曾经有龙族栖息，现在是人族繁衍之地的西耶萨西马大陆。 在魔术士培养机关“牙之塔”生活的少年·奇利男谢洛，为了寻找变身龙形怪物并失踪如姐姐般的·阿莎莉，而踏上了旅程。自那之后过了五年，男子改名为欧菲，做着非法放贷的营生。 有一天，欧菲与地人族博鲁坎，一同对艾巴拉斯汀家大小姐实施结婚欺诈。

欧菲终于与化身龙形怪物的阿莎莉见面，然而却让她逃走了。欧菲从曾经的师父·查尔德曼处得知五年前阿莎莉变身龙形怪物的原因。是因为使用了古代遗产·巴鲁多安德鲁斯之剑的魔术实验遭遇失败而起。为了消灭阿莎莉而前往追踪的查尔德曼等人，与欧菲同行。欧菲下定决心，就算拼上性命，也要保护阿莎莉。

查尔德曼率领的阿莎莉讨伐队和欧菲，找到了化身龙形怪物的阿莎莉。面对来袭的阿莎莉，欧菲的声音无法传达，讨伐队成员被逐个杀死。查尔德曼与阿莎莉展开对峙，欧菲一边防御着双方的魔术，一边为了拯救阿莎莉说服查尔德曼。然而，查尔德曼最终打倒了阿莎莉。眼见怪物死去的欧菲，察觉到了一丝违和感……

五年前，欧菲以奇利男谢洛之名，在“牙之塔”修行。牙之塔的教师·查尔德曼指导的查尔德曼教室里，有7名学生。奇利男谢洛、哈帝亚、科米库隆、阿莎莉、蕾蒂莎、伏尔特、克尔根七人。有一天，奇利男谢洛和阿莎莉去一处废村扫墓。突然出现的袭击者，宣称自己劫走了阿莎莉。

欧菲和中途加入的同行者克丽奥、马吉克一起，向着牙之塔所在的塔弗雷姆市前进。一行人在途中，穿过大森林芬利尔之森。为了寻找食物，马吉克在此遇到了巫女菲耶娜。附近有龙族信仰者的隐乡“伟大的心脏”，马吉克被居民们抓住了。为了救助马吉克，欧菲与教祖麦克杜加尔对峙，并被逼入绝境……

与麦克杜加尔对峙的欧菲面前，突然出现了深渊龙族。欧菲被深渊龙族的魔术击中，但在菲耶娜的治愈之力下得救。明天，麦克杜加尔就要前往龙族的圣域，为了这个目的，他要牺牲菲耶娜。马吉克想要拯救菲耶娜。菲耶娜告知欧菲等人，让他们逃离隐乡……

欧菲为了拯救菲耶娜，要打倒麦克杜加尔。麦克杜加尔因为在基姆拉克教会发生的意外，要去龙族圣域获得力量。深渊龙族的大群逼向隐乡。因为麦克杜加尔和村民们触犯了进入深渊龙族圣域的禁忌，深渊龙族要消灭他们。于是欧菲便打算阻止深渊龙族……

深渊龙族之子雷奇加入了欧菲一行人。途中，一行人遭遇神秘暗杀者袭击。暗杀者的脸，和过去的欧菲，奇利男谢洛一模一样。欧菲和义姐蕾蒂莎再会，一行人到达了牙之塔所在的塔弗雷姆市。城中发生了牙之塔长老们被暗杀的事件。欧菲等人入住蕾蒂莎宅邸的当晚，在欧菲面前出现的暗杀者，竟自称为奇利男谢洛。

蕾蒂莎回忆起了和奇利男谢洛等人，在牙之塔时代的过去。奇利男谢洛和阿莎莉消失后的五年间，蕾蒂莎一直在等待他们归来。蕾蒂莎将自己的心声告诉欧菲。这时，收到了克丽奥被劫走的消息。欧菲为了救克丽奥，前往暗杀者所在的查尔德曼宅邸。

潜入查尔德曼宅邸的欧菲，开始与暗杀者的战斗。这时，暗杀者的身份终于揭开，他是天人族的遗产，杀人人形，是阿莎莉为了完成自己理想中的暗杀者，将其变化的产物。阿莎莉通过让欧菲与和奇利男谢洛相似的人形战斗，企图让他变回原来的奇利男谢洛。欧菲通过人形，开始面对过去的自己。

在查尔德曼宅邸的战斗中负伤的欧菲，回到蕾蒂莎宅邸休憩。夜里，欧菲被入侵宅邸的不明人物袭击。想要变强的马吉克，决定加入牙之塔。在牙之塔中，欧菲与曾经的师父，掌握牙之塔实权暗中行动的教师沃尔再会。欧菲告诫他不要对自己的伙伴下手……

马吉克完成了入门牙之塔的申请。欧菲等人回到了蕾蒂莎宅邸，克丽奥却被不明人物袭击。追踪袭击者的蕾蒂莎，遭遇了暗算。当晚，阿莎莉出现在欧菲面前，告诉他沃尔一派正在寻找本应在查尔德曼手中的“世界书”，查尔德曼教室的成员都被盯上了。欧菲为了主动出击，前往了沃尔等人所在的牙之塔。

潜入牙之塔的欧菲等人，与等候已久的沃尔·卡连的部下们展开战斗。战胜了敌人的欧菲与沃尔·卡连对峙。而后在伏尔特和阿莎莉的帮助，逮捕了沃尔一派，成功让他接受审判。阿莎莉得到了原本在查尔德曼手上的“世界书”，并告诉欧菲接下来要去基姆拉克教的总部所在的基姆拉克市……

为了查明查尔德曼的阴谋是什么，阿莎莉带着巴鲁多安德鲁斯之剑和“世界书”出发前往基姆拉克市。与此同时，为了和阿莎莉决一胜负，奥芬打算只身前往基姆拉克，但最终还是决定与克丽奥、马吉克一起前往，因此他们告别了蕾蒂莎。欧菲他们的旅程究竟会何去何从……