井上泷奈是负责维护着日本治安的秘密特工“Lycoris”，因某个事件而被命令调动至咖啡店“LycoReco”，与超优秀No.1的Lycoris千束组成搭档，泷奈以回归DA为目标而干劲十足，不过，“LycoReco”的工作和普通的咖啡店也不太一样。

顶级黑客“Walnut”向Lycoris提出了委托。她说同行的黑客想要她的命，希望能帮助她逃往国外。Lycoris的成员齐心协力帮助“Walnut”逃跑，但是千束等人遭到了严密的武装集团的袭击。

为了体检和体能测试，千束不情愿地去了DA总部。泷奈听闻后，为了复归DA的谈判也跟着去了。千束也和泷奈一起进行交涉，可是司令完全听不进。而且，泷奈原来的搭档蕗已经有了新的搭档。

DA总部那件事之后，千束和泷奈过着顺利的LycoReco生活。有一天，千束发现泷奈的内裤居然■■■■■。泷奈对自己的事太不关心了，这让千束吓了一跳，于是她决定带泷奈出去购物。

这次的委托人是身体连接在机器上的男人松下。松下知道自己命不久矣，为了旅游来到了故乡日本。千束等人被委托做他的护卫，她们全力支持松下的东京观光。这时，泷奈知道了千束的某件事……

接连发生了Lycoris被袭击的事件。为了避免单独行动，泷奈决定住在千束家。但是，第一次的二人生活中尽是意料之外的事情。另一方面，胡桃偷偷探听DA拥有的情报，她逼近了Lycoris袭击事件的意外真相。

米卡收到了一条短信。偶然看到那条短信后，千束一边猜测楠木想把自己带回DA ，一边大吵大闹。为了阻止这个计划，LycoReco四人组齐心协力，瞒着米卡突袭约定地点酒吧。

泷奈知道LycoReco经营赤字严重后，便主动申请担任会计。泷奈制止千束乱射子弹，还帮店里的人做了很多事。她甚至还设计了新菜品，那个菜品的形状实在是难以形容。

千束的人工心脏被盯上了。由于电池不能充电，千束被宣告时日无多。胡桃寻找无法替代的人工心脏的线索，并向米卡询问了当时的事情。另一边，DA准备了大规模的讨伐真岛作战，于是把千束叫到了本部。

千束为了不让瑞希和胡桃被自己的事情束缚，决定让LycoReco咖啡店关门。那个时候，回到DA的泷奈为了救千束的命，想以真岛为跳板追赶吉松。真岛的委托人终于被捕获了，泷奈也潜入了真岛的据点。

为了阻止真岛，DA的Lycoris们准备进入延空木。作战前，泷奈从楠木那里听说无法联系到千束，于是急忙赶往咖啡店。但是，为了救出被绑架的吉松，千束和米卡被机器太威胁当人质。

千束在旧电波塔与真岛陷入苦战，千钧一发之际泷奈赶到。另一边，由于真岛的策略，Lycoris的存在被公开了。在本部，楠木的指挥权被剥夺了，高层决定处分在延空木的蕗等Lycoris。

延空木的事件也告一段落了——正当千束这么想的时候，在旧电波塔被打倒的真岛，再次出现在千束面前。在延空木放置炸弹的真岛，以爆破为赌注，与千束展开一对一的对决。千束的时限也快到了，最终之战就此打响。