年仅17岁便在科学杂志上发表论文的年轻天才鉴纯一郎，现在却是个只能做自己想做的事、即“YD”的尼特御宅青年。鉴在妹妹纯音的安排之下，开始在母校东神鸣高中担任非专职讲师的工作。前去赴任的鉴，注意到立志成为声优、英雄的学生叶美奈子被班上首领地位的鬼头美保等人欺负的事实。欺负行为逐渐升级，无法坐视不管的鉴将美保等人叫了出来，开始进行特别授课。这是为了让美保等人了解美奈子受欺负的痛苦感受而进行的授课……。

鉴目击到了班委栗林雪乃偷盗DVD的现场。鉴为了将DVD放回架上，而把手伸进了雪乃的大衣口袋。结果雪乃高喊“色狼”，把鉴撞飞之后就逃跑了。鉴在把从雪乃口袋里抽出来的DVD交给店员之后，就追了上去。雪乃是由于成绩下滑，为了发泄才想要去偷东西的。几天后，鉴从背后抱住雪乃的图像被加上了色狼教师的说明文字，在网上流传开来。那是在DVD的店里偷拍的照片。之后，鉴要被开除的传言传开了……。

被东神鸣高中解雇的鉴，被私立柊学园的理事长柊历相中了。次日，由于鉴突然失踪，纯音向一直来到家中等待答复的历道歉。但，历并未因此而动摇，她告诉纯音如果找到鉴的话就问问他的答复，并派部下们去探索鉴的踪迹。鉴所前往的是御宅族圣地秋叶原。历封锁了秋叶原地区，动员了200名搜查员追踪鉴的下落。搜查员很快发现了鉴，但鉴察觉到尾随在后的搜查员而逃走了。以秋叶原为舞台，鉴与历的胜负结果是……。

鉴接受了担任银杏学园教师一事，而他最初的授课是将女仆的品格教给学生会长牧奈。之后，鉴将历、牧奈、纯音带到退学的切子打工所在的秋叶原女仆咖啡厅。鉴拜托熟悉的店长让牧奈和纯音共同以女仆的身份打工一天。经由这次体验，牧奈深刻理解了女仆的好处。但，为了守护学园的印象和秩序，牧奈并不打算撤回切子的退学处理。于是鉴说授课还未结束，将切子和牧奈带到了某个地方。

被正式录用为银杏学园非专职讲师的鉴，刚一赴任就遇到了巨汉男生七海征十郎施暴的现场。原本是棒球少年的七海现在已经是恶名昭彰的恶人。七海甚至打算把鉴也踢飞，这时历突然现身，并擅自决定让鉴和七海一决胜负。直到某一方认输为止，没有任何规则的比赛定在三天后。鉴无法理解让自己和七海这对问题儿童交战的历有何企图。次日早晨，鉴将七海叫了出来，并告诉他两天后的比赛内容已经决定了。七海对鉴所决定的比赛内容感到困惑……。

本以为要进行足球游戏对决的七海，被鉴告知要展开足球比赛，受骗的七海感到极为愤怒。而且，鉴的队伍是县大赛前四名的银杏足球部，七海的队伍则是东神鸣高中的女子足球部。比赛刚一开始，七海就对鉴施以猛烈的拦截，但在此期间鉴的队伍抢到了不受控制的球，转眼间就赢得了先机。鉴的队伍拿下了追加分数，上半场以3比0结束。在中场休息时，鉴注意到赌气打算放弃比赛的七海，于是开始了让他重生的授课。

鉴的妹妹纯音把希望将不擅长的物理教给自己的同班同学花音介绍给了鉴。花音的家教很严格，下次的物理测验如果不能考进学年前十名的话，就不让她去最喜欢的歌手优·雷德彭德的音乐会。而此时，花音全部的会话都用邮件进行，完全不开口说话。事实上，花音在中学时代曾被人取笑过自己的声音，从那之后她就一言不发了。从纯音那里打听到了花音有着何种声音的鉴突然就有了干劲，用尽各种办法想让花音讲话……。

