那是有着不同历史的另一个日本。就读桐生铁道高中的高山直人，是个立志成为铁路驾驶的高二学生。直人希望能进日本屈指可数的稳定企业‧国铁工作，他虽然报名要参加名为学生铁道OJT的研修生制度，但今年不知为何，不管报名哪个职种都会被分配到公安队；他为了取得资格，开始到西国分寺站附近的国铁中央学园上课……。直人在那里，和讨厌男生而擅长射击的樱井葵、成绩优异的大家闺秀‧小海遥，与以体力自豪的岩泉翔这三人，自然而然组成一组，一起受训……。

收到学生铁道OJT录取通知的直人，确定要被分发到东京中央铁道公安室第四警戒班。而在那里等着他的是，在国铁中央学园一起学习的葵、遥以及翔这三个人。对要和很像麻烦制造者的葵共同行动一事，直人感到一丝不安。在东京车站的勤务很快地开始了，直人目击机动队全副武装出动后，更加担心。另一方面，警四的实际工作跟葵想像的有出入，让她越来越焦躁。这时候，发生车站内的置物柜遭人设置炸弹引爆的事件。因为五能他们机动队不在，直人他们警四成员得找出炸弹！？然而光是车站内，置物柜就超过3000个！──事情发展会？

札沼真里，是与直人同样就读桐生铁道高中旅客运输科的二年级生。兴趣是做菜、洗衣服、打扫，以及收集电车等的声音。真里是俗称“音铁”的铁道迷女孩。以成为电车乘务员为目标的她，参加了国铁子公司‧日本食堂股份有限公司的OJT。而和真里一起到东京车站工作的直人，被分发到公安队已经过一个月了。除了葵偶尔惹麻烦之外，日子过得风平浪静。直人最初虽然很困惑，也渐渐习惯了公安队的工作。在参加学生铁道OJT之前就和直人相识的真里，查觉到他的变化，难掩落寞。这个时候，真里的朋友‧香失踪了。真里担心她可能被卷入什么事件，找直人商量。直人他们协助搜寻香的下落──

人气歌手‧鹿岛乃亚将担任东京中央公安室的一日班长。直人他们第四警戒班奉命保护她的安全。在国铁伊东站附近海边举行、由国铁主办的活动中，乃亚将出场演出，同行的警四众人跟着搭上特急舞娘号。但是，直人在舞娘号上惹乃亚厌烦，在伊东站为了保护乃亚不被激动的歌迷骚扰，还撞到头昏了过去，一开始就诸事不顺。此外，他还得知乃亚收到恐吓信；在这不安的气氛下，突然进到活动彩排！？他们忐忑不安地迎接活动当天──

一大早，直人就被葵带到东京车站地下的训练设施。直人被迫要顺着葵的意思，进行射击训练和实战训练。即使如此，葵还是一副闷闷不乐的样子。训练结束后，直人收到真里的短信。直人明天不用值班，预定去参加母校‧桐生铁道高中的迎新旅行，负责引导。要去的地方是国铁足尾线。这次旅行除了能行经平常专门用来运送货物的区段，还能乘坐KIHA52，让直人雀跃不已。这个时候，他们收到通知说，之前企图引爆东京车站的犯人共犯，在辖区内现身了，当局并发布通缉令。直人和葵在东京车站内巡逻时，遇到疑似那名通缉犯的男子。急着立功的葵硬拖着胆怯的直人，开始跟踪犯人…。

第四警戒班由于在足尾线的疏忽，遭追究责任，被罚闭门思过。直人原本在家悠闲度日，但他在收到一封信后，心情丕变──信上内容竟是暗杀预告。他打电话给葵，想跟她商量，却联络不上人。遥原本在健身房努力强化体力，接到直人的电话后，连忙赶到他身边。两人在国铁秋叶原站附近会合。他们最后却落得在街上四处奔逃的地步──

直人他们第四警戒班，要参加铁道公安队高度教育研习，便前往国铁轻井泽研习所。直人听说研习时能学习如何驾驶EF63型电力机关车，对此相当兴奋。葵却对这样的直人说，“要是被你拖累就伤脑筋了。因为将来也会一直在铁道公安队共事”，一对一地陪他做射击训练，还试着建议他做自主训练好强化体力，一反常态，积极地亲近他。然而直人却说「我只想当驾驶，并不想当公安队员」，就这样不小心泄漏了真心话，两人因此而争吵。警四就在不和谐的状态下，迎接驾驶讲习的到来──

误解又招来更多误解，直人他们第四警戒班众人的想法渐行渐远。天候恶劣，倾盆大雨敲打着轻井泽的地面。而暴雨还造成土石坍方！在这种状况下，日本脏器输送系统的职员却说，她为了运送移植手术用的器官，得尽快前往前桥的医院。因为暴雨的关系，周遭道路几乎都封闭，轻井泽站这里是动弹不得。从轻井泽要到前桥，只能从碓冰峠下去，但是电车却都动不了。在一片绝望的气氛中，一向冷静的遥径自大声说，“由我来传递！列车不开的话，就算要沿着铁轨跑也得去！马上出发的话，两小时内应该到得了横川！”原本一直盯着地图看的直人听了，告诉她说也许有办法──

直人他们在暴雨中前往横川。遥有云“途中的碓冰第三桥梁到横川之间，因为架设了‘碓冰阿普特式铁路’，应该有持续在维护，大概比较没有危险”，然而实际上，下坡坡度却很陡，速度也一直降不下来，因为隧道太过狭窄，无法顺利转过弯道……。在这样穷途末路的情况下，岩泉所采取的行动是！？

为了参加在札幌举行的姊妹市典礼，地中海小国阿特拉王位继承第五顺位的王子‧贝尔尼纳来到日本。直人他们第四警戒班被指定负责保护他、替他带路。直人他们随同贝尔尼纳前往上野车站，要搭乘从第13号月台出发的「北斗星」3号，出发前直人接到葵的电话说她「在跟踪一个一直监视着北斗星，身穿黑西装戴着墨镜的可疑男子」，说完就挂断了；她来不及一起搭上“北斗星”3号。少了葵，得自己负责护卫贝尔尼纳的直人他们究竟会！？

几个穿黑西装的男子在晚安广播声中袭击过来，直人他们好不容易才击退对方。直人和贝尔尼纳两人被追得无处可逃，而在危急之际拯救直人的，就是葵。原来她搭乘东北新干线先到达仙台站，再从那里搭上“北斗星”3号。松了一口气的直人手机响了。而来电者竟是刚才袭击他们的犯人同伙！？对方告诉直人说他们绑架了遥，威胁他用贝尔尼纳来交换遥这人质！警四该怎么办！！

直人和饭田让其他人先回东京，两人收拾完“北斗星”3号上的烂摊子后，在青森站下车。得知到东京站前，自己搭乘的客车会由搭载了燃气涡轮引擎的内燃机机关车KIHA381牵引，让直人非常开心。直人跟饭田两人展开了往东京的旅途，然而出发后不久，引擎发出的怪声让他坐立不安，忍不住进入驾驶室。──到底KIHA381能否平安无事抵达东京！？