道场中回响着打斗的声音，幼年的银时努力练习剑术，而松阳面带笑容看着他的学生。时光荏苒，如今银时与化身为虚的松阳对峙着。银时从噩梦中惊醒，因为难以在歌舞伎町留存，万事屋一行人在桂的安排下驻扎秋叶原，并且成立了万事屋秋叶原支店。在那里，因为意外来客的到访，银时了解到虚的原形。

信女道出虚的真实身份，由于阿尔塔纳的力量获得不死之身的男人，宇宙最危险的生物，而吉田松阳正是虚不经意间流露的善良一面。听了这番话，银时陷入踌躇，桂留下“不能让你两次向老师挥刀”这句话后离开。在另一边，元老们遇袭身亡，虚计划扩张势力，此时星海坊主出现，事态朝着意想不到的方向发展。然后，空无一人的万事屋桌上放着神乐的请假条。

神乐离开万事屋后，与快援队和鬼兵队成员会合。银时和桂等人加入坂本辰马的私设舰队，秒杀德川喜喜的舰队，还擒获了喜喜。随后银时一行前往“秘密汇合点”，被舍弃的星球烙阳，这里恰好是神乐的故乡。下定决定的神乐来到母亲的墓碑前，星海坊主也抵达烙阳。高杉沉眠，神威不见，以二人为焦点各方势力在沦落的故星点燃了战火。

银时等人来到神乐的故乡烙阳，等待他们的是春雨成员们的猛攻。银时、桂、坂本的奇袭突破窘境，不过双方压倒性的兵力差并没有变化。在分散的三人面前，“三凶星”现身，桂被海王星的猩觉拦住去路。猩觉可怕的力量压制了桂的进攻，桂的诱人肌肉首次披露，男子力爆棚。

怪物级别的黑客扎古利用纳米机械病毒控制了快援队，多艘飞船受损，被操纵的船员袭击喜喜，坂本和陆奥前来相救。喜喜询问坂本为何要救自己，坂本回应他“别以为一度背负国家的男人可以轻易去死”，这句话让喜喜的心态发生异变。为了防止敌人彻底控制快临丸，三人赶往控制室。

时光回溯，曾经在攘夷战争时代，银时与三凶星之一的“星芒剑王”马董刀剑对决，马董一直无法忘怀那次战斗，这次专门来挑战银时，然而他口中的宿敌“百夜擦”，其实是一位憧憬银时的手下小弟。两人一言不合就开打，马董的“觉眼”能看穿一切，包括人的内心，银时能战胜他吗？

银时、高杉、桂、坂本，曾经在攘夷战争中一起战斗的四人再次并肩作战。戏剧性的重逢后，本以为四人会冰释前嫌，却还是骂作一团，传话筒坂本成了行走的痰盂。这样的再会中，虚率领奈落一众袭来，银时四人以血肉之躯毁掉大炮坦克。战场的另一边，星海坊主遭遇敌军援军，春雨第一师团团长兽王狮岭被某人秒杀，熟悉的身影出现。

神威充满杀意的拳脚挥向星海坊主神晃，也就是自己的父亲。谁也无法阻止宇宙最强的父子激斗，同为家人的神乐出手阻拦，也加入战斗。然而下个瞬间，虚的突然出现改变了战局，星海坊主的左臂假肢被虚一刀斩断。在战斗中，星海坊主取下虚的一只胳膊，发现了虚的力量来源，与阿尔塔纳的人相遇不是第一次了，另一个人究竟是谁？

神威道出母亲江华是“徨安龙脉变异产生的生命体”一事，并称杀死母亲的正是他们的父亲星海坊主。星海坊主与江华成亲后，神威和神乐出生，一家四口悄悄生活着。某天，神威得知母亲病重的真相，原来江华因为远离母星无法得到徨安的龙脉而日渐虚弱，自此神威与父亲的关系彻底改变……

满身创伤的星海坊主被神威打倒，银时挡在星海坊主身前。在神威压倒性的力量面前，银时被暴揍，却又无数次爬起来。神威为了“最强名号”而战，银时为了“万事屋”而战，到达极限的银时倒地，神乐挺身阻拦，那一瞬间神威的攻击停顿了，空荡荡的神威能否想起心底的“真正的名字”？

