魔法都市艾拉姆，因为“大讲堂的悲剧”事件的发生，二分阿托拉丹大陆的大工房同盟和幻想诗连合，两大势力的大公家的婚礼因此破灭了。通往和平的道路被粉碎，大陆再次迎来了战火的时代。身为魔法师的希露卡·梅连提丝，在前往大陆东方的奥图克的途中，被与奥图克对立的克洛维斯兵袭击了。就在此时，拥有圣印的青年·提欧出现了。希露卡很中意提欧的志向，“我与骑士提欧立下圣印的契约，并宣誓永远的忠诚”她这样吟唱着。

得到了梅斯特·米多里克的圣印和领土的提欧。但是安定的时间并不长久，周围的领主为了抢夺领土展开了行动。最先行动的是赛维斯的君主拉席克·达彼多。他带着自己的契约魔法师、希露卡的前辈莫雷诺·多尔忒斯，是一个虽领土很小但有好好整备兵力随时准备战斗的野心家。为了对抗拉席克，希露卡叫来了自己的姐姐·邪纹使爱雪拉。现在，提欧的国家最初的战争就要开始了。

将拉席克纳入麾下的提欧军，逐个地击破着周围的独立君主。提欧接受了希露卡的建议，将在故乡西斯提那的英雄的家名·柯涅洛作为自己的家名。但是，这个名字并没有响彻天下，反倒传出了提欧只是魔法师希露卡的一个傀儡这样的传言。就在这样的时候，领地里的城镇里发生了混沌灾害。在铁匠炉发生的爆炸瞬间变成了火之精灵·萨拉曼达的模样，并向希露卡袭来。

为了请求加入大工房同盟，希露卡赶往了盟主玛丽娜·克莱榭统治的领土巴尔德林。玛丽娜的契约魔法师是希露卡的养父奥贝斯特。事情跟希露卡预测的一样进行得没那么顺利，交涉最终还是失败了。为了下一步的行动，虽然希露卡这次前往了幻想诗连合的奥图克伯爵维拉尔的领地，但是连见面都被拒绝了。

发誓顺服维拉尔的提欧与希露卡一起，赶向了维拉尔那里。维拉尔马上就给两人下了去统治吸血鬼的领地·常暗之森这样的命令。很久以前，人类为了对抗恶魔领主，得到了吸血鬼或者人狼的力量。在那之后，原本大家应该在各自的领地和平地生活着的，但是好像是两个种族之间陷入了常年的斗争中。正当提欧和希露卡在前往森林的时候，几个可疑的女性身影正在……

维拉尔的魔法师长玛格莉特很快就要迎来自己的25岁生日。维拉尔规定侍从自己的魔法师必须是女性，而且到了25岁就会解除与之的契约。在盛大举办的生日庆祝宴会上，到场的人们都向玛格莉特致以了自己的谢意或对于离别的惋惜之情。之后，维拉尔牵起玛格莉特的手，邀请她共舞一曲。就在舞蹈像是响应了心意相通的两人而变得愈发激烈的过程中，一旁的希露卡不禁着急起来。

幻想诗连合的君主会议马上就要举办了。在去往举办地点的哈尔西亚的途中，奥图克军决定要平定通过地点的佛维斯和克洛维斯两国。提欧去往的地方是佛维斯的独立君主拉多凡·托利亚斯统治的港湾都市。为了攻下拉多凡的城池，就必须先拿下港湾都市，但是那里的居民都很敬仰拉多凡，在不牺牲百姓的情况下攻略会很难。虽然提欧决定了与他在城外决一胜负……

大讲堂的悲剧——那个事件要是没有发生的话，阿雷克西斯·德赛与玛丽娜·克莱榭应该是白头偕老的。六年前，两人在艾拉姆坠入爱河，在知道了双方的立场后仍爱着对方。幻想诗连合与大工房同盟，理应是凭借这份真挚的爱情合为一体的。但是，那个理想被粉碎了。代替父亲成为了盟主的两人再次走上了不同的道路。是和平还是战争。两人作出了选择，未来究竟会何去何从……

