皇家警察特殊犯罪搜查科（RIS）正在追查某个犯罪者。这个以凶恶犯罪者为目标的连续杀人魔总是在犯罪现场留下“B”的字样，因此被成为“杀手B（Killer B）”。某一天，刻有“B”字的犯罪事件再次发生，搜查官莉莉赶到现场时遇到一个男子。留着胡须的懒散中年男子，名字叫做基斯·风间·弗利克，是回归RIS的搜查官。就在RIS搜索“Killer B”的时候，突然接到军用战车在街市上引发暴动的消息。

RIS来到议员一家惨杀事件的现场进行调查。基斯看了一眼现场留下的“B”字，就识破这是冒充者的犯罪行为。然后在那里突然收到发现新的尸体的报告。那是一具与议员一家无关的男性尸体。分析结果表明该男性是被新型毒气毒杀。接到犯人下次要在市长举办的宴会上实行犯罪的预告，RIS来到现场做好警备工作。在那样严密的戒备的会场中，现出了一个露出凶恶笑容的男子的身姿……。

仿佛被什么东西指引而来的黑羽和一个谜之角色伊邪那美对峙。黑羽毫不犹豫地对引诱自己的伊邪那美对发起攻击。二人间脱离人类范畴的战斗开始了。另一方面，远离因毒气事件造成混乱的宴会会场的基斯，目击到黑羽离开会场的身影，于是和与鲍里斯一起追踪上去。在公路上展开战斗的黑羽和伊邪那美，最后二人来到了一个无人的湖泊。

为了寻找各自怀着的重大疑问的答案，基斯和黑羽不约而同地来到同一坐图书馆。另一方面，对接连不断发生的不可思议事件有种不协调感的莉莉，为了让自己混乱的头脑清醒，突然拜访基斯家。莉莉对一系列的事件展开讨论并寻求建议，但不知为何基斯拒绝讨论此事，并警告不要再深究下去。

布莱恩因为抓住了什么重要线索而遭到袭击。虽然RIS全力搜查而没有显着进展，大家都万分焦虑。犯罪进行时的监控录像全被抹除，考虑到警察相关人员参与犯罪的可能性，情况越来越严重。这时，基斯以布莱恩留下的信息为基础单独展开行动。察觉到这一点的莉莉想协助他，基斯却总是躲避着她，让她越来越焦急。

RIS开始追捕被误认为是袭击布莱恩的犯人的基斯。追寻着基斯的足迹的鲍里斯一行人目睹了堆积如山的资料，一窥追逐着什么似的的基斯的神秘过去。 另一方面，成功与黑羽接触的基斯，知道了黑羽不断地刻上“B”字的理由，开始讲述二人之间的联系。就在基斯和黑羽继续对话的时候，谜之组织的刺客袭来！

基斯和黑羽遭受皆月率领的谜之组织的袭击。无论如何都想得到黑羽的身体的皆月，不顾同伴的生死，向黑羽发起总攻击。完全没做好范围皆月对策的黑羽，身体被撕裂得支离破碎。但是即便如此，黑羽还是向自己一直所追寻的东西伸手。筋疲力尽的黑羽就要被带走的危难时刻，基斯采取的行动是……

警察上层依旧把行动不明的基斯视为嫌疑犯处理，追究埃里克的责任，以解散RIS为威胁加紧对基斯的搜索。RIS搜查基斯的房间的时候，莉莉从无数的计算公式中发现了一个女性的身影。那个时候，与负伤的黑羽一起隐居起来的基斯，述说了以往发生的杀人事件彼此相互交错的那段过去。

基斯和埃里克在审讯室对峙。曾经是师徒关系的二人围绕着案件展开了对决。埃里克掌握到一连串的案件背后有着一个被称为“造市者”的公共隐秘组织干预着。可是，基斯更加深入地推导出操纵着这一切的那个人物才是真正的元凶。已经查明真相的基斯打算再次单独行动，但是埃里克以朋友的身份喝住了那样的基斯。

向老人星飞去……黑羽相信着这句话，一直在北壁的顶峰等待着那个时刻的来临。另一方面，按照基斯的策略，以自身为诱饵的莉莉，因为敌人的巧妙伪装而失去踪影。在所剩不多的紧迫时间里，在基斯和埃里克的指挥下，驱使着大脑和技术迅速地确定了莉莉的所在地。而那个时候，手术台上醒来的莉莉，面对的是将要切开她皮肤的锋利的手术刀。

基斯和黑羽终于迎来了最后时刻。把多年来所思所想刻在胸中，前往各自的决战地点。基斯把手枪藏在怀里，乘上公交；黑羽从悬崖跳下顺风飞起，直向老人星。

“正如碑文所显示的那样，你和那家伙在这里迎来最后的时刻……舞台已经布置好了。将所爱之人的最后，烙印在这双眼睛上。”