鉴被牧奈委托前往班上某个不去上学的学生家里进行家访，并指导对方去上学。但鉴却拒绝了委托，前去秋叶原购买漫画《终末学园》的最新刊。在那里，鉴遇到了一位自诩是这本漫画的最大理解者以及头号粉丝的哥特萝莉少女。鉴和少女展开了《终末学园》知识对决并取得胜利，之后少女说胜负尚未决定，为了让自己被认同为第一而将鉴带去了自家。少女所拥有的，尽是些诸如作者天上院骑咲老师的原稿等粉丝难以入手的物品……。

自称在人气网络游戏“UROBOROS”中位列第一的鉴，和名叫露琪的网上搭档一同通关了最强难度的任务。两人决定参加明天举办的活动任务。但这场活动的规则是要有35人参加。鉴准备让班上的33名学生全员作为同伴参加。鉴开始进行并非是自己担当的物理、而是战史的授课，作为其中的一环，他让学生们开始玩这个游戏。鉴和露琪对学生们展开猛特训。学生们的水平逐渐提升，然而对于参赛来说很危险的问题却显现了出来……。

不去上学的光太郎就是和鉴在电脑游戏《UROBOROS》中组队的露琪。鉴和光太郎知道了对方的身份而大为惊讶。鉴拜托光太郎去做学生们的游戏指导，并前去寻找另一名参加者。露琪在没有表明真实身份的状况下指导着纯音等人，和大家搞好了关系。次日，追加成员也找到了，鉴等人参加活动的手续办完了。对战对手是这几年内从未败过的最强队伍。露琪表明自己只会登录而不会参赛，鉴准备在游戏内把露琪带回来，但……。

光太郎（露琪）在游戏中向七海坦白自己就是同班上不来上学的光太郎。听到两人对话的骑咲在游戏内向露琪搭话，并告诉他已经知道他身份的事。骑咲提出要不要在现实中对话，并来到光太郎的家。之后，骑咲强行将光太郎带去了时装店。穿上女装的光太郎，逐渐与骑咲和学生会长牧奈变得融洽了。此时，鉴向与光太郎念同所中学的切子拜托了某件事。鉴为了让光太郎重返现实世界，而思考着特别的授课……。

鉴招待班上的所有学生参加电脑游戏《UROBOROS》的优胜祝贺派对。光太郎以露琪的身份去打招呼，但没有坦白自己是男性。鉴将以前曾经嘲笑过光太郎女装的中学时代的三名同学以惊喜来宾的身份叫到会场。之后，鉴使用优胜者的权限，展开随心设定的会战活动。那就是First（鉴）和露琪（光太郎）的对战。鉴宣言道若是自己获胜就要透露出露琪的重大秘密，听闻此言的光太郎一时失语……。

从瑞士来的提姆博士突然不请自来到鉴家。她是集中了人类最优秀头脑的基本粒子物理学研究所CERM的所长。虽然多次被拒绝，但提姆仍然为了邀请鉴参加CERM而来到日本。鉴拒绝了她的邀请，但提姆仍不放弃，并标明在得到满意的答复之前都会一直停留在此。提姆得知鉴成为了银杏学园的教师，于是以体验留学生的身份成为了鉴的学生。学生们很担心鉴是否会辞去教师一职。此时，提姆以参加CERM为赌注，向鉴发起了挑战。

鉴在购买了人气游戏《战斗世界3》后，顺便前往跳蚤市场，并认识了学生会会计藏持圆。圆拥有仅凭目测就能以金额来判定物品价值的能力。这天是圆的16岁生日。作为对协助自己砍价的圆的谢礼，鉴说要送给她喜欢的东西，圆则说想要鉴本人，并突然提出结婚的要求。之后，他得知贩售《战斗世界3》的KMC正是圆的家。圆打算和鉴结婚，并让KMC成为世界第一的软件公司。鉴对此置之不理，然而……。

KMC被世界最大的游戏公司收购了。KMC职员继续留下的条件是圆与对方公司的CEO赫尔·盖茨结婚。若拒绝的话，KMC的全部职员都要被解雇。次日早晨，盖茨在鉴家为了迎接圆而来。鉴自称是圆真正的未婚夫，于是盖茨向鉴提出决斗。鉴提出“如果我获胜，就要放弃圆，同时收购的事也变成白纸一张”的条件，并告诉盖茨说要使用发售前的《King Halo 3》进行对战。这对该系列的世界王者盖茨来说是压倒性有利的游戏，然而……。