神乐一拳打倒神威，兄妹两人终于和好。与银时等人的战斗让神威明白了自己的软弱，在阿伏兔的搀扶下，他回归春雨海盗团。病房中的星海坊主也体会到不管身在何处，家人间的羁绊永不会断。在另一边，脱离战线的高杉等人与胧对峙着，战斗中胧回忆起小时候刚成为松阳弟子的往事。

虚因与胧结识变成了吉田松阳，又被胧亲手断送了性命，只因胧这个“第一弟子”对银时等人的嫉妒和憎恶。高杉杀死了胧，众人听说了虚惨遭虐待的过去，以及吉田松阳诞生的原因，而虚的一切计划只为找到能杀死自己的方法。得知事实的银时、桂、坂本，以及高杉，各自下定了新的决心。

星海坊主到地球找神乐，超强阳光让他感受到发际线危机，同时也担心神乐会被晒成焦炭，最终走上焦炭之路。忧心忡忡的他恰好看到神乐被告白，于是怒气全开去找银时算账。两人争论之际，神乐从外面回来，宣布自己交了男朋友，这下三人彻底傻眼。为了试探这位小男友，星海坊主和银时邀请他到家里做客，却没想到……

神乐的男朋友是巨人星的皇子小大，小大一出场就拆了万事屋，还扬言要和神乐回老家结婚，银时和星海坊主气得互殴对方。银时等人争吵时，神乐和小大溜到公园，神乐拒绝和小大约会，被对方的口气弄晕。巨人们突现江户，当街举办婚礼，只为独占神乐的优秀基因，地球又要遭殃了。

银时、神乐、新八来几松的面馆蹭饭，面馆有个年末打烊的惯例，几松和老公会陪一位流浪汉共吃一碗拉面，但老公过世后那位流浪汉再没来过。桂也恰好在场听闻此事，离开面馆后商量和银时他们寻找那位老爷子，帮几松完成约定。银时和桂乔装流浪汉打入“伊甸园”内部，遭遇纸箱之神和武斗派纸箱团伙。

纸箱之神就是几松的爸爸，二十年前为了救河里溺水的陌生小孩下落不明，后来因为失忆症忘记几松母女，组成了新家庭，而几松的丈夫正是那个被救的孩子。他拜托流浪汉爸爸到店里吃拉面，以这种形式一家团聚。“一碗拉面”真相大白，银时和桂准备带几松爸爸完成约定，却遭武斗派纸箱团伙阻拦。

天台上，准备跳楼的长谷川遭遇人称“一发屋一星”的墨镜杀手，为了满足长谷川“就是死也要守护墨镜”的要求，一星要他去对面高楼，到时候将他和目标人物一起击毙。长谷川来到对面楼顶，却又遇到墨镜杀手，这次是人称“快枪手一龙”的正道杀手，而他的目标正是邪道杀手一星……

银时、新八、神乐来到铁子的锻冶屋，银时抓起一把钝刀扔向火堆，想给家里炼个大炒锅，不料被钝刀捅了屁股。钝刀名叫草薙，来自王者之剑星，他在寻找自己的爱人，名为鞘子的刀鞘。银时的屁股成了临时“刀鞘”，铁子摆摊给刀看相，遭遇恐怖男人。冲田以携带刀具罪名逮捕银时，此时草薙看到了鞘子，她就在冲田的腰上……

银时和冲田的真剑决斗在即，钝刀草薙被彻底玩坏，原来他曾为解救鞘子大战魔剑祸薙，因而留下了旧伤。另一边，冲田一招秒杀被祸薙附身的人斩千兵卫，于是祸薙认冲田为主人。决斗当天，草薙与祸薙仇人相见分外眼红，银时与冲田用剑互扔便便不亦乐乎。随后战斗升级，冲田的身体竟然被祸薙据为已有。

