小时候星矢和姐姐星华一起居住的某天晚上遭到不明武装分子袭击，黄金圣斗士艾奥里亚出现救下他们，二话不说地就把星华带走。星矢从此在儿童福利院养大。某一天，星矢和流氓发生争执时其体内的“小宇宙”觉醒了，这段视频也被上传到网上。那晚，星矢被绑架，当他醒来时见到的是一个名为城户光政的大叔，还有他的孙女沙织。光政告诉星矢，15年前他和合伙人梵德格拉受奄奄一息的黄金斗士艾奥罗斯之托，得知众神即将发起战争，冥王黑帝斯和海神波寒冬企图谋杀女神雅典娜统治地球。时间一久，梵德想对抗众神夺取权力，开始组建军队；他也正是过去袭击星矢和星华的人。每当雅典娜陷入险境时都会有以群名为“圣斗士”的正义战士守护着她，而星矢是守护雅典娜的天马座圣斗士。光政要星矢去凯摩斯岛接受训练，这也是寻找星华的线索。星矢不相信这番鬼话，并断言姐姐已经去世了。这时，梵德率领军队向光政所在地袭来，星矢和沙织慌张出逃。

星矢来到凯摩斯岛遭到驱除，白银圣斗士天鹰座魔铃听到他的名字后决定收他为徒。很快6年过去了，决定天马座圣衣归属的擂台赛决赛，由星矢对卡西欧士。星矢驾轻就熟地操控小宇宙力量，用“天马流星拳”将卡西欧士打倒，赢得天马座圣衣，获得“青铜圣斗士”称号。那晚，星矢在魔铃带领下正准备悄悄离开凯摩斯岛却遭到卡西欧士的师傅·蛇夫座夏依娜的阻拦。星矢的攻击对夏依娜无效，最后穿上天马座圣衣与之对抗，燃烧小宇宙，使出音速的“天马流星拳”将其打倒。离开凯摩斯岛后，星矢根据魔铃的指示来到沙织私下举办的名为“银河战争”的圣斗士擂台赛地下会场，据说冠军将会获得人马座的黄金圣衣。第一场比赛由星矢对大熊座檄，星矢轻松赢得首胜。第二场比赛是天鹅座冰河对水蛇座市。冰河打倒对手后，突然宣称要杀死在场有所人并向沙织发难。

沙织对冰河说，传言雅典娜此次转世会为人世带来灾害，是圣域受到蒙骗。冰河一时不知该相信谁，也停止对沙织下杀手。“银河战争”擂台赛继续进行，星矢的下一个对手是天龙座紫龙。过去紫龙在师傅童虎指导修行下，练就了威力足以让庐山瀑布逆流的必杀拳击“庐山升龙霸”，并且凭借无坚不摧的天马座圣衣盾牌，挡下了星矢的每一发“天马流星拳”。星矢正面受到紫龙的强烈攻击，但每次倒下后仍坚持爬起。就在紫龙攻击的瞬间，星矢看破了紫龙的弱点。那就是紫龙摆攻击pose时其心脏部分会有0.001秒的空档。趁紫龙正发起攻击之际，星矢迅速使出天马流星拳，即使紫龙举起盾牌抵抗，仍有一拳击中其心脏部位。绝招被破解了的紫龙再也挡不住星矢的流星拳，被多次击中而倒下，心脏也停止跳动。早已筋疲力尽的星矢不顾自己安危，再一次使出流行拳打击紫龙的背部，让其心脏再次跳动，成功救活了紫龙。然而，梵德格拉正监视着沙织和青铜圣斗士们的一举一动，并派出军队前往“银河战争”的会场。

星矢他们聊及为何来这参加擂台赛的理由，作为在场的唯一女圣斗士的瞬说自己是“不愿意上战场的战士”，参赛只是想用过去哥哥教授的防卫性技巧去战斗，借此怀念他。瞬的比赛对手是独角兽座邪武。起初只躲避的瞬用“星云锁链”反击对手，一击就击败了邪武。那时，瞬的锁链感应到某个危险正在逼近。梵德格拉的军队向他们袭来。虽然圣斗士理不应参与私战和对凡人动武，但为了守护沙织，由星矢带头，并团结冰河、紫龙、瞬3人进行反击，冒着猛烈的炮火，将敌人的坦克、直升机、甚至战斗机逐一被击毁。他们顺利为沙织开辟逃生之路，准备带走黄金圣衣的时候，一名神秘圣斗士出现在他们面前，夺走黄金圣衣并他们攻击。而那人竟然是与瞬分开许久的哥哥，凤凰座圣斗士一辉。

