宫古新从春季开始被分配到新宿区政府“夜间地域交流科”。这个科的前辈，有埋头于可疑饰演的姬冢西奥，有原来做公关业务的领导榊京一。然后，在今晚的现场——新宿，新看到了妖精、天使和天狗，这些不为人知的“另类生物”。夜间地域交流科的工作，是解决与另类生物有关的超自然现象。看到互相仇视的天使和天狗，榊和西奥打算制止地盘争端的激化，然而新却没有看出来是这样的争斗……

新拥有着能理解人类听不懂的另类生物的语言的“砂之耳”，有着与安培晴明有联系的可能性。夜间地域交流科的科长·仙田礼二指示调查新的家庭背景。新与榊与圣央，走进位于神乐坂的新的老家的仓库，在那里有的是拥有两条尾巴的白色的猫小雪。而后，新他们去了千代田区的狩野一文库。所谓狩野一就是融合了英国系魔术与日本阴阳术融合的魔术道具工匠，古老的阴阳师一族。

最近持续发生的超自然现象，都是由某个另类生物所引起的。另类生物的目的是为了举行僵尸仪式而在收集材料。另类生物将新称为安倍晴明，说道“取乐我吧♪”并将大量僵尸包围了新。心生慌张的新向榊和圣央寻求帮忙。虽然称呼自己为晴明的另类生物感到愤怒的同时，另类生物对他说道如果你不是晴明的话就杀了你。称呼新为晴明的另类生物的真实身份是灾难之神韦韦科约特尔，曾经被安倍晴明起名为“琥珀”。

在新的家中穿着便装缠着不走的湖泊，新对此感到非常困扰。就在这时，夜间地域交流科的传统活动，春季特殊事件定点观测举行了。在新宿的街道上巡逻着的新他们遇到的是，一直在喝酒的另类生物·猩猩、超绝帅气全裸的小豆洗、鬣狗模样的布鲁顿金等另类生物。这些另类生物都听说了新的砂之耳的传闻。而后，他们看见一位值岗的巡警被歌舞伎町的守护神·鬼王权现所掳走了……

新他们前往据说有着“异世界电梯”的新宿都厅展望室展开调查。因为在展望室中失忆事件频繁发生，都厅也允许他们进行现场调查。新和榊乘坐北面的，圣央乘坐南面的电梯，而新和榊所抵达的是另类生物所创作的异空间。微笑地说着“请把你们的那个，给我吧”的另类生物·潘多拉站在他们面前。一旦潘多拉知道新能与另类生物对话后立马就把榊送回了原来的世界。她所寻找的是，好像是某种丧失感……

都内女子失踪未解决案件的被害人一人，从被另类生物囚禁那里，被保护的女子高中生醒过来了。竟然，她是昭和40年代出出生的，从高中的时候被拐走以来，就这样岁数就没增长过。张念追踪这个案件的榊，从她那里听到有关黑色的沙子的话题，得到了某种确信。以前自己的姐姐被拐走的时候也有黑色的沙子留了下来，终于新的眼前的也发生了案件。青梅竹马的泉美被另类生物拐走了。

拐走女性们的另类生物是一种名叫阿萨谢尔的恶魔。阿萨谢尔无法接受曾经是伴侣的少女的死，收集着从女性那里得来的部件，想要复活她们。案件主要发生的场所是女子学校。新、榊、圣央搜查着都内的学校，琥珀现身，诱惑他们去异空间的走廊。但是，走廊内的阿萨谢尔，使用着泉美和榊的姐姐的诗织的身体，已经到了少女复活的最后一道工序。

保持着当时被拐走十七岁的年龄回来的榊的姐姐的诗织。成为特殊的回归社会当中的一员，榊孝敬姐姐能做到的事直率地高兴着。另一方面，新对对阿萨谢尔的恶性熟视无睹的琥珀感到愤怒。但是，琥珀说是为了朋友，说着就移开了视线。新抱着小雪一起去街上了。于是，靠近文京区与台东区的另类生物们对灾祸之神韦韦科约特尔的琥珀的来访而感到惊愕。在东京天空树晴明与绿色的某只八尺鸟的小黑相遇了。

与从新宿区政府机关的职员相田得来的梦相关的另类生物案件。被委托的新听到这些话，相田的儿子连续梦见噩梦。最终不醒来了。在调查与梦相关的另类生物的新。在这时机，在东京都政府举行的交流会上，东京都夜间文化环境局的狩野一悟与一起工作的新。但是，在这之前的新，与悟断定与另类生物谋求互相理解做不到相对，感到很气愤。

对新的砂之耳能力抱有怀疑的目光，并认为另类生物应被全部消灭的悟，冷淡地处理掉了与新心意相通的梦魔。于是，希望通过和另类生物的对话来解决问题的新，悟对他提出用他这双耳朵去解决悟所进行着的案件。现场是体育场，被一个神秘的另类生物，在整个体育场缠上了无数的茧丝。然而，在其核心有一个另类生物幼体的身影，这是一个新都无法用语言交流的存在。

在悟的指示下，新以外的交流会成员开始驱除茧。但是，职员们都被茧给捕食了。制造了蚕茧的另类生物是蚕神。原本是为了给出云献上贡品而再纺丝，由于受到阻扰，变成了作祟神的危险存在。为了平息神的愤怒，需要进行非常复杂的仪式，但如果是新的砂之耳能力的话，即使没有仪式也有可能平息怒气。虽然是个危险的任务，但是现在能做到的这件事只有自己的话，新就会朝着这个方向前进。

某夜，新保护了丧失记忆的另类生物。原来是他附灵的石像被破坏了，没有附灵对象的另类生物只能暂时留在了新家里。新一有时间就和另类生物走到大街上，寻找另类生物知道的线索和新的附灵对象。然而，长时间的超负荷工作，新终于倒下了。发现自己吸收了新的能量的另类生物打算离开新的家里，但是新阻止了他。然后，新对他说这就是自己的工作。