鉴在历的拜托之下前往由于某种原因而被封锁一年的合宿场所，为了让班上所有学生住进去而去打扫那里。合宿场所有个大型漫画图书馆，鉴看到大量的漫画感到非常兴奋。之后，在扫除过程中，接连发生了不可思议的现象。当晚，鉴在图书馆醒了过来。他是在看漫画的途中睡着了。此时，他听到了女孩子的抽泣声。在哭的是身穿银杏学园制服的幽灵少女。她是在一年前因意外事故死亡的喜爱漫画的学生。幽灵少女向鉴恳求，拜托他让自己成佛……。

鉴（First）没法再次登录电脑游戏《UROBOROS》了。光太郎（露琪）为了再次见到鉴，正烦恼着要不要去上学。次日早晨，上学途中的花音感受到了男生们热切的视线。但，朝花音投去热切视线的男生们开始变得零散起来。男生们所关注的是身穿女生制服、第一次来上学的光太郎。光太郎刚一来到教室，就受到同学们的大欢迎。花音看到光太郎被男生们围着的这副光景，开始对于学园第一美少女的位置被夺走感到不安……。

鉴在卡牌游戏大赛中优胜获得的稀有卡片被牧奈没收了。第二天早晨，牧奈发觉没收的卡片不见了，并察觉到弟弟一也把卡片带去了学校。鉴为了让牧奈还回卡片而向她低头，但牧奈却说无法返还而拒绝了鉴。之后，鉴受到来自喜欢牧奈的学生小田原的恋爱咨询并进行协助。放学后，一也向前几天让自己落败的健二要求卡牌游戏的再战，并要进行败者的卡片将被拿走的认真对决。一也坚信有了稀有卡片的话就能获胜，但……。

鉴偶然与15岁的女孩子小宫泷成了朋友。泷是在家和学校都没有容身之所的年轻人们所聚集的、名为新神谕的团体的首领。此时，鉴家收到了中学生偶像组合5th Queen的演唱会请柬，于是鉴带着超级粉丝纯音一同去看演唱会。演唱会结束后，鉴的手机收到了泷的双胞胎姐姐小宫流的来电。流正是5th Queen的主唱Comiryu。流从熟人美奈子那里听来了鉴的事情，于是她拜托鉴让泷脱离那个团体……。

小宫流正是5th Queen的主唱小流，她拜托鉴让泷脱离“Black Oracle Neo”团体，并称如果泷再这样下去，她就不得不放弃当偶像了。一切事情的开端就发生在流去事务所试镜的那天早晨，流因为急性胃痛而被送往医院。为了不让姐姐失去这次重要的机会，泷顶替流参加了试镜……

因为担心妹妹小宫泷而没有去录直播节目的偶像小宫流，在鉴的帮助下解除了危机。流深信该成为偶像的应是她妹妹。为了彻底粉碎流所深信的事，鉴让流参加了法米利加的网友聚会。虽然流完美充当了泷的替身，可她突然遭人绑架。鉴将实情告诉了泷，两人决定亲自救回流。

基本粒子物理研究所CERM 的所长媞姆宣布，CERM将开发物质传送装置，也就是任意门。不久后，鉴的高中同学刀祢大和邀请他加入新日本综合研究团队KEC，而KEC的目的是抢先CERM完成任意门的研发。高中时期，制作任意门一直是鉴的梦想，而如今他却产生了动摇……

莫名其妙被柊历开除的鉴决定去研究所，他的到来让大和非常高兴，他们一起充满干劲的投入“任意门”的开发。在忙碌之余鉴还是会想起自己的学生们，而今天研究所里来了一位神秘的访客，自称是厉厉介绍来的无响零子对眼前的一切并不感兴趣，听到零子不知道“任意门”是什么后鉴非常吃惊，他立即拿出漫画给零子上了一课。

鉴还没有回到学校，纯音也不知道他到底在什么地方。纯音突然想起理事长曾告诉过她鉴很安全让她不要担心，纯音决定去找理事长问个究竟。在理事长办公室里，牧奈正在和理事长吐槽鉴的无故缺勤，她嚷嚷着一定要开除鉴。理事长淡然的说她已经把鉴开除，这让牧奈大吃一惊。