1987年，日本。继承了乔斯达家血统的年轻年──空条承太郎被关进了拘留所。承太郎说：“我被恶灵附身了。”而拒绝从牢里出来，他的母亲荷莉很担心他，决定向人在美国的承太郎的外公乔瑟夫求助。乔瑟夫立刻赶到日本，与他的朋友阿布德尔一起到承太郎那边去，对承太郎说：“恶灵的真面具是甚么，我了如指掌。”并将那恶灵的真面目，以及一直跟他们家族纠缠不清的可怕因缘告诉承太郎……。

承太郎隐藏起乔瑟夫所说的“恶灵”──“幽波纹（替身）”的力量，回到他的日常生活。然而，有一天在上学途中，他因为某个奇特的现象而受了轻伤，也因此认识了自称花京院典明的转学生。承太郎正要在保健室治疗伤口时，发现花京院留给他的信息，信息的内容是一则预告，预告承太郎将会被花京院的幽波纹（替身）杀害。这时，保健室老师突然疯狂朝他攻击……

承太郎用他觉醒的“替身”能力，打败了迪奥派来的刺客花京院，并抓住受伤倒地的花京院，想从他口中得到迪奥的情报，但乔瑟夫发现花京院脑中植入了名为“肉芽”的迪奥的细胞，无法摘除。虽然乔瑟夫说花京院必定会没命，但承太郎用自己的替身，想帮花京院把“肉芽”摘除……

没能在五十天内打倒迪奥的话，荷莉的生命就有危险──。承太郎他们为了打倒迪奥，开始展开旅程，前往可能是迪奥藏身之处的埃及。旅程中在飞机内部，承太郎他们再次遇到迪奥派来的刺客！那是暗示着破坏与灾害，以及旅行中断的凶恶替身“灰塔（Tower Of Gray）”。在不知道是谁在操控替身的未知情况下，静静展开行动的花京院……

迪奥派来的新刺客波鲁那雷夫，向承太郎他们发动攻击。虽然对他替身“银色战车”的高明剑术感到震憾，但面对波鲁那雷夫的挑衅，阿布德尔用“红色魔术师”挺身迎战。战斗场地移到虎豹别墅之后，在两者对决中，波鲁那雷夫正面接下“红色魔术师”引以为傲的必杀技“十字火焰飓风”而倒地，阿布德尔确定敌人已无还手之力，但没想到……？

新的同行伙伴加入之后，承太郎他们在史比特瓦根财团的帮助下，经由海路启程前往下一个目的地新加坡。在旅程当中，船内发现有人偷渡而引发一场骚动，承太朗同时也在海中受到敌人的替身所攻击。在船上的，除了自己的伙伴以外，就只有确认过身份的十名船员，以及一个神秘的偷渡客而已……。到底谁才是前来刺杀他们的敌人？为了找出替身的本人，承太郎使了一个妙计。

冒牌船长在船上安置炸弹，将船炸掉，承太郎他们从船上逃脱，乘着救生艇在广阔的海洋中漂荡。而这时，却出现了一艘巨大的货船。虽然众人杯弓蛇影，但为了寻求帮助，还是走进了货船。然而，船只虽然正常运作，船上却没有半个人，只有在笼子里有一只红毛猩猩……。承太郎虽然觉得有种诡异的不安，但仍是继续在船内搜查，结果起重机却自己移动，攻击他们的同伴！

承太郎一行人抵达新加坡，在住宿的酒店里各自自由行动。波鲁那雷夫的分配到一个人的酒店居室，而在那里等待着他的是新出现的恐怖替身使者“诅咒的迪波”。迪波所操纵的替身“恶魔”，越憎恨对方能力越强，波鲁那雷夫从正面挑战对手中了敌人的圈套，陷入命悬一线的危机当中。面对迪波残忍暴虐的手法攻击，波鲁那雷夫找到了什么转败为胜的机会？

乔瑟夫等人用念听得到了奇妙的信息：“在我们之中有一个叛徒，小心花京院，他是迪奥的手下。”这让他们不由得感到很困惑。另一方面，不知道这件事的承太郎，跟花京院与安一起去新加坡游玩。花京院不断出现异常的行为举止，像是对待扒手过于暴力之类的。承太郎觉得花京院不像平常一样睿智，而是散发出一种不太对劲的气氛，让他感到很可疑，并认为花京院可能是被什么人附身了……

承太郎等人离开新加坡，顺利进入印度。虽然受到文化差异的冲击，但他们还是在餐厅暂时歇一口气。在那里，有一个只在镜子里能看到的替身，对波鲁那雷夫发动了攻击。承太郎从敌人口中问出的“使用镜子的替身使者”，很可能就是杀波鲁那雷夫妹妹的仇人“两手都是右手的男人”。波鲁那雷夫燃起了复仇的火焰，说要自己一个人前去追击敌人，不顾阿布德尔的阻止，与他们分开行动。

