综合商社加纳集团的社长加纳信实，被怀疑在战後复兴特需工程中进行不法的勾当。在即将被逮捕的前夕，加纳社长为了洗清自己的嫌疑，在自宅内举办了盛大的派对。JJ系统的会长，海胜麟六的女儿梨江在与检察厅联合调整部的虎山泉一同前往会场时，他们所搭乘的专用电梯里冲进了两个人。其中一个人是侦探结城新十郎。与麟六间的推理屡战屡败的“败战侦探”。另外一个人则是一直与新十郎一同行动的少年，因果。他们手中也拿著这次派对的邀请函。

虎山又给海胜带来了一件无法解决的事件。无正式执照的计程车受身分不明的女性委托要运送行李，於是拜访某个宅邸，接收了行李箱。计程车司机打开行李箱时，发现里面是那间宅邸的主人‧投资家长田久子本人的屍体。把行李箱寄交给宅邸警卫的是名身分不明的男子。海胜推理出这是伪装为集团犯罪的单人犯罪，开始搜索在搜查线上的嫌疑犯荒卷。

因战争而荒废的西新宿，在禁止进入区域里的倒塌大楼中，有部分角落还住著人。新十郎正在帮一个熟识女子检查手机回路时，梨江为了某个事件前来拜访。以帮忙回复手机回路做为条件，新十郎答应协助解决梨江委托的事件。死者是佐佐风守。其父佐佐驹守被称为人工智慧研究天才，然而在七年前战争时、由於新情报扩散防治法遭受强制调查，并因为过程中发生的爆炸而死亡。

前代当家佐佐驹守是开发划时代科技人工智慧REAL AI ─R.A.I─的研究者，但是七年前由於此技术违反新情报扩散防治法，被视为禁忌技术而遭到禁止。在佐佐驹守因爆炸过世，佐佐家的大权就由养子风守继承。而这次则是风守死於爆炸。他究竟为什麼非死不可？被梨江找来调查这件事的新十郎，揭开了佐佐家隐藏的意外秘密。

战争期间，为了对抗潜入日本的恐怖份子，政治结社“日轮之会”召开集会，会场却发生满载炸弹的卡车冲入的恐怖攻击。为了保护领导者众议院议员岛田白朗以及现场观众，三个无名的学生将卡车开往远离会场的地方，并因此被炸死。战争结束后，这三人的存在成为禁忌，不再有人提起。岛田白朗为这三个学生立像的揭幕式上，新十郎被邀来现场。会场外，从前是岛田保镳的山本正信坚称岛田不当敛财并发起抗议行动。

一名刚从民间监狱获释的男性来拜访新十郎。他叫做矢岛，以政治犯的身份过了3年收监生活，但是原本是个评论家，也是海胜的老朋友。矢岛的委托是解读暗号。在他拿到的海胜藏书中，不知为何夹了矢岛特别订制的原稿稿纸，上面还写了成串神秘的数字。新十郎轻松解读出来的暗号内容是约定的指示。那么，究竟是谁要与谁碰面呢？其实矢岛心里已有一个可能性，就是在他服刑期间，其妻多佳子可能和海胜有了感情，而暗号或许就是两人私会用的手段。

结城新十郎，职业是电影摄影师。现在负责拍摄的电影名为“白痴们”，由于导演三高吉太郎兴致缺缺，新十郎于是擅自拍摄画面，摄影的对象是三名主演的少女：纱代、寿美惠和素子。故事背景是被卷入战争的现代日本，由不同的地方各自逃难而来的少女们，遇到一个爱着他们的男人，住进了半毁的住宅里。在拍摄过程中，新十郎的脑中不时有声音响起。“解开谜底”。然而新十郎并没有发现什么待解的谜团。

新十郎消失了。风守为了寻找新十郎而入侵网络，穿越重重阻碍的风守终于找到了在民间监狱“东关东社会复归促进中心”中的新十郎。新十郎到那里与之前事件的关系人、自称“小说家”的罪犯会面之后，就完全失去消息。监狱的摄像头确实拍摄到行动诡异的新十郎。为什么新十郎会被关在里面？透过梨江的通报，麟六、虎山、速水也得知了新十郎的下落。虎山打算前往监狱，而梨江也强势地表示要一同前往。

名为Full Circle的黑客集团，锁定JJ系统为目标展开攻击。Full Circle让JJ系统的公司内部资料外流、还公开海胜麟六的隐私，在这样的风暴中，海胜决定出席电视的谈话节目。共同出席的还有对海胜采批判态度的政治家、相互竞争的企业家，以及将海胜的隐私数据集结成册的评论家等人。Full Circle在网路上放出「海胜打算将自己的敌人一网打尽全都杀害」的消息，紧接着，在节目开始之后，电视台发生了大爆炸。包含出席节目的来宾，死者以及失踪者共有8人。

因果不知去向，然而新十郎仍然坚持调查真相。调查电视台爆炸案的同时，怀疑海胜在利用别天王的新十郎，为了揭开谜底安排了一个计策。预算委员会将海胜当做重要证人。加工从医院现场播放的声音后，应该就能够抵制别天王用言语操控他人的能力。轻松应对严厉逼问的海胜说道：“真实其实多不胜数。调查到一个真实就满足、就此停止探究，无疑是放弃了思考。”被这句话激怒的新十郎禁不住质问海胜，并转而向梨江求证，梨江却说“在电视台刚爆炸的时候，我在家里看到父亲”。

新十郎等人收到了谜样的邀请函。“邀请各位参加找出爆炸案真凶的派对”，邀请函上的署名为“麟”。也找来了爆炸案现场的电视台工作人员。泉对于这番胡闹十分生气，新十郎告诉她“我也被找来了，也就是说还会发生什么事吧，而且是大事件。”爆炸案究竟是不是海胜的阴谋呢？新十郎、最后的推理开始。然后，因果与别天王的真面目与对决。所有事情都揭露出来的时候，新十郎、因果、梨江的关系将如何演变……。