与追求和平的幻想诗连合相反，大工房同盟选择了战争的道路。想要脱离同盟的斯塔卢克，玛丽娜毫不犹豫地派兵准备攻打。虽然希露卡向维拉尔提议支援邻国的斯塔卢克，但是维拉尔对阿雷克西斯的忠诚十分坚定，希露卡反而被命令离开城池。带着伤心的希露卡，提欧踏上了返回领地的旅程，并表达了自己对希露卡深深的思念。

巴尔德林成功收服斯塔卢克后，趁势展开了对奥图克的进攻。虽然维拉尔与吉尔西斯、雷加利亚、哈曼组成联军进行了对抗，但是从海上又来了新的敌人。敌人居然是，曾经非常敬仰维拉尔的达尔塔尼亚太子米尔萨·切库斯。放弃了维拉尔而成为了玛丽娜的利刃的米尔萨，率领着达尔塔尼亚船队对奥图克发起了猛攻。

虽然也有牺牲，但是战况上奥图克还是占有优势。但是在海平线的对面，出现了数量惊人的庞大船队。在海洋上占据了统治地位的诺尔德，作为玛丽娜的援军前来作战。察觉到了劣势而决定背水一战的维拉尔，拿起了手中的剑，奔赴了战场。面对这样的维拉尔，玛格莉特献以自己至死不渝的忠诚，一同前往了战场。

虽然维拉尔死了，但是奥图克的独立君主并没有放弃反抗。集结在拉席克的城池之下的联合君主们继承维拉尔的遗志，宣布成立“奥图克条约”。拉席克指名提欧来当条约的盟主，但是以提欧现在的战功还无法得到其他君主的认可。另一边，玛丽娜在夺还布鲁塔伐的过程中请求与提欧见面，看清战局后，希露卡向提欧提出了一个奇策。

为了获得与条约盟主相符的战功，提欧他们来到了西斯提那。为了拯救饱受罗锡尼家暴政的西斯提那百姓，他们呼吁各地的村落发动起义。但是，罗锡尼家的恐怖统治比预想的还要根深蒂固，转了好几个村落也没有任何民众响应起义的号召。此时希露卡觉得，如果是提欧长大的马尔萨村的话可能会欢迎提欧……

提欧讨伐了罗锡尼家的三男萨尔瓦多的传闻传遍了整个西斯提那，各地接连发生暴动，纷纷加入到正在起义的提欧的麾下。为报儿子被杀之仇的佩迪利克命令长男多尼带领五千兵力去讨伐提欧。充满愤怒发起进攻的多尼军。然后暗杀者的波尔特和黑魔女亚娜也盯上了提欧他们的性命。

提欧终于把故乡从罗锡尼家的暴政下给解放出来了。魔法师协会为了表彰这个功绩，承认了提欧作为西斯提那和布鲁塔伐的领主身份。但是活捉的黑魔女亚娜，根据魔法师的判断，并没有进行详细调查就决定对她处以极刑。希露卡察觉到了这个处分的疑点。就在这时，他们收到了米尔萨正在肃清奥图克反抗的人民的消息。提欧马上赶回了奥图克，发誓要讨伐米尔萨。

达尔塔尼亚军开始了对常暗之森的侵略进攻。希露卡采用发挥地理优势的战术进行迎击。达尔塔尼亚军也因此被挫伤了锐气。以为会就这样采取强硬手段继续进攻的达尔塔尼亚军，居然在伤亡变得更大之前撤退了。原来这是侍奉着米尔萨的魔法师·提利乌斯的策略。另一边，侍奉着哈曼的女王爱德基娅的魔法师拉乌拉，向君主提出了某个计策。在乌尔里卡率领诺尔德船队到来之前，爱德基娅才取得的大胆行动居然是……！