冲田被祸薙吞噬，真选组同僚刀剑相向，却被祸薙一招秒，银时的大便攻击打破僵局。银时挑衅祸薙，真剑决斗还在继续，眼看银时就要一刀解决对手，草薙却软了下来。草薙状况不佳，祸薙出手越来越快，银时遭遇险境。此时“鞘子”跳了出来，要牺牲自己救回冲田，祸薙却不以为然，向草薙爆料“鞘子”的真实身份。

如今偶像组合当道，美少女偶像阿通遭遇人气危机。神乐被星探邀请与阿通结成组合，银时变身制作人，全权负责偶像活动。就这样，HDZ（鼻屎钻石）48正式出道，小猿、阿妙、月咏、九兵卫的乐队“钻石真空”也来蹭人气，非要给HDZ48当伴奏。HDZ48的枕头营业会开始，第一次活动就引起宅男大骚乱。

银河系第一偶像部队GKB（巨型臭碧池）48劲爆来袭，试衣间握手会槽点满满，粉丝全体进入贤者模式。眼看自己的粉丝被GKB48抢走，阿通气哭泪奔，银时等人手忙脚乱。这一幕被GKB48队长碧池惠利用，随后银时、新八和HDZ48以“恋爱丑闻”登上头条新闻。一波未平一波又起，粉切黑碧池惠向阿通发起挑战，输的一方要永远退出偶像界。

GKB48与HDZ48的握手之战愈演愈烈，厕所握手会另辟蹊径，宅男们跃跃欲试。眼看HDZ48的势头越来越好，钻石真空却突然搞起总选举，小猿等人吓退粉丝。GKB48的试衣间外，粉丝躺的横七竖八，比赛结果一目了然。此时新八勇敢挑战碧池惠，两人试衣间内一阵折腾，新八竟揭开了美女偶像团的真面目！

万代南梦宫要给银魂做本格派动作游戏了，名为《银魂乱舞》，身为男主的银时决定亲自监督。山寨游戏疯狂蹭热度，从传说系列到生化危机，还恶搞超级马里奥。NEET成了游戏里的超级病毒，只有找到工作才能复活，最后江户全灭，游戏策划被老板送上天。新八突然能看到鬼了，这究竟是什么情况？

新八戴上诅咒眼镜，自此变得能看见世间的各种灵，比如银时的守护灵阿修罗人、神乐的守护灵阿噜丘。这种状况下新八参加了町内运动会，各种灵能战斗一触即发。没想到阿修罗人和阿噜丘在守护灵业界超有名，长谷川竟成了墨镜的守护灵。赛场如同人间地狱，Master纷纷倒下，超强暗黑千手观音登场。

以德川茂茂暗杀事件为契机，真选组解散，万事屋下落不明。天导众与阿尔塔纳解放军开战，星际战争让地球一片混乱，天人袭来江户陷入绝望。长谷川收集“心愿”向空无一人的万事屋发来委托，还以入国管理局局长身份挑衅解放军。登势婆婆一众被解放军欺凌，真选组三人霸气归来，众人誓要夺回武士之国。

天导众的真正目的是利用阿尔塔纳军队，使地球化为飞灰，银时、神乐与桂、辰马等人在飞船商议，准备去找解放军交涉。德川喜喜自告奋勇要一同前往，神乐疯狂给德川喜喜的炸薯饼加辣酱，对方竟然闷头大吃。谈判正式开始，阿尔塔纳军队创始盟主之一的紫雀登场，德川喜喜吃坏肚子腹泻不停，菊花成超级武器吓退外星人。

硝烟皇子圆翔因天导众失去祖国，自此跟随紫雀，率领阿尔塔纳解放大军。江户一片萧条，包括神乐在内的天人遭到歧视。决战时刻已近，只有找出天导众的行踪并打倒虚，这颗星球才有未来。奈落假扮民众引发内乱，虚大开杀戒制造不死者，另一边的圆翔背叛紫雀，原来渴望战争的不止是虚……

虚率领奈落一众突袭，万事屋全力抵抗，无奈不死军队和解放大军太过难缠。银时挥刀砍向昔日恩师，才察觉剑刃根本无法触及对方，因此大受打击。圆翔率空中部队轰炸江户，城池被战火吞噬，澄夜誓死守护。信女为救银时被炸伤，一行人遭遇地面炮火围攻，危急之时真选组赶到，流氓警察江湖再起。

