1945年秋天，扶桑的魔女宫藤芳佳来到赫尔维希亚。在第501统合战斗航空团再集结的期间，在医学院进行短期留学。 非常努力地学习的宫藤，忙到完全没自己的时间。 某日，认识了一位新的朋友，名叫阿尔特娅的少女，来到图书馆找到正在读书的她。 “芳佳小姐，您有客人喔。” 就这样通知她的阿尔特娅背后站立的，是位宫藤非常熟悉的人。

知道低地国的安特卫普有异变发生，而飞往现地的宫藤。 在那她看到了巨大的涅洛伊，即将逼近城市。应该是恢复和平的土地，却出现了涅洛伊，受到如此冲击的宫藤，决定要守护百姓，执意一人面对迎战。“不可以去啊！” 面对周遭要塞和战列舰的攻击依然前进的强力涅洛伊，到底她能不能打倒它呢？

新加入第501统合战斗航空团的服部静夏。个性认真的她，却一直紧张出差错，弄到自己快没自信了。 而在内心支持她的人，就是站在旁边让她憧憬不已的宫藤芳佳。“我要和宫藤一起飞！从今以后也要一直和宫藤在501！”但是在莉涅和贝鲁尼他们的训练当中，宫藤的身体却发生了意想不到的事。

在涅洛伊没出现，且安详平静的某日午后。格纳库内读着新闻的夏莉，突然大叫“被打败了！”。原来是夏莉所保持数年的摩托车最高速纪录，被人超越了。 想要再次刷新纪录的夏莉，从车库内把爱车拖引出来。“最高速的纪录人一定是我”“我也来帮忙吧！”

佩琳和宫藤们受尼德兰女王邀请，前往她所居住的德哈尔城堡。 在那佩琳一行人从女王那接受请求，要将梦幻的蓝色郁金香“尼德兰女王”培育开花。 由于花朵含蕴着女王的愿望，佩琳直接响应“请务必让我们来做！”

为了搜查进军柏林的路线，侦察任务派出巴克霍隆和哈特曼前往。 南风作战计划重新开启，而显得有点兴奋的巴克霍隆，不知在前面等待她们出现的是新型涅洛伊，进而双方进入激战状态。

为了找寻能让宫藤恢复魔法力的药草，莉涅起身往森林去。她在一个小祠洞内发现了一个箱子，并将它带回，却发现里面放了个体型奇怪的土偶。结果好奇心甚强的鲁基尼对这土偶充满兴趣，在它的胸部擦了擦，双眼发出诡异的光线，发生了她意想不到的事。“我要揉啊揉～！”就这样异常的她，开始了一场连想都没想过会发生这样的悲剧。

巡逻任务中的桑妮亚和埃拉遭遇到的涅洛伊，从雾中窜出有着隐身的能力。因为这种涅洛伊，让下一个战略目标基尔军港被浓雾给包围住，造成夺回柏林作战进展的障碍。桑妮亚对此事态提出使用自己的索敌能力来应战，并找出涅洛伊的方案成立。“绝对会成功的，明娜中校”她便和埃拉、宫藤、服部一起，往浓雾的方向前进。

以基尔军港为基地，开始进行柏林夺回作战计划。但却察觉到占领柏林上空有涅洛伊的巢穴“狼”，并有强大的火箭型涅洛伊攻击前来。现阶段的强袭魔女们还无法提出有效对策，去对付超高速飞行且超越音速的涅洛伊，明娜一行人因此失望落寞。这时，乌苏拉出现了说“我带来新设备了”。

“柏林夺回作战”终於开始了。B17轰炸部队和直接进攻“狼穴”的第501部队，因B17轰炸机开始投下抗涅洛伊气爆弹后，“狼穴”的云层进而散开，终于出现了真身。“501部队请准备下降！”因B17轰炸机的出击，而让宫藤一行人逼近“狼穴”的真身，但此时却出现新型态的涅洛伊。

宫腾芳佳消耗了魔力拯救了基尔之后，军方对她需要十天才能参加战斗而感到不满，魔女们希望可以推迟十天再开始作战，这样宫腾就能以万全的状态参与战斗。但是柏林作战是多方联合作战，并不是她们一方就可以推迟原定的计划。

柏林作战全面展开，各地的魔女都在努力的完成各队的目标，但５０２部队正在面对正面主力部队陷入苦战，如今５０１部队正在通过柏林的地下通道，尝试侵入园顶内测，因为克莉丝对地铁很有兴趣，所以详细了解过地铁的线路，这时服部的飞行脚似乎粗线了鼓掌。