古森太郎是一名普通的中学生，和家人居住在水天镇，父亲经营着一家祖传的酒仓，母亲是一名家庭主妇。古森太郎经常会做同样的梦，梦中总会出现一间破旧的房子，房间角落里的床上躺着两个被绑着手的小孩，醒来的太郎就用录音笔记录下自己的梦。学校最近转入很多转校生，B班的中岛匡幸就是其中之一。中岛匡幸属于自来熟，很快的就认识A班的古森太郎和D班的大神信。

11年前，古森太郎年仅3岁，与大自己5岁的姐姐香共同成为诱拐事件的受害者。犯人在逃避警察追捕时被迎面而来的货车撞死，失去线索的警察四天后在废弃的医院找到姐弟二人。古森太郎活了下来，但是瑞香却失去生命。事件发生后的一周，大神信的父亲大神英雄在家自杀身亡，警方怀疑两起案件有关联，却找不到证据。放学后的古森太郎闯入神社旁的森林，在森林里见到奇异的景象。

大神信深受大神英雄自杀的影响，整天沉浸在音乐当中，喜欢的时候才会去学校。古森太郎去中岛匡幸的家玩时，发现中岛匡幸有着轻微的恐高症。三个人内心都有着不为人知的秘密。中岛匡幸提议去古森太郎曾经被绑架的医院探险，借此克服古森太朗内心的恐惧。到达神社的古森太郎发现大神信也被中岛匡幸叫来，三人一起前往医院。

传说医院里有个地下室，进入里面的人会很快的死去。进入到医院的三人先去寻找地下室，没有找到后又来到三楼曾经囚禁古森太郎和瑞香的房间。三人突然变得突然呼吸困难，驹玖珠都也变得呼吸困难。呼吸顺畅后，古森太郎三人面前出现奇异的景象，惊恐的三人奋力逃跑，发现自己变成意识体的三人再次返回房间，进入各自身体逃出医院。龟岩神社神主驹玖珠找到三人，给三人举行驱魔仪式平息大山的愤怒。

回到现世的古森太郎、中嶋匡幸、大神信，对曾经发生过的意识脱离身体的现象感到疑惑。古森太郎在参加每周都要进行的心理咨询课时，向新来的心理咨询老师平田请教，平田也给不出具体答案。送前来家访的平田离开时，古森太郎向老师吐露内心真正害怕的不是姐姐的去世，而是母亲的崩溃。夜晚时分，三人再一次体外脱离，三人的意识体在异世飘荡时碰到能看见他们的老人。

老人没有固定的家，一直在日本各地流浪，最近才来到龟岩山。老人警告三人意识体形态存在时间太长对身体不好，三人急匆匆的回到身体。中岛匡幸爬上天台站在栏杆外，想要用暴露的方法，摆脱曾经遭自己欺负的同学跳楼自杀带来的阴影。前往龟岩山寻找老人的古森太郎又一次体外脱离，醒来的时候不小心摔下楼梯。

古森太郎被驹玖珠和驹玖珠都送往医院，在医生凤丽华的建议下做了全面检查。中岛匡幸带着礼物出现在医院看望森田太郎，碰上前来探视的平田与凤丽华。四人一起来到办公室，在平田与凤丽华的解释下，森田太郎与中岛匡幸了解到很多关于大脑的研究。两人发现各自的情况很符合平田的一些介绍。

平田对古森太郎有着很浓的兴趣，他想通过研究古森太郎的情况，了解人类大脑的具体活动。古森太郎体外脱离进入到自己的身体，在龟岩山寻找神秘老人的时候，碰到前来向驹玖珠询问父母事情的大神信。大神信听不到古森太郎的呼喊，但是驹玖珠都却能看到他的意识体。驹玖珠以为自己的女儿有精神分裂症，不相信她能够见到幽灵的说法，偷偷的和凤丽华有着联系

小英一行去曾经绑架古森太郎和姐姐的绑匪藏匿的地方探险，无意中看到浑身黑色的幽灵被车撞的画面。听闻这个传言的古森太郎约中岛匡幸和大神信一起去探查真相。三人的意识体来到小钢珠店，遭到变成幽灵的绑架犯的攻击，中岛匡幸超常发挥打败幽灵。中岛匡幸的父亲中岛康弘是大日本生物产业研究所负责人，下班回到家的他被围绕在妻子周围的幽灵吓到。

为帮助被学长欺负的星野道男，中岛匡幸被三年级的学生盯上，带到学校后面的森林里，大神信的出现让惧怕他的三年级学生放开中岛匡幸。平田对古森太郎做心理辅导时被指出行为异常，平田才发现自己因为下班后见到奇异现象开始害怕起来。晚上出门散心的驹玖珠碰到在山里烤火的老人，大神信的意识体则根据自己的意志幻化成狼的形态在异世里飘荡。

古森太郎在体外脱体时发现龟岩水坝里飘着一具尸体，正在上体育课的驹玖珠都也感觉到同样的事情。古森太郎一行四人前往水坝，在爬山的过程中经过一番谈论，认为灵魂在异世中可以变换成自己任何形态。水坝周围聚集了很多人，早苗也在其中。大神英雄、早苗、矢崎、驹玖珠高中时代是很好的朋友，四人曾去过水坝医院探险，大神英雄因为穿过焚烧通道见到奇异的东西。

