翔子是流星学园中等部的中学生。她的好姐姐响子，在5年前去海外留学，那之后完全失去了联络。某天，翔子受到了一个身份不明的人物的突然袭击。袭击她的是过去被女神雅典娜封印起来的邪神厄里斯的手下邪精灵。翔子与目前掌控着银河战争的城户沙织相遇的时候，命运的齿轮开始转动…！

响子代替妹妹成为“邪神的容器”而被邪恶灵带走，让翔子深受打击。翔子知道作为雅典娜的侍女守护在其身边的“女子”是被允许成为圣斗士的“特别的存在”。想让自己变得更加强大以拯救姐姐，翔子决定成为“圣斗少女”。沙织把翔子的修行交给了白银圣斗士孔雀座的玛尤拉。另一方面，圣域的米罗和艾奥里亚感受到了邪神厄里斯的蠢动不安举动。

邪神厄里斯麾下的邪精灵——恶意的艾默妮、杀缪的弗诺斯，为了取雅典娜的首级奉给厄里斯而袭击沙织。美衣勇敢地对抗损骂沙织是“半吊子的女神”的艾默妮。玛尤拉的修行点燃了翔子的小宇宙。从圣衣箱的异变中察觉到雅典娜的危机的翔子，到底能不能救出沙织呢…！？

紧追着逃跑的弗诺斯，翔子成功地进入厄里斯的神殿。为了救出姐姐响子，在搜索神殿的过程中，翔子从邪精灵阿特口中得知令人震惊的事实。翔子惊愕的瞬间受到敌人猛烈地攻击的时候，一道黄金的闪光将翔子包围起来——！为了支援翔子，美衣赶往厄里斯的神殿，沙织也随之赶到。在那里，少女们亲眼见到了是彻底改变了的响子的身姿。

在厄里斯神殿的战斗中，响子的小宇宙消失了。为了讨伐邪神却未能救出响子的沙织对自身的存在意义动摇。但是继承了城户光政的遗志，“银河战争”无情地开始了。另一方面，在战斗中受伤的翔子被沙织告别后无法接受而沮丧中，姐姐给的天马座坠饰特掉落了。将其捡回来的少年，是参战银河战争的天马星矢。

向教皇效忠北冕座的卡提亚等人怀疑沙织对圣域反叛，然后袭击她。翔子、美衣、晓玲陷入苦战。千钧一发之际玛尤拉救出她们。但是这时沙织却被阿布罗狄来到圣域的教皇面前。在雅典娜面前，教皇流着泪水向沙织吐露了意想不到的请求……另一方面，翔子等人为自己的无能自责。在那里天鹰座的魔铃出现了—？

沙织被黄金之矢射中的同时，邪灵们的活动变得更加活跃。身为邪神之器皿的翔子吸进了邪气，失去了意识。玛尤拉和圣斗少女与邪灵们战斗着，星矢等青铜圣斗士为了拯救雅典娜而前往圣域。现在，十二宫的死斗开始了——

十二宫的死斗结束后，雅典娜沙织得到了黄金圣斗士的忠诚。另一方面，原本认识被封印起来的厄里斯还是跟响子融合了，得到了强大的力量。为了保护翔子而奋起对抗的沙织中了金苹果的诅咒。为了阻止企图散布“イヴィル・シード”来激起人心的憎恨引发纷争的邪神和拯救雅典娜，圣斗少女们偕同黄金圣斗士一起前往厄里斯圣殿。在那里，艾奥里亚看到的是向自己挥拳攻击的哥哥的身姿。

要去打倒与邪神融合了的姐姐吗？面对穆的提问，翔子纠葛着被架设的残酷命运。阻挡在翔子面前的是原白银圣斗士的邪灵士，猎户座的里格尔。从圣斗士时代都依偎在响子身边，里格尔那双悲伤的眼睛里，翔子感受到他那份真正的思念是——？美衣VS玛尼亚、艾欧里亚VS撒加，各自的战斗在厄里斯神殿上拉开帷幕。

翔子终于跟邪神厄里斯对峙。沙织的小宇宙越辣越弱，翔子、美衣、晓玲、卡提亚、艾尔达等5位圣斗少女，决心与邪神的战斗。察觉到厄里斯的意图是让神殿和圣域相撞的黄金圣斗士们，持续地守护着圣域。与撒加展开生死搏斗的艾欧里亚和米罗打算破坏神殿？围绕着圣斗少女、黄金圣斗士、邪神厄里斯、城户沙织的凄惨命运。最后的战斗开始了。