阿布德尔为了保护波鲁那雷夫，受到敌人的替身攻击而倒下了。看到这一幕，波鲁那雷夫因为震憾而失去了冷静。趁着这个机会，J·凯尔开始用他的替身“倒吊男”展开猛烈的攻击。花京院知道再这样下去，他们必定会败下阵来，因此打算与波鲁那雷夫一起逃亡。波鲁那雷夫他们在追击而来的荷尔·荷斯与J·凯尔这二人搭挡面前陷入苦战，但他们仍是努力找寻J·凯尔本人，并试着寻找反击的契机，但是……

承太郎一行人朝着恒河河畔的圣地贝拿勒斯前进。在那路途中，乔瑟夫发现自己的手臂上出现奇怪的肿瘤，一开始虽然没有很在意，但那肿瘤越来越大，让他觉得很诡异，因而决定去让医生看看。然后，当医生想要切除那块肿瘤的那一瞬间，肿瘤变成人的脸，并说自己是替身“女帝（empress）”。乔瑟夫想尽各种办法要将“女帝”从自己身上切下来，但因为那是自己本身的肉体，所以无法让它受伤。这个以猛烈速度不断成长的敌方替身，乔瑟夫想出的解决之道是……

承太郎他们开着四轮传动的车子，从印度往巴基斯坦飞奔。负责驾驶的波鲁那雷夫在路况不佳的山路上，强行超越一辆破车。他们一行人顺利地开了没多久，刚刚超过的那辆破车便出现在他们身后，他们决定让那车子先过。然而，那辆破车一超车往前就立刻慢下来，不断让人觉得他是故意在找碴。波鲁那雷夫再次超过那辆破车的瞬间，陷入了与大卡车正面相撞的危机当中！

承太郎他们突破了敌人替身使者的阻碍，终于进入了巴基斯坦。然而，因为周围被浓物所包围，他们决定到附近的城镇找寻住宿的地方。一行人抵达的城镇，异常地安静，居民的反应也都反常地冷漠。而在那当中，他们在路边发现了一具奇怪的尸体，脸部的神情扭曲，似乎死前遇到了非常恐怖的事。因为死因不明，所以他们加强了戒备，认为有可能是替身使者所为，这时一名经营旅馆的老婆婆叫住了他们……

波鲁那雷夫发现恩雅婆婆就是迪奥新派来的刺客，他想要通知同伴这件事，但受到恩雅婆婆的替身“正义”所操控的尸体，却集体对他发动攻击！整座小镇都已经在恩雅婆婆的掌控之中了。在这强大的替身力量之前，波鲁那雷夫束手无策，只能不断地逃跑。然而，他最后还是在敌人的攻击下受了伤，落入恩雅婆婆的手上……

承太郎等人活捉了恩雅婆婆，并来到巴基斯坦的首都喀拉蚩。在那里，等待着他们的是迪奥的新刺客，一位自称是钢铁之丹的男人。丹遵照迪奥的命令，毫不犹豫地杀掉原本应该跟他们是同一伙人的恩雅婆婆。承太郎等人因为对方的无情而感到愤恕，在四打一的有利局势下，准备与对方交手。然而，丹早已经展开可怕的替身攻击……

丹的替身“恋人”钻进了乔瑟夫的脑部，丹掌控了乔瑟夫的性命占据绝对优势，并以此做为挟持，不断对承太郎做出卑劣的行为，承太郎无法反抗只能强忍怒意，听从他的命令。另一方面，花京院等人派替身进入乔瑟夫的脑内，并发现敌人以乔瑟夫的脑细胞当饲料在喂食肉芽。然而，敌人的替身动作出乎意料地迅速，两人抓不住他而陷入苦战。而且，那里更有其他陷阱在等待他们。

承太郎等人抵达了阿拉伯联合大公国，决定骑骆驼横渡沙漠。在行程中，身旁明明除了同伴以外没有别人，他们却感觉到有什么人在的气息。承太郎用白之金星查看，也没有发现奇怪的地方……不过，最后他们发现明明已经过晚上八点了，太阳不但没有下沉，还从西边开始上升！他们一行人虽然推测这是敌人的替身所为，却找不到与其对抗的办法。而上升的气温终于超过了70度……

