学园都市新学期开始时，在某起事件受伤的学园都市第一名，“Level5”一方通行仍在医院疗养。最后之作对于一方的康复感到非常开心，策划举办了纪念派对，还动员了“妹妹们”准备。在某个和平的午后，全副武装的“警备员”造访医院。据闻针对一方通行开发的秘密兵器被窃，犯人的目标就是一方通行本人…。

夜晚，潜入学园都市的少女被“警备员”追赶。她侵入一方通行的病房，一番激战后被“警备员”逮捕，最后留下的是一张最后之作的照片。一方通行为了调查内幕，要求“警备员”交出少女，然而“警备员”拒绝并展开了攻击。他们投入的新型机动兵器其实隐藏秘密。当晚，逃亡的少女再次造访一方通行的病房。

出现在一方通行面前的少女名叫埃斯特·罗森塔尔。知晓盘踞于“警备员”的黑暗深处中的组织“DA”正在计划某种阴谋的她，将一切事情的开端全是她将自己的技术带进学园都市造成的事、最后之作已经成为他们的目标的事，以及只有她自己一个人实在无能对抗他们的事全告诉了一方通行，并向他请求协助。

埃斯特为了让被施展死灵术的人皮遗体回归正常的状态而进行处理，然而却遇见了准备处分遗体的“DA”队员。在埃斯特的处理下，寄宿在遗体身上的模拟魂魄，祸斗动了起来！DA的其中一位队员趁着一方通行的伤口裂开时逃离现场，并在路上抓住碰巧路过的御坂一〇〇四六号当作人质展开逃亡。

“警备员”根据突然获得的情报逐一对“DA”的据点展开攻坚，于是DA决定向菱形求助。如今失去了埃斯特，夺取最后之作的计划又以失败告终，那麼如果能将绑架的人质带来或许就能想点办法。听信了菱形的这番话的DA为了将御坂一〇〇四六号送到他身边，动用了多脚兵器“狼蛛”加以应战。

因为其凶恶程度而一直遭到封印、由四名能力者所组成的暗部组织“食尸部队”，为了将“DA”抹杀而被派遣展开行动的她们，如今将獠牙转向了她们所憎恨的万恶之源．正当埃斯特看著奈留以嬉戏玩乐般的态度攻击着祸斗，内心充满绝望之际，有如要挺身而出守护她们两人般，一方通行出现了！

在“警备员”、“DA”及“食屍部队”所有人都已经倒下的一片惨状中，埃斯特看出了一方通行在战斗中拯救他人的力量，并希望能认他为师父。尽管一方通行满脸不愿意，但埃斯特还是不断地拜托着他。在这个时候，三架“棺材”――“穷奇”、“浑沌”、“饕餮”突然现身了。

为了追求“绝对能力（Level6）”的力量，菱形不断地反覆进行著实验与研究。而妹妹蛭魅也以被验者的身分支持着哥哥的梦想。他们两人有一天与“死灵术师”埃斯特相遇了。知道自己已经没有多少时间的蛭魅，做出了某项决定。受到那项决定的影响，埃斯特和菱形做出了某个“选择”，而这竟招致了悲剧…。

埃斯特如今终于下定决心要导正自己过去犯下的错误。在回收御坂一〇〇四六号、并完全拷贝10031次的死亡记忆之后，菱形获得了迈向“Level6”的关键。一方通行躲避着三架“棺材”的攻击，并抵达了菱形研究所的所在地。尽管他救出了御坂一〇〇四六号，然而这时“公式”却早已完成了。

舜帝之剑最终未能刺中目标。“公式”安装完毕后，蛭魅开始以爆发性的气势向周遭膨胀。然後，当埃斯特等人好不容易逃出来后，出现在她们眼前的是蛭魅现在的真面目．第四只编号恶灵“檮杌”。或许是判断已经没有必要再继续欺瞒任何人，檮杌开始谈起过去为实现罗森塔尔家的宿愿“打造完美的魔像”。

为创造出罗森塔尔家四百年来的宿愿“完美的魔像”，在背后教唆檮杌的“恶魔”，正是罗森塔尔家第四代的当家伊萨克。在得知从御坂一〇〇四六号体内抽出的10031次的死亡记忆是达成这项目的的关键，一方通行感到无比愤怒。他向埃斯特提出了质问，“你到底想用自己的双手拯救什麼？”

埃斯特为了守护重要的约定；祸斗为了守护主人；菱形干比古为了夺回蛭魅；御坂10046号则是为了向玩弄记忆的伊萨克报复…每个人秉持着各自的立场及各自的目的，五个人终于来到了伊萨克的面前。然后，埃斯特手上的舜帝之剑贯穿了伊萨克…！！