平凡的小学三年级的小学生高町奈叶和一个来自为太古遗产进行挖掘而来异世界米德芝尔达的尤诺·斯克莱亚的魔法邂逅下，成为了与尤诺一起对平行次元中存在的高度科技的文明的遗产——“圣石之种”进行收集的魔法少女。

曾经历过圣石之种事件半年后的高町奈叶与菲特·泰斯特罗莎两人则以朋友方式重逢，但随后卷入了一场袭击奈叶的大战。敌人目的正是以非法手段夺取魔导师的魔力资质，从而引发了时空管理局的重视和调查。

有一对负责研究“行星重生”的夫妇和两个女儿一起生活在Eltria的世界中。当Eltria世界快接近于毁灭危机的时候，父亲不幸病倒了。两女儿之中的妹妹缇丽耶·弗洛里昂为了救助父亲和“行星重生”的研究，把希望寄托在了“遥远的异世界”上。而另一位大女儿阿米缇娅·弗洛里昂作为姐姐得知后就跟随阻止缇丽耶。最终来自Eltria世界的阿米塔（阿米缇娅）、缇丽耶和伊丽丝等三人的行为一直影响到了高町奈叶、菲特·T·哈洛温、八神疾风等人所生活的世界“地球”上来了。

行星艾尔托利亚的来访者缇丽耶·弗洛里昂为了拯救快濒死的父亲和星球，来到地球上找到“永恒结晶”时，被同行来的伊丽丝骗了。伊丽丝的目的是为了“永恒结晶”内的U-D进行复仇。同时被伊丽丝唤醒的暗王（Dearche）、星光（Stern）、雷刃（Levi）三人、与跟随缇丽耶和伊丽丝而来到地球的阿米缇娅·弗洛里昂、地球当地魔导师高町奈叶、菲特·T·哈洛温、八神疾风等人各自发生了伊丽丝与U-D两人之间的战斗。