银时醉酒回家，神乐、新八的确在家，不过还多了一个人，叫做坂田金时，银时以为走错片场，低调的退出了屋子，走到楼下发现这的确是自己的家！自己离开的时间发生了什么事！为了查明原因，银时只好重新登门，将自己的心情描述一番，就好比出远门的丈夫回家后看到妻子跟别的男人鬼混，可是金时看起来的确比自己作为男一号时受欢迎多了。

原来坂田金时是根据新八和神乐的委托定制的，超合金完全体坂田银时二号机！克服了银时所有缺点后的完美版，而且金时的野心还不小，想要取代银时成为真正的男一号，虽然他改变了多数人的记忆，不过小玉跟定春不受金时电波的干扰，对银时的记忆没有发生改变，为了夺回伙伴们，银时、小玉、定春三人组有计划的开始进行反击。

金时终于对小玉下手，为了取代银时将自己无法约束的人统统抹消掉，银时虽然出现，扯掉了金时的蛋蛋，但还是略微来晚了一步。金时将小玉的死嫁祸给了银时，并且发动歌舞伎町所有人共同讨伐银时。银时将小玉带到了源外家中，希望能够修复小玉，自己则跟定春一同踏上了讨伐金时的旅程。银时能否打败金时，重新夺回小伙伴们呢？

银时并没有刻意去做什么，只是保持着自己一贯的作风，时刻以保护小伙伴为先。虽然大家还是没有彻底恢复关于银时的记忆，但是脑海中浮现出过往的零星碎片，就这样，银时一点一滴的唤醒了小伙伴们脑海中遗忘掉的记忆。与金时的决战时刻也到来了，金时的目的不仅仅在于取代男一号，而是抹杀掉整条歌舞伎町的回忆，面对邪恶的金时，银时做出了沉重的抉择。

银时受邀来到吉原，听日轮跟月咏讲起吉原曾经的花魁——倾城铃兰。其实是倾城拜托日轮让银时来的，她说想见见拯救了吉原的男人，一番折腾后，倾城拽下一根头发，系在了银时小指上，并且做了相同的约定，她将银时误认成自己所爱的男人。为了让倾城在临终前见到所爱之人，月咏跟银时展开了调查，结果发现，倾城惦记的男人，住在将军府内！

神乐以拜访澄夜公主为名，跟银时一行人来到了将军府，在玩踢罐子游戏过程中，银时踢出的罐子不幸将现任将军砸晕过去，为了掩盖罪证，银时、月咏、信女三人将将军拖回了殿内，不过这时定定将军推门而入。一番折腾后月咏冒死问到定定将军是否还记得倾城，而另一面，佐佐木也向新八、神乐说出了他所知道的的一切。

与倾城做约定的并非定定将军，而是一直隐忍的六转舞藏殿。银魂一行人假装劫持澄夜公主，一路厮杀来到了定定将军面前。围绕在定定身边的，是专属于政权的暗杀组织，天照院奈落，而且组织中最强的首领胧也出现在众人面前。六转舞藏殿被砍掉仅剩的一条胳膊后，扔到银时等人面前，加上定定轻佻的话语最终惹的银时暴怒，一场激战即将上演。

银时被胧压制，信女、月咏被敌人包围，神乐、新八也陷入困境，危急时刻真选组、巡警组出现，解救了众人。幕府守卫以为真选组、巡警组叛国，定定也打算调派整个江户警察平叛，却发现松平已经带领全江户警察聚集在将军府门外，这时谜底揭晓，能够调派真选组，巡警组以及整个江户警察的就只有一个人，就是现任将军！

天人出现要求带走定定，并且要处罚引发这场混乱的人，现任将军出现，说这是本国内部的动乱，不需要天人插手，可以自己解决，并且会承担起责任，引咎辞职，但是为了防止再次骚乱，将军辞职被拒绝。为了舞藏跟倾城之间的约定，将军动用特权，让舞藏去了吉原，让两个等待已久的人终于相见，今夜，月不西沉。

阿妙又重提旧话，招募门生以保护道场的传统。在这个与时俱进的社会，的确有些东西已落后于时代，需要从时代浪潮中汲取崭新元素，突破创新，这才是保护传统文化必须的，于是阿妙将天堂无心流做了革新，变成天堂无心光剑流！并且已经找好了教练，是道场以前的教头——尾美一。尾美一当年仕途一片平坦，但不幸卷入传送塔装置爆炸事故，被传送到了边境行星，在那潜心修炼剑术，打遍宇宙无敌手后回到了地球。

毗夷梦星人发展军工业，整个星球相当于一个巨大的武器商人，不会蠢到动用国力开战，不过之中有个被称作“火种屋”，为了挑起战争而一直活跃于幕后的组织，而尾美一正是被这个组织所利用，但是他却不明真相。银时不愿让阿妙跟新八承担这些，向源外寻求解决方法，源外给了他一把搭载着信息干扰装置的刀，用这把刀捅伤尾美一，就可以延迟紧急系统的启动，然后趁机破坏掉他的右半身，全部机能就会停止运作，但是尾美一就会回归于死亡。

银时在跟尾美一的激斗中受伤严重，新八不忍银时继续战斗，主动上前对阵阿一哥，让他亲眼见证曾经追逐着他背影的男孩，如今已长为可以独挡一面的男人了。阿妙作为裁判，天堂无心流对战光剑流，一本决胜负。看着眼前的新八，阿一哥终于清醒，对于这样的结果也很欣慰。大战过后一个月，阿妙仍然没有上班，大家都担心她是否沉溺于悲伤中无法解脱，谁料她跟新八俩人竟然是跑去夏威夷星旅游了！

万事屋又出现严重饥荒，定春的食粮也就剩了三颗，还被银时、神乐各吃了一颗。从宠物嘴里抢食物还有没有身为人类的尊严？这个问题值得商讨。定春受不了银时的聒噪，以及饥肠辘辘的感觉，于是离家出走了。途中遇到一只被遗弃的小狗，想起自己也曾被遗弃过，便带着它结伴同行。为了填饱肚子，定春去河里抓鱼，抓到后将鱼分给了小狗，宁愿自己挨饿也要让小狗吃饱，定春好有爱。