“冬木”的大圣杯被抢劫，“圣杯战争”的系统崩溃数十年后。自由佣兵的死灵之魔术师マンサー。狮子劫界离被魔术协会参加“圣杯战争”。那是，为了争夺圣杯的大事件，两个阵营分成七骑对七骑争斗的空前绝后的“圣杯大战”。狮子劫带着媒介“圆桌的碎片”，奔赴作为战斗的舞台，罗马尼亚。

在巴士颠簸中，陷入沉思的一个少女―Ruler。通过凭依在一名法国少女的身体打破惯例被召唤的她，对该次大战感到难以言表的不寻常。但因自己的本职，依然开始了前往罗马尼亚的城市去・图利法斯。另一方面，红与黑的两大阵营的战斗开始了——

供给槽中的一个人造人醒了过来，他为了自己的命运进行了抵抗，逃到了外面的世界，眼看就要达到身体极限的时候，黑之Rider出现在了他的面前。另一方面，红之Lancer出现在了前往图利法斯的必经之处。

暴走的”红”之Berserker向黑放据点的城塞到逼近。为了抓住良机，ユグドミレニア一族与从者们对他迎击。黑方的御主与从者离开了城内，人造人的少年一边思考黑之Archer的话，一边苦恼自己的生存的意义。在那里黑之Rider出现，少年切实地感受到了真正的微笑

将自身心脏献给人造人少年的黑之Saber逐渐开始消失。Ruler与黑之Saber定下的契约决定誓死守护少年的生命。然而，少年得救的喜悦也仅次于此，黑方阵营要求引渡少年一人。

从图利法斯的地下墓地(catacombe)转移到锡吉什瓦拉的市集的狮子劫和红之Saber与魔术协会交流情报。令全罗马尼亚恐慌的连续杀人鬼的本体是从者，这与魔术协会的隐秘宗旨相悖，因此拜托狮子劫前往调查。