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新学期开始,纯还是拒绝上课,蔷薇少女们聚在樱田家,再一次吵起嘴来。翠星石和苍星石夺窗而入,寻找躲起来的雏莓,又是一场因为梅大福而引起的战斗。相比同伴的开心日常,真红显得心事重重,她还在为水银灯担心。而此时,神秘的第七人蔷薇水晶登场,她的目的是?
在N之领域,蔷薇水晶与真红展开激战,真红被打败,就在被摧毁的那一刻,有人救了他们。没有人知晓的第七少女,最后的姐妹苏醒,意味着爱丽丝游戏进入了最后阶段。真红不希望任何人因失去蔷薇圣母而成为真正的人偶,于是内心拒绝战斗,还打算把蔷薇水晶的事隐瞒起来。
蔷薇少女们聚在樱田家,还是向往常一样吵闹。自称是蔷薇少女中第一的头脑派,第二人偶金丝雀准备夺取蔷薇圣母,趁纯和姐姐都出门的机会突袭真红她们。然而金丝雀的计划并不成功,不仅暴露了踪迹,还把自己浑身搞得湿漉漉的。这下子所有的蔷薇少女都出现了,形势更加严峻。
为了应对爱丽丝游戏,翠星石也开始寻找自己的主人了。屡屡遭拒的翠星石想到了纯,她想和纯缔结契约,但傲娇的她根本说不出口,而且纯似乎也没有这个想法。就在此时,蔷薇水晶再次出现,将大家带到N之领域,展开爱丽丝游戏间的战斗。真红和苍星石纷纷落败,纯终于决定与翠星石签订契约。
尽管纯也是翠星石的主人了,但他整天还是和真红黏在一起,这让翠星石嫉妒不已。为了让纯对自己另眼相看,翠星石打算帮忙做家务,却又闯了大祸。在雏莓的启发下,翠星石决定抢在雏莓之前,给纯寄信。而另一边,金丝雀又在计划着报复真红她们了……
水银灯因为没有被真红拿走蔷薇圣母重新复活,这次她的契约者是一心求死的重症少女小惠。小惠称水银灯是来取走她生命的黑色天使,并恳求水银灯一口气用光自己所有的生命。水银灯遇到了蔷薇水晶,想起了自己输给真红的事。准备复仇的水银灯找到真红,却看到了真红的泪水……
翠星石、苍星石和雏莓学着做饼干,没想到真红竟然也加入进来。就在大家其乐融融的时候,金丝雀又来了,然而真红不但没有生气,还邀请金丝雀一起吃饼干,这让苍星石沉默不语。为了满足主人的期待,金丝雀终于展现出了真正的力量,但还是被真红秒杀。最后大家一起来到金丝雀的家,开起了换装舞会。
苍星石在镜子中见到了因为找不到爱丽丝而哭泣的父亲大人,因此告别了姐妹们,下定决心加入爱丽丝游戏。尽管翠星石哭着挽留她,但苍星石还是离开了。而另一边,水银灯看到小惠病危,蔷薇水晶找到了她,称蔷薇圣母可以救活小惠,一向独来独往的水银灯,选择了与蔷薇水晶合作。
在N之领域,苍星石、水银灯、蔷薇水晶准备展开对战,翠星石四处寻找苍星石却一无所获。在这种氛围下,大家举办清流素面派对,但翠星石还是打不起精神,看着姐妹们拼命想逗自己开心,翠星石终于笑了。深夜,水银灯和蔷薇水晶前来挑衅,真红不为所动。水银灯袭击翠星石,苍星石终于出现了。
苍星石的蔷薇圣母被水银灯抢走,攻击力更加强大。拉普拉斯宣告爱丽丝游戏的第一幕结束,于是众人回到现实世界。水银灯想用蔷薇圣母拯救小惠,却被蔷薇水晶告知必须集齐所有的蔷薇圣母才行。纯找到槐,希望他能修复苍星石,却被对方告知已启程去远方的灵魂无法回来了。被真红打败却没有被真红拿走蔷薇圣母的雏莓在游戏完全展开时,不得不变成人偶。
最后决战在N之领域的蔷薇园进行,纯为了阻止战斗跟着也进入了蔷薇园。水银灯对战真红,蔷薇水晶对战翠星石。就在蔷薇水晶将要杀死金丝雀时,翠星石因不想再看到任何人失去蔷薇圣母,毅然牺牲自己保护了金丝雀。当金丝雀看到翠星石为保护自己而失去蔷薇圣母,原本胆小的她勇敢的拿起了小提琴……