赛维尔是威尼亚斯王国王立魔法学校的劣等生，失去了入学前记忆的他过着有些空虚的学校生活。某天，他被校长阿尔巴斯传唤，命令他去参加一个“在有魔女狩猎的地区推广魔法的有用性”的特别实习。于是，他与为了达成自己的目的而接下“带队老师”一职，带领学生前往实习地点的黎明之魔女萝.克莉斯塔丝一起踏上了旅程。

赛维尔和萝丝及优等生少女霍尔特一起出发前往实习地点，但一群至今仍看魔女不顺眼的人却盯上了他们。另一方面，和赛维尔等人分头前往实习地点的“兽堕”库多，遭到战斗集团“女神净火”的裁定官袭击而陷入困境。萝丝为了避免学生遭遇不测，独自前往搭救。但是，听见库多惨叫的赛维尔和霍尔特却心急如焚。

击退“女神净火”后，库多加入了赛维尔等人，一行人再次往实习地点出发。一路上，赛维尔、霍尔特及库多从萝丝身上学会了许多事物。他们互相坦白自己的过去和出身，彼此之间慢慢萌生了的情谊。继续踏上旅途的一行人来到了大城镇，赛维尔和库多决定在镇上的大澡堂好好洗澡，把旅途中的汗水洗掉，而他们的面前竟然出现了意想不到的人物。

拯救了被外表有如猛兽的“兽堕”追着跑的少年莱欧斯，赛维尔等人终于抵达实习地点的村落。他们在远离村落的教会遇见了以眼带蒙住双眼的神父。据神父所言，担任实习生监督官的魔女早已不在，村子在2年前便由别的魔女所支配。神父要他们折返，而学生们几乎就快放弃实习，但萝丝却怀疑神父是魔女的手下。

为了救出被拐走的霍尔特，赛维尔和萝丝进入了洞窟之中。而在那里，等着他们的是隐约残存在赛维尔记忆中的泥暗之魔女。“你是个特别的存在”──如此出言表示的她，对赛维尔展现近乎可怕的执着，甚至还告诉他之所以掠夺村落也是为了他。得知重要的同伴是因为自己的缘故而受伤，赛维尔的愤怒表露无遗。他和萝丝起身对抗，但有关特别实习更进一步的真相却在此时揭晓。

赛维尔、霍尔特和库多在实习地点漂亮地通过测试。他们在泥暗之魔女零的指导下再次开始了特别实习，而他们的新课题是要藉由使用魔法的工作来为村子贡献一己之力。霍尔特当起了便利屋，库多则是在诊所工作，然而做起魔力供给工作的赛维尔却经常窝在店里。对这种情况感到忧心的萝丝，假借要赛维尔替她办事来让他出门。

霍尔特的魔法不小心打中同伴，而库多则因为魔力枯竭而倒下。意志消沉的两人为了进一步成长而前去找零商量。然而，彻底以魔力屋的身份行事的赛维尔却被零说了重话。零告诉他，若不打算成为魔法使，那么他在这个村子里学不到任何事。赛维尔对自己该走的路烦恼不已，而他在和莱欧斯外出所来到的森林里，竟然正面碰上了危机。

“灾厄残渣”在森林里袭击了赛维尔和莱欧斯。所有人对于这个某人放入村子的危险存在提高了警觉。而这时，霍尔登从魔法学校来到了村里。尽管他表示此行的目的是要“视察村子”，但霍尔特等人还是对他投以怀疑的目光。另一方面，在森林里没能保护好莱欧斯的事，让赛维尔再次下定决心要成为魔法使。但他却被透过某人主导而入侵村子的暴虐给带走了。

虽然赛维尔恢复了记忆，但他依然不明白“喜欢上某个人”的心情。不过，霍尔特告诉他所谓的“喜欢”究竟是什么样的感觉，让他开始正视自己可能喜欢萝丝老师的这股心情。在这样的情形下，零开始娓娓道出有关自己的兄长，也就是赛维尔的父亲“十三号”的事情。

库多等人负责监视被教会的反魔女派送来村里的少年卡迪。卡迪因为被洗脑的缘故而敌视魔女及兽堕，但莉莉做的美味料理和村里的安稳日常渐渐融化了他顽强的心。另一方面，赛维尔和萝丝进行着魔法药的实验，而赛维尔的直球告白让萝丝难以招架。然而，这样的和平日常却在突然之间宣告结束。

霍尔特、库多及暴虐冒着生命危险阻止了变成怪物的卡迪。赛维尔对于自己当时不在场、无法成为同伴的助力一事深感懊悔。就在这时，消息传来魔女村将成为与反魔女派的战场，赛维尔等人被命令返回威尼亚斯王国。一行人打算留在村里战斗，但零却宣告若不从命就要退学。开战时刻进逼，他们做出的决断会是？

面对杀意已觉的敌人，村子的每一个人都做好了不杀生的準备。反魔女派的一万大军向村子进军，然而赛维尔等人设下的陷阱将敌人玩弄於股掌之间，让敌方接连弃战而逃。在这样的情况下，一个由「兽堕」组成的佣兵集团避开重重陷阱持续行军。赛维尔、霍尔特、库多為了守护重要的地方，做好正面迎战敌人的觉悟。在战况越来越激烈的情形下，策画这场骚动的幕后黑手的真实身分也呼之欲出……？