适逢德川家康利用忍者来决定将军的继承人选，家康决定让本是宿敌的两大忍术宗家——甲贺流和伊贺流，分别派出10名最优秀忍者，进行一场生死对决，最后的生还者可享千年荣禄，所支持的一方继承人也将继承将军的名号。然而殊不知，两家首领为了双方孙儿们的恋情早有和解之意，然而宿命终归不是人能掌握。

就在分别身为甲贺流和伊贺流之人的弦之介与胧约会之际，前来寻找胧的伊贺众人欲劝胧回去，就在此时，众人遇到争斗不休的丈助和腊斋老，伊贺众人在从丈助那里的首领卷轴中得知两家已经解除不战之约，而后伊贺众人假意邀请身为甲贺流的弦之介和丈助到伊贺一游。卷轴传回伊贺后，众人知晓双方首领已死的消息，至此，两家的战争也正式拉开。

伊贺打算先对可能会将消息带回甲贺的风待将监下手，不料半途伊贺5人却遇到甲贺的地虫十兵卫，轻敌的药师寺天膳让其余4人前往追击风待将监，自己留下对付十兵卫，结果却被深藏不露的十兵卫刺穿胸口。另一边，就在伊贺4人成功击杀将监时，将监却在最后关头扔出卷轴交给隐藏暗中的十兵卫，十兵卫在逃离途中竟被本已死的天膳拦截。

尚不知实情的弦之介、胧和丈助三人依旧沉浸在和解的假象中，酒宴过后，朱绢将酒醉的丈助关入牢房，趁夜想取丈助性命的朱绢来到牢房，却见里面空无一人，就在与察觉恶意的丈助陷入恶战时，被赶来的胧阻止。随后胧发现阵五郎想要刺杀弦之介，为了惩罚阵五郎胧使用了破幻之眼，急需水的阵五郎遇到丈助，丈助察觉他想刺杀弦之介后对其进行逼问，不料反被其杀。

甲贺的众人因担忧弦之介派胡夷前往查看，而弦之介尚不知丈助已死。伊贺流天膳等5人假借使者之名来到甲贺，欲将甲贺众一举歼灭，不料甲贺早有准备……另一边，前往伊贺锷隐的胡夷半途遇到伊贺的可疑之人，而弦之介也察觉到不妥，希望胧能派人去甲贺确认丈助是否已经回去，而胧也因知晓伊贺众人的意图开始担忧丈助的安危。

认为甲贺众已知晓伊贺行踪的天膳5人，欲赶回伊贺击杀弦之介，途中却遇到甲贺的胡夷，天膳料胡夷尚不知情打算将她骗到伊贺，然而警觉的胡夷说要先回甲贺询问，却被念鬼所擒。而另一边，猜测到已经解除不战之约的甲贺众派出左卫门和刑部前往伏击夜叉丸，从夜叉丸口中得知全部事情，因担忧弦之介，左卫门假冒夜叉丸欲往伊贺。

腊斋老前往逼问胡夷说出甲贺十人众的忍术，因贪恋胡夷美色而正中胡夷下怀，被胡夷吸干血液而死。而易容成夜叉丸的左卫门到达伊贺后，被萤火认作是真的夜叉丸，并从萤火口中得知首领与将监已死的消息。另一边，返回伊贺的天膳也将于甲贺已经解除不战之约的消息告知了胧。

因垂涎胡夷美色，阵五郎中了胡夷的圈套，凭借特殊的体质逃过一劫，正欲逃离的胡夷遇到前来的念鬼，本想故技重施，不想中了念鬼的忍术。易容成夜叉丸的左卫门要求萤火带其去见妹妹胡夷，不料看到胡夷被念鬼所杀。正欲找寻弦之介的左卫门不料碰上了胧，被胧的“破幻之眼”看破忍术而逃，与刑部找到弦之介，告知了全部事情。

看到胡夷死状的胧因担忧弦之介的安危，赶往其住所，却目睹弦之介使敌人自灭的力量，欲杀弦之介的小四郎，不料却因胧的阻挠中了弦之介的瞳术以致重伤，面对冷淡离去的弦之介，胧伤心不已。天膳告知胧天正年间甲贺趁织田袭击伊贺时的所做作为，要胧带领伊贺与甲贺战斗。

骏府内，响八郎向家康汇报了伊贺与甲贺从解除不战之约开始双方的交战与死亡名单，听后家康等人均为双方忍术之斗的妖异及激烈感到赞叹。而就在双方争斗不休之时，骏府内也同样处于争斗尖峰，双方继承人的支持者也频频向对方暗中出击。

小四郎重伤后，胧想起祖母的话，认为自己的双眼可能会成为将伊贺逼入绝境的元凶，为此，胧用七夜盲将自己的眼睛封了起来。而后，甲贺流送还了人名帖，还有弦之介的战书。弦之介想要利用此举引诱伊贺众前来，念鬼为了煞天膳的傲气，想要在此立下功劳，便独自一人想要杀了弦之介，不料却中了豹马的瞳术。

