身体机械化的“扩张者”与有着一般肉体的人类共同生活在社会之中。而乾十三则是以解决扩张者引发的问题的职业「处理屋」维生。有一天，一个全身扩张者的壮汉出现在十三面前，并委托十三保护一名少年。然而，在十三在接下委托之后，突然有一位修女出现在他眼前。修女表示少年是被人从孤儿院诱拐出去的，并要求十三将少年交给她，然而……

十三所保护的少年.铁朗正遭到巨大企业贝鲁联公司派出的追兵追赶。十三在与修女战斗的过程中坠落到了地下水道，并从全身扩张者的壮汉口中听说了铁朗在贝鲁联公司的主导下、被埋藏在身体之中的真相。之后，十三徒手停下了载着铁朗、正准备返回设施的列车，并再次和修女展开对峙。在击退修女之后，十三带着铁朗准备将他藏匿起来。这个时候，贝鲁联公司派来的某个人物出现在十三面前，并与他进行交涉。

九星会管理的移民街“九星窟”接连发生了小孩遭不明人士袭击的事件。犯人夺走了小孩扩张的手脚，并且悬吊在醒目的地点。九星会认为这是反扩张技术派.斯匹兹卑尔根对九星会发起的挑衅行为。九星会虽然委托十三寻找犯人，但十三则认为这是贝鲁联公司留给自己和铁朗的信息。

杏和安蒂这两位少女是受到贝鲁联公司命令执行任务的扩张者。康宁汉对于这两人没能完成使命感到不满，但在得知这时现身的十三「里面」的人就是铁朗后，他高兴得无以复加。为了实行他原先打算对十三进行的某个目的，康宁汉夺去了安蒂的自我，并让她失控。铁朗试图透过调和远距离操纵变成失控扩张者的安蒂，然而他自己如今也已经濒临极限。

十三在理发店接受“枪头”的保养后，复兴厅扩张对策局（EMS）的奥莉薇出现了。十三因为涉嫌违反EX法而被宣布拘留。 十三被带去了奥莉薇那里，在那辆车里，奥莉薇要求履行和十三之间的“约定”。此时出现了逃亡中的囚犯，对车队进行了冲撞。拘束具脱落后的囚犯开始狂暴起来，向着一起被带走的斯卡蕾特一行人袭去。

一边杀人一边逃窜的犯人戈登利，十三接受奥莉薇的委托对其进行调查。奥莉薇为了对戈登利进行公开审判，要求十三将他活捉。十三前往凶案现场，遇到了库洛然。之后，十三发现了受害者之间的关系，便与库洛然一起向“下一个受害者”所在的位置赶去。那个人是第一位全身扩张者，被人们誉为英雄的“麦加阿姆德斋”。

将袭来的戈登利击退的十三向麦加阿姆德斋问起了被盯上的理由。事情追溯到了被称为“诺兹斯科特的噩梦”的戈登利杀害自军士兵的事件。另一方面，为了掩盖这一系列事件，复兴厅撤除了奥莉薇的局长职位。十三已经没有了继续介入这件事的理由，库洛然也希望十三就此停手。

想要隐瞒“诺斯斯考特的噩梦”的不仅是麦加阿姆德斋。他害怕十三他们找到真相，便试图杀害他们。十三与麦加阿姆德斋展开了角力，却因为连续战斗的伤势而败北。但是，看似被完全破坏的十三体内的程序启动，使得战斗再次开始。然而，十三的那副姿态，已然成为了失去自我的疯狂的扩张者。

为了对铁朗和十三进行身体维护，玛丽搬到了乾相谈所。铁朗在维护的时候向玛丽问起了成为扩张技师的理由。虽然玛丽不太想回答，但还是坦白自己想要找一个人，如果当上技师的话也许还能再次见面。这时，一名倒在楼外的扩张者被抬了进来。他叫柯尔特，是玛丽曾收治过的病人。

柯尔特手中的扩张体零件是玛丽的哥哥维克多的。铁朗和玛丽追寻维克多的线索。途中发生了爆炸，引发了骚乱，原来是柯尔特的所为。他就是针对贝琉连的恐怖袭击的执行者。而十三也受到委托，追捕了与反扩张技术主义团体斯匹茨卑尔根有关联的男子，最终知道了斯匹茨卑尔根的真正目的。

和十三一样的“枪奴机件”赛文和可以控制他的“射手”派帕在十三的事务所出现了。派帕并非是受到了贝琉连的指示，而是因为个人的要求来访。她想把十三变成自己的所有物。十三和赛文的战斗开始了。虽然由于铁朗的介入，派帕他们撤退了，但十三却受了很重的伤。在这种情况下，十三接到了一个奇怪的委托。

罗莎在遭遇意外事故而失去双亲后，身边就不断出现诡异的状况，到最后甚至还有人表示看见了“扩张者的亡灵”。十三在半信半疑地接下了从那个“亡灵”手中保护罗莎的委托。然而，罗莎对扩张者抱持着强烈的戒心。之后，随着“扩张者的亡灵”出现在十三面前，事件的真相也即将水落石出。