第三学期到来了，要和宗介回归了普通的学生生活，两人之间的距离也彼此拉近。放学后宗介送要回家，宗介在门口警觉的发现屋内有人入侵，在客厅等待着他们的是泰蕾莎的哥哥雷纳德。雷纳德警告宗介，汞合金即将对秘银进行制裁，他希望要能加入汞合金组织。当要拒绝了雷纳德的交涉后，汞合金对秘银的作战总部发起了全面攻击。

汞合金趁太阳风爆发时向秘银基地发起全面攻击，基地因太阳风爆发无法与外界取得联系，只能靠自己的力量拼死一战。泰蕾莎冷静的安排作战对策，但汞合金的攻击一波接一波，丝毫不给她喘息的集会。与此同时，宗介和要在等待救援时遭到了围攻，宗介只能带着要逃离集合地点，看见面对敌人毫不留情的宗介，要的心里产生了一丝抗拒感。

汞合金派出了巨兽机体向着秘银基地进攻，科鲁兹率领小队前去应敌。巨兽机体共有三台，每台机体上都装载了λ-driver技术，这种技术可以防御所有的物理攻击。但是如此强大的技术也有着弱点，λ-driver只能对预先警戒的方向生成力场，只要预测出力场生成的方向就能实现攻击。巨兽的的要害处在头部，但是这种复合装甲不可能一次性被破坏，要想偷袭成功，就得连续两次精准的攻击同一部位。科鲁兹想出了三段式迷惑动作，这必须靠他多年的射击经验才能实现。

要和宗介得知恭子被抓当做人质，学校里各处都被敌人安装了炸弹，一旦引爆那将会死伤惨重。要提议利用强弩的电波干扰来阻止炸弹引爆信号，但是强弩在使用电波干扰期间机体无法移动，这需要要和宗介紧密配合才能办到。宗介与敌人交涉后争取到了时间，千鸟利用自己的耳语者能力破解了敌人的通讯波长，他们必须在短短120秒的电波干扰时间内解救恭子让全校人避难。

要被雷纳德带走后宗介只身来到了南册市，这里的人们唯利是图，还勾结政府举办了AS对抗赛。宗介本想来这里寻找以前的战友利克，但利克已遭人仇杀。利克在AS对抗战中娜美的队伍里担任操纵员一职，于是宗介就顶替了利克的位置成为了娜美队的AS操纵员。娜美队的AS是已经淘汰的老机型，但这对宗介来说没有什么大碍，他多年的实战经验让他在这次比赛中轻松获胜，但也因此招来了对手的复仇之心。

宗介在AS对抗赛中越战越勇战无不胜，他所在的娜美队也因此名声大噪。某天娜美派他和雷蒙去买AS用的特殊部件，不料在市场他们却被当做小偷关进了警局。原来当地政府看不惯娜美队百战百胜，这样破坏了某些某些团体的利益，于是找借口想教训一下宗介他们。宗介在被审过程中提出想参加地下决斗，替当地政府卖命打假赛。

在去地下决斗场的途中，娜美用半天时间就设置好了野蛮人的程序，这让宗介大吃一惊，娜美很有可能和千鸟还有泰蕾莎一样是耳语者。在地下决斗场，宗介要面对的敌人竟然是M9，这与野蛮人的实力相差太远，宗介获胜的希望非常渺茫。而在远处等待的娜美团队被卑鄙的政府军强行带走准备灭口，本被关押在监狱的雷蒙突然现身将大家解救出来。

娜美被克拉马当做人质逼宗介现身，宗介一直在暗处等待时机想救回娜美，但没想到竟然狠心的将娜美当场杀害。雷蒙在救出其他人后赶来救援，却没能阻止娜美被灭口。克拉马想用这种残忍的方式逼宗介自己暴露，他在城里设下了陷阱等待宗介上钩。宗介拒绝了雷蒙的合作请求，决定操作野蛮人独自去与克拉马对峙。

泰蕾莎神情恍惚独自一人在高速上游荡随后被人发现送进了医院，医生在检查和询问过后判定泰蕾莎患有幻想症。医院决定将泰蕾莎转入精神病医院，但在接送时出现了状况。雷纳德的手下假扮精神病院医护人员将泰蕾莎绑架，不料这一切都是泰蕾莎设下的陷阱。她装病让雷纳德放松警惕，想借此进入雷纳德组织内部获取情报。

宗介养病期间又遭到敌人突袭，无奈之下他只好找旧识约翰柯特尼，躲进了佛罗里达州北部的营地进行恢复训练。泰蕾莎的突袭计划还算成功，这次作战计划鼓舞了战舰的士兵，让大家意识到现在秘银还有和敌人对战的能力。另一方面，要被雷纳德软禁在别墅里，他并没有将要作为实验道具，他似乎想对千鸟实施柔情政策。

安德鲁少校叛变投靠了汞合金，他将曾是同伴的加宾亨特击毙后夺取了宗介弃用的AS，将其运回了雷纳德的所在地。雷纳德在检查AS机体后让安德鲁销毁机体内的λ-driver装置。另一方面，宗介伤势已经恢复，雷蒙也发现了雷纳德现在的住所，但他们目标的装备只有一台最新型的M6，宗介将驾驶这台机体去突袭雷纳德。

要被迫与雷纳德一起战略转移，在临走之前雷纳德给了要一次逃跑的集会，他认定要不会对自己开枪。结果意外发生，雷纳德被要误伤擦伤头部，在昏迷中转移。宗介未能及时赶到无法救出要，但秘银援军及时赶到送来了装载了AL的新机体ARX-8 Laevatein烈焰魔剑，宗介驾驶ARX-8开启λ-Driver将在场的敌人一网打尽。