惨烈的战争开始，即使是昔日的好友此时也要刀剑相向。爱莉卡含泪毁掉母亲蕾娜的遗体，乙HiME系统恢复，爱莉卡真正继承了苍天之青玉的力量。当大家终于看到胜利的曙光的时候，管风琴再次启动……“想成为乙HiME是为了能保护大家”“想要创造能让人民幸福的国家”“除了父亲大人以外我什么都不要”“我的愿望…我的爱情…我的梦想…就在这里…”