提欧率领着在数量上压倒性领先的兵力围住了米尔萨的一角兽城。然而米尔萨却不想守城，准备从一角兽城攻打出去。虽然提利乌斯劝告米尔萨应该等待巴尔德林的援军到来，但是得知了他毫不犹豫的决意之后，决定与他一起奋战到最后。奥图克条约军虽然很想讨伐米尔萨，但是谁也无法阻挡如同鬼神般进军的米尔萨。终于只身来到了提欧军队面前的米尔萨，向提欧发起了单挑决斗的要求。提欧与米尔萨，到底谁才能活到最后呢？

打倒米尔萨后，奥图克条约军夺回了一角兽城。在条约中的君主的见证之下，提欧终于成为了条约的盟主。提欧坐在维拉尔曾经坐过的王座上，宣布了脱离连合成为独立体的宣言。继承维拉尔的遗志，为了实现连合和同盟的和解，条约将会成为能够牵制两大势力的第三势力。为此，首先必须得让连合行动起来才行。提欧为了实现与阿雷克西斯的见面，和希露卡一起来到了哈尔西亚。

幻想诗连合的盟主阿雷克西斯·德赛终于出击了。被哈尔西亚军所包围的多森侯爵向玛丽娜请求救援后，被拒绝了。无计可施的多森侯爵向阿雷克西斯发出归顺的请求，也被拒绝了。发狂了的多森侯爵向阿雷克西斯发起了进攻，但是阿雷克西斯抱着拯救玛丽娜的觉悟，好像在挥动着画笔一般调整着阵型，从而逐渐支配了战场……

因为阿雷克西斯讨伐了海洋之王·埃里克，所以同盟、连合、条约三势力变成了势均力敌的状态。以此为机会，希露卡向连合和同盟提出了和解的建议，但玛丽娜并没有接受这一建议，还发出了歼灭连合和条约的宣言。同盟与连合、条约双方的决战马上就要开始了。然而，连合军要在第二天正午才能抵达战场。条约军在这之前必须要单独与同盟军作战。同盟军的数量大约为四万，而条约军只有两万五千。在连合军到达前，条约军到底能否抵挡住同盟军的进攻呢？

阿雷克西斯与玛丽娜得以和解，两人终于走在了一起。然后提欧成为了皇帝，皇帝圣印也即将要诞生。就在这时，希露卡的法杖传进了某个魔法师打来的联络。联络的内容为，一场对君主派的魔法师的大规模肃清正在艾拉姆发生着，魔法师协会变成了君主们的敌人这一冲击性事实。听完联络后的提欧和希露卡马上召集了所有君主，发出了对魔法师协会的宣战宣言。将条约、连合、同盟三军统合为皇帝军，向艾拉姆发起了进军。

皇帝军在前往艾拉姆的途中遇到了新的敌人——圣印教团。教皇雷欧涅谴责提欧独占唯一神的碎片的圣印，妄图将大陆占为己有。他主张发动圣战，呼吁信徒们与皇帝军战斗。一直以来为了民众而在战斗的提欧，不想和没有罪孽的人战斗。就在这时圣印教团的司祭·普莉希拉提出了自己要去与教皇见面并说服他。希露卡也决定一同前往教皇军的阵地。

被普莉希拉交付了圣杯的提欧为了参与最终对战，正在赶往艾拉姆。皇帝军的君主们，率领着各自的军队正在完成着自己的使命。然而，魔法师协会解放了一百五十年前以超过两百个魔法师的性命为代价才封印的独眼巨人基克洛普斯。拉席克为了将士兵的伤亡降到最低，以及为了立下与好友提欧一样的战功，带着莫雷诺等精锐部队，向基克洛普斯发起了进攻。

在即将要攻下艾拉姆的瞬间，提欧他们被转移到了常暗之森。出现在提欧他们的是吸血鬼之王·迪米特里耶，为了不让混沌的时代结束而发起了袭击。在这场战斗之后，等待着他们是真正的和平吗。亦或是说世界会朝着全新混沌的方向发展呢。提欧和希露卡开始了他们的最终一战。