为了对抗管风琴，深优开启了引导星，解开了乙HiME的乙式限制，众乙HiME成为真正的HiME，摆脱主人的束缚可以按照自己的意愿行事。五柱齐集、所有的乙HiME们都齐心协力对抗管风琴。爱莉卡与尼娜决战，最终爱莉卡使尼娜回心转意，但管风琴却因为超负荷运行而暴走控制了尼娜的心智，在尼娜的哀求下、为了拯救大家，爱莉卡挥剑刺向尼娜。战争结束之后，一切重新开始，真白和爱莉卡努力建立一个新的国家，尼娜与失去记忆的谢尔盖在一起开始新的生活。