开车送中岛康弘回家的凤丽华见到变成狼的大神信，而结束对古森太郎心理辅导后的平田在教室里遇见长着一张恐怖脸的幽灵。驹玖珠因为驹玖珠都在体育课上的异常表现，被老师请到学校会谈。放学回家的古森太郎碰到尾随父亲到学校的驹玖珠都，两人在河边聊天时，驹玖珠都突然被一言神附身沉入河中。古森太郎背着驹玖珠都回到神社，而大神信则向奶奶追问大神英雄自杀的真相。

睡梦中的古森太郎体外脱离，回到11年前的绑架案现场。想要阻止绑架案发生的古森太郎进入绑匪的身体，来到还在正常运行的水坝医院。碰到在长椅上休息的病人爷爷，两人探讨着过去与未来的话题。意识到自己脱离身体很久的古森太郎匆忙告辞老人，却来到更加奇特的世界，在这里遇到意识体贝原直人。

驹玖珠认为女儿的精神状况越来越差，于是和平田约定下午四点带着驹玖珠都前往学校就医。古森太郎四人与驹玖珠、凤丽华在教室外等待会诊结果时，谈到了附身到驹玖珠都身上的一言神。教室里，平田向被自己催眠的驹玖珠都询问究竟水天镇出现何种问题时，得到“神明太多”的答案。大神家的佣人宪子向众人宣布驹玖珠都是下一任神主，而回到家的大神信发现奶奶已在神案前去世。

古森太郎曾在体外脱离时闯入酒粬培养室，导致酒粬发育过分活跃，今年的治酒计划也就此作废。愧疚的古森太郎前往久间田向惠姐道歉，在巴士上碰到前往同一地方的大神信。中岛匡幸和星野道男在家外抓到秘密警察铃木诚一，通过相互交换情报了解到日本生物产业研究所正在进行的研究很古怪，两人使用小诡计查到中岛康弘的电脑上密码。

从惠姐家出来的古森太郎和大神信来到早苗居住的地方，大神信质问父亲自杀的真正原因，但是他的母亲拒绝回答，情绪失控的他愤怒离开，而古森太郎发现这里的老板是曾经在抽象界遇到的意识体贝原直人。体外脱离的中岛匡幸来到日本生物产业研究所，发现这里聚集着大量的无头幽灵，更是在研究室里发现中岛康弘真正的研究—生化人。

驹玖珠很担心女儿的精神状况，在与流浪老人交谈的中得知，大神拜灵会盯上驹玖珠都的目的并不单纯。古森太郎越来越少的梦到姐姐，在最近一次的梦中，瑞香对着平田喊弟弟，焦急的古森太郎急忙辩解，却发现躺在床上的姐姐变成驹玖珠都。森田太郎坚信驹玖珠都是姐姐的转世，驹玖珠都认为自己就是自己，两人因此产生矛盾。

11年前在古森太郎和瑞香被绑架前，日本各地发生多起儿童失踪案件。警察推测古森太郎与瑞香本来应该是失踪案件，由于某些原因变成绑架案，而失踪的儿童则是最早的器官提供者。放学回家的驹玖珠都发现驹玖珠被人砸伤头部，躺在石阶上。早苗通过信件告诉他11年前绑架案的真相，绑匪当初想要绑架的是大神信，而不是古森太郎和瑞香。

11年前，大神姫子利用自己的关系和绑匪做交易，将大神信替换下来，目的在于让大神信继承大神拜灵会，大神信的父亲因为无法承担真相自杀身亡。早苗割腕自杀，被大神信从火场里救出，但是记忆却出现问题。古森太郎在医院碰到驹玖珠都，驹玖珠都仿佛不认识古森太郎一样，古森太郎内心因此深感不安。

铃木诚一调查得知凤丽华其实是多国间谍，她在日本生物产业研究所工作有着不可告人的秘密。平田笃司与凤丽华通过邮件研究自己的大脑透视图，平田笃司深信两人看到幽灵是因为天水镇的原因。听说大神家被神灵眷顾，越来越多的民主聚集到大神家，驹玖珠都被宪子操控成为新的大神公主。凤丽华的助手古沢裕将偷出日本生物产业研究所研发的生化人，将其扔到水坝中。

大神家已经完全被宪子掌控，只有年轻的女子才能进入，于是大神信拿着吉他到古森太郎家借住。恢复意识的驹玖珠被宪子方面催眠，想不起自己是被谁伤害，通过驹玖珠夺回驹玖珠都的方法因此无法实施。天水镇一半的民众加入到大神拜幸会，而且人数有增加的趋势。众人聚集在龟岩神社，对天水镇谜一样的现状深感担忧。

台风夹杂着迅猛的暴风雨来临，宪子操控驹玖珠都预言龙神将会在天水镇降临，引得众多民众前来。古森太郎打扮成女孩子，和凤丽华假扮母女来到大神家请求拜见驹玖珠都。遭到拒绝的凤丽华拦住众人，古森太郎则乘机闯入房间，唤醒驹玖珠都从大神家的密道逃出。生化人的灵魂与龟岩山的神灵纠缠，最终融为一体共同生存，天水镇也慢慢恢复平静。