乾事务所遭受到打着反扩张主义旗号的恐怖组织袭击。在那些袭击者之中，有梅雅莉一直在寻找的哥哥维克托的身影。随着岁月的流逝，十三、梅雅莉及维克托三人间的因缘将会彼此交错。而这一切很快地，也将为十三的秘密、贝鲁联的企图与铁朗的命运带来巨大的影响。

梅雅莉和自己的亲生哥哥.维克托重逢了。然而现在的他已经不再是梅雅莉所认识的维克托了，这使得梅雅莉感到百思不解。而和维克托曾有过一段很深的因缘的十三也感到惊讶不已。在击退斯匹兹卑尔根派来的恐怖份子后，十三与梅雅莉为寻找维克托动身前往九星窟。半路上，十三向梅雅莉提起了自己曾受到维克托委托，拜托十三保护梅雅莉的往事。然后，两人终于抵达维克托的基地。正当十三打算一探维克托真正的意图时，EMS突然现身了。

十三和维克托在斯匹兹卑尔根的基地内展开了激烈的战斗。维克托趁隙接近十三身边，然后仿佛是在宣示自己的外号“解体者”一般，维克托在转眼间开始解体十三的身体。在十三的身体开始发出悲鸣时，维克托道出了十三的过去。身体因为遭到拘束而无法动弹的梅雅莉利用出乎意料的方法尝试脱逃。为了打倒维克托，十三和梅雅莉决定采取某个起死回生的战术。

十三和维克托之间的战斗终于结束，但EMS的艾比.柯波却在这时现身了。他为了抓住维克托，将梅雅莉掳为人质，质问维克托的本体的下落。十三虽然介入了两人的交涉，然而现在的他浑身满目疮痍，实在看不出来他能有什么办法。但是，十三的身体却突然变形，变成了没有人能料想到的模样。

与斯匹兹卑尔根之间的抗争终于告一段落，十三来到了斯卡蕾特的父亲经营的理发店。他拜托斯卡蕾特的父亲整修头部，享受久违的平静时光。这时，有一位中年男子来到了店内，并由斯卡蕾特负责为他洗头。而这名男子每当看见斯卡蕾特做出任何行动时都会发出奇怪的叫声。完全摸不着头绪的斯卡蕾特为此感到相当困惑，这时梅雅莉也来到了店内，并且对中年男子的言行举止感到相当的可疑。

一位名叫艾玛的女性造访了乾事务所。看见十三的头也毫无动摇的她表示想拜托十三寻找她的丈夫。她的丈夫叫爱德蒙，和十三一样都是全身扩张者。在知道丈夫可能打算要危害某人后，决定前来委托十三处理。为了调查有从军经验的爱蒙德，十三动身前往复兴厅，但却得知他的情报已被限制阅览，而十三也从这一点窥见了上层的意图。

爱德蒙在寻找的对象是和十三同为枪奴机件的“斐卜”。但是从十三口中道出的出人意表的真相使得爱德蒙震惊不已。而他也道出了自己和斐卜之间的关系。那是大战即将结束、导致斐卜对爱蒙德产生恨意的一段过往。另一方面，铁朗和梅雅莉也对枪奴机件与十三之间的关系产生了某个疑问。

为自己的过去苦恼的铁朗占据了十三的身体，来到了夏沃斯基博士的面前。而他正是与贝鲁联共同创造出扩张技术的人物。然后，铁朗的调和拥有对枪奴机件而言十分重要的某项机能的事实也终于曝光。为了捉拿铁朗，岛津等人将十三团团包围，而过去曾经败给十三的岛津这时也决定对十三展开复仇。

铁朗为贯彻自己的理想，与夏沃斯基博士展开了对峙。但是，面对将自己扩张体化的博士，铁朗陷入了苦战。铁朗在战斗中发动了调和，然而他选择调和的目标却远出乎博士的意料之外。另一方面，十三在击败岛津后与功木展开了对峙。因为身体因为被功木扎满了针而无法顺畅活动身体的十三被逼入了绝境。但功木此时却表示十三接下来要对付的敌人是岛津。正当十三感到百思不得其解时，岛津令人意外的真实模样曝光了。

正当十三与赛文在激烈交锋时，此时的功木正盘算着该如何处置眼前昏迷的铁朗。这时，过去的同门师弟克罗涅出现在他面前。如今已处于不同立场的两人随即展开了战斗。十三在与赛文的战斗中回想起昔日的过往，并且将赛文与过去只是个战斗道具的自己联想在一起，正当十三以为战况对自己有利时，赛文的身体竟然又进一步发生了变化。

铁朗对十三使用了调和，并窥见了他在战争期间的记忆。那是一段十三和可说是自己同伴的同型枪奴机件之间的悲剧。当十三和铁朗仍处于昏迷时，克罗涅和赛文展开了战斗。过程中贝鲁联的私兵突然介入，使战况陷入了混乱。而佩芭在得知眼前的众多市民都在注视着自己后，对赛文下达了一道出人意表的命令。

佩芭在小时候，做为一个孤儿被贝鲁联收留，但却因为扩张处理适性低落的关系即将面临被“废弃”的命运。不过，她在最后一刻得到了一个机会。那就是接受为控制枪奴机件所进行的Hands的移植处理、看身体能否有办法承受的试炼。然后，佩芭和枪奴机件七号机相遇了。他虽然是个强大的兵器，但却因为不安定的性格，迟迟找不到适合者。