一辉展示出压倒的战斗力，一举击退星矢等人，带着射手座黄金圣衣离开。暂时撤退的星矢等人跟沙织汇合，确认了沙织是雅典娜转世的真相。不知哪里传出的流言，这一世的雅典娜会败给众神，为人类带来灾祸；于是圣域决定杀死雅典娜、独自对抗众神。星矢、紫龙、冰河、瞬4人决定追随雅典娜，成为守护她的圣斗士。为了抢回黄金圣衣，星矢继续追逐正执行某个任务的一辉，并在一座火山中遇到了成为“暗黑圣斗士”的卡西欧士。得到梵德格拉资助的人造圣衣的卡西欧士，其战斗力比以前大幅增强，恨着对星矢的怨恨发起强烈攻击，成功击败了星矢，但他本人也因为圣衣的负荷而倒下。冰河、紫龙、瞬3人也紧接着来到火山洞穴，并遇到了3名暗黑圣斗士的阻拦。瞬识破了对手的弱点，最终三人合力将敌人一一打倒。这时，一辉出现在他们面前。

冰河、紫龙、瞬VS一辉。一辉完全不顾兄妹情，尽施狠招。冰河反击一辉的攻击，击中一辉的额头，让一辉回忆起以前的往事。6年前，一辉在死亡皇后岛接受青铜圣斗士的训练。一辉的师父基鲁提总是要一辉怀着恨意去战斗，要一辉杀死自己。虽然艰苦且无奈，在基鲁提的女儿艾丝美拉达的陪伴和鼓舞下，一辉的修行仍让坚持下去。修行的最后一天，一辉仍未能对师父痛下杀手，结果是基鲁提杀死了自己的艾丝美拉达，还强词夺理地说是一辉害死的。一辉怒气上头，杀死了基鲁提，得到了凤凰座圣衣。一辉施展出压倒性的力量，冰河、紫龙、瞬被打趴在地，就在这时星矢出现了。虽然凭借小宇宙捡回了小命，但此时星矢没有足够力气穿上天马座圣衣。星矢以肉体之躯挑战一辉，使用紫龙的盾牌、瞬的锁链一一化解一辉的攻击，并借助冰河的力量的强化其“天马流星拳”，终于击败了一辉，证明友情的力量战胜了仇恨的力量。恰在这时，火山爆发，洞穴坍塌……

圣域的教皇派出白银圣斗士去铲除雅典娜和青铜圣斗士们。蝎虎座美斯狄前赴“银河战争”会场，引发火山爆发意图葬送星矢等人，不料星矢等人已被穆暗中救走。在海边醒来的星矢听完贵鬼的一番解说后，遇到追杀而来的美斯狄和师傅魔铃。青铜圣斗士与白银圣斗士之间有着力量差距，被美斯狄愚弄的星矢毫无还手之力，魔铃甚至对星矢痛下杀手。不过，实际情况是魔铃了伪造星矢及其他青铜圣斗士的死亡，以此蒙骗伙伴。美斯狄识破了魔铃的手段，出狠招打趴魔铃，苏醒的星矢再次向美斯狄发起挑战。星矢聚集无数流星拳炼成彗星拳让美斯狄后退三步，又徒手接下了美斯狄的绝招“云石旋风”，最后以必杀技“天马回旋碎击拳”杀死了美斯狄。

魔铃对星矢说，一则关于雅典娜将为人世带来灾难的预言导致神域黄金圣斗士的分裂。她相信人马座艾欧罗斯的判断，劝星矢赶紧回到雅典娜身边守护她。白银圣斗士的白鲸座摩撒、猎犬座亚狄里安感知美斯狄的小宇宙消失而返回海边，亚狄里安通过读心术得知魔铃已背叛圣域，两人联手生擒魔铃。魔铃被挟持为人质，为救师傅的星矢返回海边，与两名白银圣斗士对峙，并得知魔铃有个小时候失散了的弟弟。被倒立绑在岩石上的魔铃即将被被海水淹没，性命危在旦夕，一番苦斗后星矢终于击败了摩撒，但疲累的他却随后被亚狄里安的“百万幽灵拳”打倒。看似无谋乱使流星拳的星矢，实际是为了救出魔铃。魔铃挑战亚狄里安，亚狄里安无法读童为忘却过去而带上面具的魔铃的心灵而瞬间吃瘪，被魔铃的一个飞踢“鹫星闪光”打败。夜里，魔铃不辞而别，星矢心里留下师傅魔铃是否就是自己失散多年的姐姐的疑问。

