母亲因病而亡的武士之后龙之介，失去了生活的信念，就在他四处彷徨时，被要上京的尊王攘夷派浪士打劫而身无分文。因为没有食物和钱财，就在龙之介快饿死时，被前往京都路上的芹泽鸭救起，并被带回刚成立的新选组（岁三等人刚刚上京），依次遇见了新选组众人。厌恶武士这一职业的龙之介本打算道谢后就离开，却被以其应报恩为由半强制地被芹泽收为小厮帮忙跑腿，留在新选组。同时新选组内部面临重重危机，芹泽与岁三近藤等人的矛盾与日俱增。

斋藤来到了京城，回到了昔日武道馆的同伴身边，岁三命新八等人前去街上巡逻（还未得到番邦的同意），在街上遇见了为人打抱不平却实际上连剑都不会拔的龙之介，众人赶跑了仗着武士之威欺负平民的浪人。另一方面，为了迎接家茂公入阁，岁三等人前去护卫（实际上并不是真正意义上的护卫，几乎只是围观），但仅仅如此让近藤等人雀跃不已，新的未来仿佛就在眼前。

新八与斋藤在遭遇非法浪人，经历一番激战满身浴血地回到了组里，众人分析了时局的不利性。不久之后会津公收新选组于其羽翼之下，使众人得以堂堂正正上街巡逻。芹泽提出大家一起去花街庆祝，龙之介由此邂逅了言语颇为激烈刺激了芹泽的艺伎小玲，龙之介挺身保护小玲。另一方面岁三制订了新选组的法令，内容及其言明，意图在于限制芹泽等人的肆意行为。

由于上京以来总司的情绪问题，岁三勒令其离开新选组回去。此集讲述了总司小时候被姐姐送到新选组成长起来的故事。殿内向芹泽表忠，有意表示对近藤非武士出身的嫌恶。却被芹泽桶给了总司，晚间殿内被总司斩杀。

芹泽以收取保护费的方式为新选组筹钱，再次引来岁三众人的不满。龙之介再次巧遇小玲。另一方面，会津中将准备接见新选组，并观摩组里的比武。众人以此为展示实力的好时机并最终赢得了中将的赞赏。

为解决组里人手不足（实际上是幕府的命令）芹泽提出了利用雪村纲道的化若水，组里的第一次实验开始了，众人都亲眼目睹了变若水的可怕与不可控制性，另一方面芹泽与总司在大阪的时候与空手力士的打斗演变成了一场乱斗。

岁三与芹泽就大阪的乱斗争吵一番。芹泽身边的新见积极地接触雪村，进行更进一步变若水的实验并以街上抓来的不法浪人为实验对象，结果自然又引发了一场骚乱。

关于罗刹的骚乱不断困扰着新选组。龙之介接受了斋藤的建议开始由其教授剑法。另一方面街上开始出现打着新选组旗号打劫钱财的浪人，由于人数众多，岁三与山南与其众人搏斗时力不从心，最终使他们走逃。

龙之介被山崎指责不知道自己的目标、摇摇摆摆模糊的过着人生，既没有武士的样子，却留在新选组不走，芹泽再次在花街惹出麻烦，人们开始畏惧新选组的存在。变若水的实验对象择为偷了芹泽东西的组里成员，罗刹又一次窜入市井街道。

芹泽烧毁和外国做非法生意的黑店，不明事故的众人都以新选组为恶。随着清晨的一声炮响，国内动乱的格局与战争似乎一触即发，新选组接到命令前去护驾，不为军队所认可的新选组在两难境地之时，芹泽显示出了异常的胆魄，由于此次护驾的优秀表现，新选组被授予“新撰组”的名号（之前为只称壬生浪人组）。

近藤劝说芹泽先生隐退（迫于会津公对于芹泽表现不满的压力），表明自己一定会使组里壮大龙之介巧合之下得志了芹泽不久之后将于人世，另一方面新见携带着效果开始稳定的变若水出逃准备卖出变若水，被闻讯赶来的岁三等人斩杀。

会津公下了命令要除掉芹泽，岁三近藤决定合众人之力杀掉芹泽，龙之介得知此事，竟已来不及告诉大家芹泽的身体问题，最终芹泽被杀，众人亦决意杀死跑丢的龙之介，然而被总司找到的龙之介展示出与其最早截然不同的求生欲，最终被总司推进河里故意放跑。从此新选组在黑暗之后走入了黎明，而变若水的研究转而由山南进行。