一次任务结束后，零正驾驶雪风返回。途中遭遇一架酷似Super Sylph的未知战机，由于雪风判断其为JAM，零将其击落。因为爆炸距离太近，零被弹片击伤，后座的武器操作官跳伞后失踪。修养结束后，零返回了部队。杰克为零的复出开了一个小型派对，在酒醉的酣梦中，零看到一个长翅膀的女妖被锁在牢房里，而钥匙就在他手中……其后的另一次任务中，零又遇到那架神秘的战机。追击中雪风的系统不但被入侵，更遭到JAM超级对空导弹的攻击，但最终在雪风的保护下零奇迹般地躲过了死亡。为了弥补高昂的人员损失，SAF（特殊战）准备采用无人机代替现有战机，首先是雪风，但遭到零的反对。在和杰克的一番争吵后，零不快离去。

雪风有了新机体：FFR－41 Mave“风之女王”，而零仍然坐在轮椅上神志不清。在一次无人驾驶的试飞中，雪风的控制系统神秘失控，并将己方基地上的战机全部击毁，在那一刹那，零恢复了神志。无奈下SAF决定仍由零驾驶雪风，并与TX-1进行协同作战训练。正当训练结束正准备返航时，编队突然遭到JAM的偷袭，为掩护指挥机撤离，没有武装的零只能徒手同JAM周旋。祸不单行，雪风的发动机竟突然熄火，形势立刻变得紧张起来。就在此时，雪风控制TX-1前来相救，并撞毁一架JAM。这边雪风仍在下坠，身后有还2架JAM追击。就在触地前的瞬间，零帮助雪风成功地重启了发动机并将机身拉起，而JAM则坠地爆炸。

FAF宇宙防卫军团所属的巨型核动力空母“Banshee”IV号机遭到JAM侵染后失控，将所有返航的己方战机击落，并向基地袭来。SAF命令零驾驶雪风将程序员汤姆上尉送上Banshee，试图夺回这个庞然大物。降落到Banshee后，两人随即展开行动。随着调查的深入，零遇到了一系列怪事，更惊恐地发现：JAM竟在复制舰上的人员！阴谋初露端倪，JAM正在利用复制人逐步渗透瓦解FAF，直到有一天彻底从内部颠覆人类！了解到相关情况的FAF决定击毁BansheeIV，零和汤姆被要求立即撤离。将零送上雪风后，汤姆坦言自己正是一个JAM的复制人并从容赴死，留下万分惊愕的零独自驾机返航。汤姆死前喃喃自语：“我…是个人类吧。”降落后，零蜷缩在坐舱里开始深思

雪风换装了新型的冲压发动机，杰克获命随同零前往南极上空进行超音速测试。在穿越“通路”时，3架JAM悄悄尾随而来。“通路”的地球一侧此时由日本“海军”负责守卫，大型核动力航母CVN56担任旗舰。在与突然出现的JAM交火中日军损失惨重，升空的战机几被全歼，另有一艘驱逐舰被重创。残存的一架JAM突破防线向日航母疾冲过去，幸好雪风及时赶到，在几乎撞到航母时将其击落。由于燃料耗尽，雪风被获准在航母上降落加油。在航母上零邂逅了随军嵌入采访的作家杰克森女士。加油完毕后，雪风一路顺风地返回了FAIRY。刚穿过“通路”，机上的IFF（敌我识别器）突然响起警报，雪风转入自动驾驶。那架熟悉的不明机慢慢靠了过来，而它上面的驾驶员竟和零一模一样……

失去基地的FAF倾其所有同JAM作最后一搏，计划在撤退到地球时用战术核弹将“通路”彻底摧毁。JAM终于露出狰狞面目，整个FAIRY星球都是敌人设下的陷阱。人类被玩弄了33年，游戏结束了，成千上万的JAM如火山爆发般从四面八方涌出，直接向FAF的机群撞去。敌人还首次动用了电子支援机，在强烈干扰下FAF的无人机系统失效，成批的无人战机被瞬间秒杀，场面极为惨烈。面对绝对优势的敌人，人类作着毫无指望的挣扎……形势异常危急，零带着杰克“一定要回来”的嘱托率领三架搭载先进激光武器与核弹头的无人机轻骑士毅然杀向敌阵，为主力部队杀出一条血路后引开JAM（因为JAM只对零与雪风感兴趣）。FAF的残部籍此终于逃回地球，而零，在引爆轻骑士搭载的核弹头后如悲风骑士般被淹没在JAM的汪洋中……杰克来到美国做了一个默默无闻的平民。对他来说，零永远活在心里。