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居住在边境地带的少女莱帕德，失去至亲的痛苦让她对统治着海峡对岸的小双侠王国怀抱仇恨。为了复仇，她以祖先大盗贼杜伦布贼党的首领“多龙芝”之名自称，将同样以杜伦布为祖先的沃尔特卡茨和艾列潘图斯作为手下，成立了新生杜伦布的莱帕德，以海的彼端为目标进发！
杜伦布一伙人登陆了小双侠王国所支配的大陆，但在那里等着他们的并不是小双侠，而是模仿小双侠外形的机械兵。本来打算用弹额头来教训小双侠的杜伦布，面对机械兵团，反而成为了被追赶的一方。落到窘迫地步的多龙芝他们在偶然逃进来的山间小屋中与失明少女阿卢埃特相遇了……
失明少女阿卢埃特认为突然出现的多龙芝三人是为了实现自己的愿望而来的天使。与阿卢埃特同样因为双亲被夺走而对小双侠怀恨的青梅竹马加利纳，决定与多龙芝等人一同前往，让小双侠尝到被弹额头的滋味，于是他们一起踏上了前往小双侠所在的首都雅特·梅特罗波利斯的旅程。
多龙芝一行人遇到了孕妇小咪。她的丈夫比内被充作强制劳动的人员而被王国的士兵带走。多龙芝他们为了夺回比内挺身而出。虽然作战成功了，但多龙芝他们却被害怕小双侠的比内密告，而受到了小双侠的部下·五郎将军的袭击……。
多龙芝一行人造访了由于雪祭而变得热闹的萨巴利市，次日，他们得知相扑、拳击和摔跤大赛即将举办，而优胜者可以获赠赏金以及作为奖品的羊。为了获得金钱和羊，加利纳准备在相扑大赛中出场。但在街上遇到的少年小刚为了替生病的母亲取得医药费而要出赛相扑大赛，多龙芝他们知道这件事后感到非常困惑。
在五郎将军的一再追击之下，伯亚基他们提议暂时撤退，但多龙芝却反对。这时他们一行人再次遭到将军的袭击，加利纳被捕，多龙芝变成了孤身一人。同伴之间第一次变得四分五裂的事实充斥着多龙芝以及伯亚基他们的思绪。成功重聚、团结一致的杜伦布，为了救出加利纳而展开奋斗。
如同隔开外洋与内洋的堤防一样的高大墙壁耸立于托马克地方的海上。众人在海岸救了遭到小双侠兵袭击的渔夫龙。由于饥饿而意识朦胧的多龙芝一行人中了模仿“浦岛太郎”的五郎将军的陷阱，被关在海中发电所的密室内。在那里，龙说出了自己想要穿越墙壁前往外洋的梦想，听过他的梦想之后，加利纳为了实现这一梦想而进行协助。
伯亚基和东兹拉计划着利用栖息在屈斜路出斜路湖的传说生物库西来大赚一笔。但库西真的存在吗？这一疑问随着幼年库西的登场而解决了。得了感冒而向加利纳撒娇的多龙芝，对思念母亲的库西感到同情，不顾危险打算将他送到他的母亲那里，但也因此而与五郎将军发生了冲突。
多龙芝等人被进入认真模式的五郎将军抓住，被送到阿瓦莱西的大监狱。幸运地逃过一劫的加利纳，认为这一次该轮到自己去救出大家了，而鼓足了干劲。救出的时机需要等到护送车到达监狱为止。加利纳飞乘上黑猩猩桑皮守着的赛车，和五郎将军的机甲展开了激烈的追逐赛。
杜伦布潜入了位于海角的王国首都雅特·梅特罗波利斯。阿卢埃特期待着与双亲和爱犬·小汪重逢，但多龙芝他们却亲眼见到了强制劳动的惨状。此时，小双侠十二神将阻拦在一行人的面前。在被抓住并带走的多龙芝等人的面前，宿敌小双侠终于现身了！
邪恶的元凶并不是小双侠，而是骷髅兵卫，多龙芝等人得知了这一真相。这是王国的住民所不知道的背后的历史。另一方面，在阿瓦莱西一战中败北的五郎将军被收监在单间牢房，但当多龙芝等人也被关进他所在的牢狱中时，他终于取回了过去的记忆……
杜伦布宣言打倒骷髅兵卫，并开始了行动。然而，注意到人们企盼着英雄的加利纳，和接受了家人的死的阿卢埃特一同，继承了新世代小双侠1号&2号的名号！！……但那同时也意味着与杜伦布的分别。打倒骷髅兵卫，为世界带来黎明曙光的最终决战开幕！！