星矢和冰河、紫龙、瞬汇合后，在瀑布附近找到了沙织。沙织对星矢谈起预言给自己造成心中不安，而星矢认为沙织不会是坏人，选择相信沙织。这时又一名圣域的刺客，白银圣斗士乌鸦座基米安向他们袭来。基米安用乌鸦之羽困住星矢等人的行动，然后将沙织掳走。摆脱困境的星矢单身追赶，救下沙织后却遇上了同来行刺的蛇夫座夏依娜。被逼上悬崖的星矢，抱着沙织纵身一跳，依靠天马座的力量保护了沙织，掉下悬崖的自己却奄奄一息。本来到崖底收尸的基米安，无畏地面对他的沙织释放的壮观小宇宙让基米安乃至悬崖上的夏依娜等人震撼万分。基米安正要向沙织索命，这时凤凰座一辉出来救场，一掌把基米安击飞到九霄云外。白银圣斗士地狱犬座达狄、英仙座亚鲁哥双双驾到，一辉凭借“凤凰幻魔拳”，让达狄成为其拳下亡魂。

一辉和亚鲁哥正要开打时，瞬、紫龙、冰河跑来支援，一辉却溜走了（装完B就跑真他妈刺激…）。亚鲁哥持有的美杜莎之盾让瞬、冰河双双石化，沙织也面临石化的危机。于是紫龙自挖双目，凭借听风辩器的本领与对方战斗，一招“庐山升龙霸”击败亚鲁哥。因为白银圣斗士屡屡失败，教皇决定出动黄金圣斗士。趁着伙伴休息，星矢在夜间散步时，原本是敌人的夏依娜跑来告诉他圣域已派出黄金圣斗士行刺，而来到星矢面前的正是过去拐走了星矢的姐姐星华的黄金圣斗士，狮子座艾欧里亚。艾欧里亚一举手指头就把星矢弹飞到十丈远，一边倒的战斗中夏依娜身负重伤。穿上人马座黄金圣衣的星矢一边反击一边质问艾欧里亚。沙织和紫龙等人也来到战场，艾欧里亚感受到雅典娜的温暖小宇宙，逐渐理解哥哥艾欧罗斯还有星矢的想法，于是返回圣域。在圣域，叫板教皇的艾欧里亚开始了和仙女座沙加的千日之战。

梵德格拉立志要让人类历史从众神的淫威下得到解放而组建军队，并用科学的力量开发出了暗黑圣斗士。他把自己和挚友城户光政的裂决归咎于雅典娜转世的城户沙织。辰己和沙织吵架，星矢带沙织散心，这时却遭受暗黑圣斗士的袭击，沙织被掳走。沙织被带到梵德格拉面前，梵德格拉向她啰嗦了半天当年自己和光政如何领养婴儿沙织，自己如何担忧人类的未来，又如何和光政反目成仇云云，结论沙织必须死。及时赶到的星矢拦下了梵德格拉的一刀，梵德格拉又非常科学地解释了雅典娜如何跟哈迪斯、波寒冬将给人类带来浩劫有关。沙织肯定对方为人类未来着想的想法，向梵德格拉合作，但被对方拒绝。星矢带着沙织逃走，和瞬、紫龙、冰河汇合，被暗黑圣斗士包围。这种情况下，沙织建议他们去释放梵德格拉存储于地下室的小宇宙能量。

沙织成功释放了被人工存储在地下的大量小宇宙，梵德格拉的研究所即将爆炸，星矢等人却陷入与暗黑圣斗士的苦战。辰己开来直升机救援，沙织、星矢等人在爆炸之际得以及时脱险了。沙织刚得知分别已久的爷爷光政的死讯而默默哀悼中，直升机却遭到不明攻击而坠落。原来是梵德格拉亲自穿上强化的暗黑圣衣复仇来了。瞬、冰河、紫龙，甚至试图反抗的的沙织都一一被梵德格拉的科技力量所打趴在地，唯独星矢多次承受攻击又再三站起来挑战梵德格拉。星矢述说了自己与沙织初遇之时沙织如何尊重自己对姐姐的思念之情，梵德格拉没有正视人类的情感而是沉迷于自己的武力。觉醒了天马座力量的星矢，向对方使出无数的流星拳，梵德格拉胸前的吸收装置终于承受不了星矢的无尽小宇宙力量而撑爆了。就此，星矢等人和暗黑圣斗士的战斗告一段落。星矢等人再次表示和雅典娜同进退时，一支冷箭毫无预兆地向沙织的胸口直射过来，让众人不知所措。这也是另一场壮烈战斗开始。