真选组霸气归来，弱鸡山崎舍弃本体变筋肉男，近藤抛弃变态一面彻底变猩猩，灵魂T恤引来麻烦不断。全藏率小猿、御庭番众保卫公主和江户，忍者大军全面行动。源外爷爷、金时、小玉也站了出来，源外拿出必杀器新阿姆斯特拉回旋喷气式源外炮，金时、小玉负责操控，此举可能会让他们丧命。

小玉、金时操纵巨炮攻击后倒下，解放大军的战舰全被击落，万事屋、真选组、御庭番众以及歌舞伎町民众备受鼓舞。敌人新增援军，歌舞伎町成了混战中心。宇宙飞船上，这一仗让圆翔十分恼火，德川喜喜和辰马等人得知此事准备打反击战，却不料关键时刻桂掉链子，隐形飞船坏了大事。

哈塔皇子收集了一系列地球生物，但他没想到他的手下把桂也当做收藏抓进了飞船里。桂趁乱挟持了哈塔王子，他计划用哈塔王子做人质来换取央国星全军的支援，只要有了友军，那么解放大军就不敢对地球轻举妄动。哈塔王子的大臣对桂的要挟不屑一顾，他似乎早已厌倦哈塔王子的废柴，企图趁此机会将哈塔王子和桂一起消灭。

真选组强势回归打爆敌军，歌舞伎町全员进入备战状态，各种花招玩的飞起。万事屋被飞来巨石误伤，银时的蛋蛋遭遇生存危机。银时等人四处寻找安全入口，在天堂之门、地狱之门、摩洛哥之门和牛郎之门的洗礼下，万事屋全员身心俱疲，友军遭到身心重创。就在此时，敌军的小BOSS登场了。

月咏率领吉原自卫队百华参上，痛击敌方首领王盖，与阿妙、九兵卫等人并肩作战。大家与茶吉尼一族交战时，苍达趁机挟持阿妙等人，以此威胁众人交出病毒炮的开发者。登势和源外站了出来，黑驹胜男博士、狂死郎博士和硬汉博士也来凑热闹。苍达准备痛下杀手之时，歌舞伎町看门人次郎长和平子终于赶到。

万事屋与沟鼠组联手打败了苍达，辰罗一族得知首领遇难纷纷撤离，茶吉尼一族也节节败退。歌舞伎町全员猛攻，敌军内部开始出现崩溃迹象。王盖试图鼓舞士气，却遭遇茶吉尼最强神之角屁怒吕，杂兵们被吊打。随后结野众的阴阳师赶来救援，结野、外道丸和道满、 晴明力挫敌人，这场战争似乎终于结束了。

屁怒吕的封印之花被玩坏，护花使者银时不慎把屁怒吕变成双人格。逢魔之时夜兔将登场，对此一无所知的歌舞伎町享受仅此一夜的安宁。大家对追击还是撤退展开讨论，银时“驾驶”初号机屁怒吕前来，声称自己掌控了天使和恶魔之力，还要进行人类补完计划，最后却惨败给了一只小强。

喜喜、辰马一行人说服解放大军干部紫雀提督一派成为友军，并帮紫雀从牢狱中脱身，一同镇压解放大军母舰。战斗接近尾声，地球一方的宇宙通信恢复，土方、总悟等人和万事屋担心源外遭遇不测，四处寻找他。源外联系上圆翔皇子，希望他停止战争，却遭对方拒绝。母舰上展开混战，喜喜联系上澄夜，两人终于相互理解。

为反抗天导众统治，阿尔塔纳解放大军集结而成，江户成了宇宙战场。银时等人为了守护江户挺身而出，辰马一行在天鸟船与敌军交涉，圆翔皇子准备启动火之迦具土神毁灭地球，就在此时高杉带领鬼兵队突击天鸟船。战斗中，河上万齐、来岛又子和武市变平太与高杉结识的场景浮现。

