小智和小豪已经成为了关都地区枯叶市的樱木研究所的特别研究员，他们的第一个任务就是去调查在城市里的妙蛙草的大行进。他们一进城，就看到所有的妙蛙草都走向某个地方。小智和小豪将要去发现有关妙蛙种子、妙蛙草和妙蛙花的秘密！