21世纪中期，经历惨烈的“境界战”后，日本遭受全球四大经济体割据统治。热爱机械的少年椎叶海士，生为日本人的身份使他对未来不抱希望，某天他在山中遇到了能够自主思考的人工智慧“垓”，并为了保护朋友，而搭上人型特殊机动兵器“AMAIM”，海士与世界的命运就此转变。

在大洋洲军的袭击之下逃过一劫的海士与垓踏上逃亡之路。某天，饥饿难耐的海士在深山中走进了一座小小的田地，并在那里遇见了好心的老夫妇，靠着他们的帮助继续前进。然而，挡在前方的是以行动统一著名的亚洲军，海士是否能顺利逃出生天呢？

遭受亚洲军攻击的海士与垓，被一架未曾见过的神秘AMAIM拯救，其战斗力之强大，转眼间就把亚洲军的无人机部队全数击倒。这架AMAIM带领海士他们来到一个秘密营地，原来是诉求日本复权的反抗军组织“八咫乌”的根据地。海士会加入他们吗？悄悄袭来的黑色机体又是何方神圣？

偷袭八咫乌营地的黑色机体，竟然是杀死雅心父亲的神秘无人机“鬼魂”，即使海士与雅心同心协力，仍然难以敌过鬼魂的强大实力。四处袭击各方组织的鬼魂，背后究竟是谁在操控？八咫乌遇袭之后伤亡惨重，海士也受到了沈重的打击，究竟他的决定会是……？

海士来到了莉莎的故乡，想跟莉莎的亲人或朋友告知她的消息。占据此地的亚洲自由贸易协议派驻了一位新的代理执政官，而他却利用权势暗地里进行不道德的勾当，并打算将魔爪伸向莉莎的朋友们。才刚经历生离死别而大受打击的海士，是否能够振作起来战斗，保护大家呢？

一边避开亚洲军耳目，一边朝反抗军总部前进的海士和雅心，因机体受损而进城采购零件。不巧，居心叵测的大洋洲军发动了攻势，而进行反击的亚洲军，却已无暇顾及城中居民的安危。此时一架神秘机体横空而出，说要“处罚”大洋洲军和亚洲军，这架机体究竟是何方神圣？

海士与雅心和新成员史恩会合后，三人一起前往八咫乌反抗组织的总部。与此同时，北美军在布莱德的率领之下，决定潜入亚洲军的地盘，揪出鬼魂并将其捕获。缠斗中，布莱德展现了过人的指挥与战斗能力，但鬼魂却以惊人的速度学习成长，究竟他们谁能胜出？

抵达八咫乌总部之后的海士、雅心与史恩，暂时放下机体与战斗，参与一个山中废村的重建任务。原来八咫乌不只是个反抗作战组织，为流离失所的日本民众重建家园，也是复兴日本的重要任务之一。他们能成功将没水没电的废村，打造成适合人居的地方吗？