩石一个接一个地落下……

想要一个人去打倒加卡拉的德雷克与加卡拉对峙，但完全不是对方的对手……岚等人各自做好觉悟，坚定与加卡拉对决的决心。然后，以长牙狮的咆哮声为信号，岚一行人终于向死亡金属帝国的宫殿发起冲锋！

通过强制解放（Death Brust）获得强大力量的死亡暴龙的面前，岚和德雷克看得目瞪口呆。另一方面，在各处与死亡金属帝国士兵战斗的岚的同伴们早已遍体鳞伤、筋疲力尽。这时钢牙虎出现，击退加比亚和洋菇。然后，岚对长牙狮施展本能解放（Wild Burst），故事终于进入最终决战！