左卫门追寻赶回伊贺的萤火无果而返，看到被自己的毛发紧勒致死的念鬼，想起妹妹胡夷的惨死，不由恨由心生。而在伊贺，双目失明的小四郎想要训练自己的听力，但是开始的失败令他懊恼不已。另一边萤火继续向着伊贺前进，却遇见了左卫门假扮的念鬼。

易容成念鬼的左卫门，告诉萤火弦之介等人已被自己杀死，唯独左卫门逃脱，并告诉她杀死夜叉丸的正式左卫门，以言语打击萤火，让其疏于防范，最后萤火察觉念鬼是左卫门假冒，然而一切皆以来不及。另一边，剩余的伊贺5人也踏上了追击甲贺等人的战斗之路。

为了让胧对弦之介断绝念想，天膳欲让胧成为自己的妻子，对胧做出了非礼之事，而知道天膳意图的小四郎因怀有对胧的感情而痛苦不堪，就在自己不知如何抉择之时，暗中跟踪伊贺之人的刑部，偷袭了天膳。阵五郎以为天膳已死，愤怒之下在船上狂乱的寻找刑部，却被刑部丢入海中，溶化致死，而就在刑部得意之时，却看到了被自己杀死的天膳。

天膳与刑部在船上展开对决，因无奈刑部的忍术，天膳只得以语言激将，让刑部想起了因伊贺的阴谋而惨死的父亲，却因之后的不战之约而无法报仇，心怀私仇的刑部也因此才独自追击而来。就在与天膳对抗时，刑部因无辜孩童与自己相同的遭遇有了动摇，正欲逃离之际，却中了朱绢的忍术，最终为天膳所杀。

受不战之约约束的伊贺和甲贺原本也充满欢乐，虽然双方的宿怨还未完全消融，然而在双方首领的努力下，局势也正往和解的方向行进，早已在儿时就与胧见过面的弦之介，成年后在首领的带领下来到伊贺与胧相亲，羞涩的胧在弦之介面前显得笨手笨脚，但是弦之介却发现了她的独特之处。

行进的弦之介等人发现阿幻的鹰脚上抓着人名帖卷轴，弦之介与阳炎遂追赶而上，欲解决剩余两人的天膳发现其中一人竟是弦之介，追鹰而去的弦之介则是左卫门所假扮，中了豹马的瞳术。以为天膳已死的小四郎悲痛之中起了带胧离去的念头，但是想到胧心中只有弦之介，欲前往击杀弦之介。

面对小四郎的出现，豹马要弦之介等人先行离去，独自留下对付小四郎，却惨死在小四郎手下，临死的豹马忆起由儿时起便跟随自己学习瞳术的弦之介，原本弦之介只是一味要求学习瞳术，对自己教授的基础不屑一顾，而在领悟其中道理后，全心全意跟随自己学习。

慌乱中的小四郎听到左卫门模仿的朱绢的声音，被告知豹马的确已死，左卫门偷袭了她与胧住的客栈，胧惨死，以致小四郎情绪激动，最终中了左卫门与阳炎的计。赶来的胧与朱绢，在悲痛之中埋葬小四郎后遇到了伊贺支持的竹千代的乳母——阿福夫人，阿福夫人告知两人伊贺和甲贺双方之战的真正原因乃是为了选出继承人。

左卫门假扮天膳，来到阿福夫人、胧与朱绢所在的客栈，告诉朱绢杀死小四郎的阳炎的踪迹，悲痛与愤怒使朱绢失去警觉，跟随假冒的天膳前往，最终被二人所杀。而另一边，在朱绢与假天膳离去后，复活后的天膳出现在了阿福夫人家臣的面前，就在朱绢死后，带领着家臣找到了左卫门。

复活后的天膳带领家臣找到左卫门假扮的自己，要其展示一下天膳的不死之技，就在左卫门想法推脱之时，被天膳与众家臣刺死，而在临死前得知了天正年间天膳的阴谋。假意投靠伊贺的，却不知左卫门已死的阳炎来到阿福处，察觉面前的为天膳本人时欲用自身忍术将之毒杀，最后却被阿福的家臣所擒，用以引出弦之介。

被擒的阳炎饱受天膳的非人折磨，胧赶来为阳炎求情，就在天膳想要侵犯胧时，弦之介出现，救下阳炎后与天膳陷入恶战，也从天膳的口中得知天正年间的阴谋。为了设计让彼此不要忘记应当憎恨的对手，天膳蓄意挑起了当年的战端。

弦之介最终将天膳击杀，重伤的阳炎为了能与弦之介在一起，想要以自身毒气与弦之介一同赴死，而就在此时胧睁开眼睛，破了阳炎的忍术，致使阳炎独自死去。阿福夫人带着众家臣赶到后，天膳想要再次复活时，胧用“破幻之瞳”让天膳彻底死去，然而天膳体内的寄生物却说出了众人弦之介的藏身之处，阿福要求胧与弦之介在服部半藏面前一决胜负。

在服部半藏与阿福面前，就在众人紧张关注着必要决出胜负的胧与弦之介之时，胧却用刀刺进了自己的心脏，阿福夫人以为自己一方已经注定失败，弦之介却在卷轴上写下了最后胜出者乃是胧的信息，并将自己与胧的名字划去，随后自杀与胧一起随川而去，最终由伊贺支持的竹千代继任将军而宣告终结。