鬼兵队想办法阻止火之迦具土神的启动，但地球仍被外星炮弹击中，江户一片混战。源外被夜兔一族威胁交出纳米机器人，神乐察觉有夜兔的气息立刻赶来支援，寡不敌众被围攻。此时神威带领阿伏兔以及春雨登场，宣布要以海贼的身份与解放大军为敌。神威神乐并肩作战，笨蛋兄妹打敌人居然起内讧。

阿尔塔纳能量爆发，地球瞬间崩坏，圆翔皇子这才醒悟虚才是真正的敌人。若阿尔塔纳的能量轰向火之迦具土命，整个银河系将毁于一旦。宇宙海贼前来救援，只有从内部干涉火之迦具土命才能阻止发射。距离火之迦具土命发射只剩下十五分钟，高杉直接突入控制中枢，武市外部配合拖延时间。

高杉堵上性命破坏火之迦具土命的控制装置，能量逆流战舰发生爆炸，圆翔计划让战舰坠向地球。辰马和桂成功攻入敌军内部，辰马枪击圆翔却被圆翔的项链挡住，圆翔用光剑反杀，陆奥为辰马挡下致命一击生死不明。桂和伊丽莎白联手对抗圆翔，伊丽莎白也被打穿倒下。这场牺牲了无数战友的厮杀终将结束，高杉失去一切才得以到达的前方究竟是？

高杉重伤圆翔，自己也血流不止，随后喜喜赶到，阻止双方厮杀。圆翔心服认输，下令停下飞船的下坠，不料被暴怒的下属击杀，喜喜也中枪身亡。德川家族最后的将军终于被认可为王，喜喜安心离去。另一边的地球，自古守护龙的黄龙巫女和狛神平息龙脉，定春也加入战斗，镇压终端塔成关键一战。

星海坊主与神威见面后立刻进入互殴模式，而他还带来了自称能够打倒虚的唯一杀手锏“阿尔塔纳结晶石”，以及用结晶石生出的一头秀发，结果头发很快就被神威拔光了。星海坊主用结晶石打造的神器秒杀敌人，不死之身也无法复活，形势瞬间逆转。神威和星海坊主父子联手断后，银时拿着结晶石刀勇往直前。

巫女姐妹重伤已无力再战，她们把力量寄托给定春，定春一路伤痕累累拼死前往终端塔，万事屋三人及时赶到，从刀口下救了定春。由于龙脉暴走大厦崩塌，定春掉入龙脉的深渊之中，银时拼死搭救却被定春一掌拍回安全地带。虚的刀刃指向银时，此时龙脉的力量平息，定春还在用生命战斗着。

定春的力量所剩无几，虚的力量被暂时压制，万事屋拼尽全力浴血奋战。没多久定春消失，随着龙脉复苏虚瞬间满血，银时腹部中刀倒地。战场突现异变，幼小化定春张开结界，歌舞伎町众人把生命之力心甘情愿托付给万事屋。虚在一旁冷眼相看，银时揭穿虚最害怕的事物，那就是名为人类的生物。

那场惨烈的战争已经过去两年，当年险些毁灭的江户如今也恢复了往日的和平。家庭餐厅里店员被外星人霸零，新八如同当年银时一样站了出来，可惜帅不过三秒，被店长怒骂是四眼星人被一顿胖揍。曾经的万事屋已经不复存在了，神乐和银时找到了非做不可的事各自踏上旅程，万事屋就剩下新八一个人了……

桂化名唐纳德·假朗普当上日本初代总理大臣，搞垮真选组还制定了宪法。松平认为前恐怖分子不能掌管国家，为了暗杀桂找黑市商人购买了最强武器，被迫去码头接货的新八收到的货物居然是神乐的女儿。另一边的银时回到早已成废墟的松阳私塾，遇到了上香的高杉，还被土方绑走了。

总悟率真选组变身维护正义的黑手党，一言不合就炮击神流和新八，说要试试万事屋这两年的成长。银时为寻找高杉来到一个小镇，偶遇同样在寻找高杉的武市和又子，以及奈落一众追杀他的人。银时旱鸭子落水向又子他们求救，此时暗中观察的高杉出手相救，并向银时寻求某样重要的东西。