花京院典明做了一个梦，他在一个有婴儿哭声的奇妙游乐园里，发现一张“死神”的塔罗牌。花京院从一堆飘落的塔罗牌当中，避开了向他划过来的死神大镰刀，结果镰刀划过他身边的狗。花京院大叫着醒来，却想不起恶梦的内容。多没久，要搭飞机前往下个城镇的一行人，购买了一架小型飞机，但条件是要带一个生病的小宝宝一起走。花京院典明与波鲁那雷夫在机内小睡片刻，却梦到了那个游乐园……

花京院说小宝宝很奇怪，却没有人肯相信他，同伴们反而怀疑花京院经神异常。为了想要解开误会，花京院把他梦中在自己手臂上刻下的“BABY STAND（婴儿替身）”字样给他们看，结果只是让他们误会更深。被逼到绝境的花京院决定使用强硬的手段，却被波鲁那雷夫的手刀劈中，昏了过去。不久，承太郎他们在恶梦中睁开眼睛，因为发现全部的真相而感到战栗！

承太郎他们为了去见某个人，而前往一座红海上的孤岛。一行人抵达岛上之后，遇到了一个除了一头白发以外，与阿布德尔长得一模一样的男人──阿布德尔的父亲！那男人顽固地拒绝与承太郎他们对话，把自己关在房子里。波鲁那雷夫想到阿布德尔是为了保护自己而死，一个人在沙滩上伤心。这时，他忽然在发边发现一把上面布满藤壸的油灯。他试着想把藤壸刮下来，没想到那把油灯却突然开始发光……

波鲁那雷夫心直口快地说出自己的愿望，结果复活后的妹妹雪莉却攻击他，让他受了伤。敌方的替身使者卡梅欧拥有塔罗牌“审判”暗示的替身，他告诉波鲁那雷夫，将会实现他的第三个愿望，让死掉的阿布德尔复活。雪莉与阿布德尔两人为了啃食波鲁那雷夫的肉体而袭击他。波鲁那雷夫虽然试着用替身反击，却受到卡梅欧的压制，陷入千钧一发的危机当中，他意识模糊，终于觉得自己可能已经没救了……

承太郎他们拿到了新的交通工具──潜水艇，目标是穿越红海登上非洲大陆，迪奥所在的埃及。他们一行人利用潜水艇的声纳探测周围的海域，同时在海中静静地往前行进。在这当中，承太郎指出一个危险性，如果他们在海中受到袭击，将会无路可逃，让众人加强戒备。然后，就在他们终于要抵达非洲大陆的时候，客舱里的咖啡杯突然变形，将乔瑟夫的义手砍断！

承太郎他们受到敌人的替身“女教皇”的袭击，从即将沉没的潜水艇中逃出。为了在海中借着自己的力量泳往岸上，他们一行人穿上了潜水装备，但这时敌人的替身又再次发动攻击！敌人不断变换模样，承太郎他们无法辨别，而在敌人的摆布之下，几经艰辛才逃出潜水艇。他们一边防备敌人追击，一边朝着陆地游去，就在他们发现前方的两座海底隧道，知道已经非常靠近岸边而感到安心的时候……

承太郎他们终于来到迪奥所在的埃及，并开着吉普车横渡沙漠。有一架直升机来到他们身边，那架直升机隶属于在背后支持他们此行的史比特瓦根财团，他们在乔瑟夫的请求下，帮承太郎等人带来了新的伙伴。据乔瑟夫所说的，机上乘坐的是拥有“愚者”塔罗牌暗示的替身使者。然而直升机里面，除了机师以外，没有看到其他人影……

承太郎他们虽然有新的同伴伊奇加入，但因为突然遭受水的替身袭击，使得花京院身受重伤。对于这个不见踪影的敌人，阿布德尔想到一个方法与敌人的攻击对抗，却在即将得手的前一刻被对方看穿。处于绝对劣势的情况不断继续，在这当中，伊奇不知为何却悠闲地在睡觉……敌人的替身拥有一击必杀的威力，而且不知道会从哪里冒出来，再加上他本人应该在距离很远的地方……承太郎他们能找出致胜的契机吗？

与恩多尔交手而受到重伤的花京院与阿布德尔正在医院接受治疗，承太郎等人在阿斯旺的城里稍作歇息。一行人小心戒备，怕敌人的替身前来袭击，波鲁那雷夫决定随机选一间咖啡馆进去喝点东西。然而，那间咖啡馆已经有“克努姆”的替身使身欧因哥与“托特”的替身使者波因哥这两兄弟潜伏在其中。欧因哥假扮成店员，遵照波因哥的替身能力，打算拿有毒的红茶给承太郎他们，但是……

承太郎等人一路寻找小型帆船，为了顺着尼罗河往迪奥所在的开罗。另一方面，在他们一行人附近，在河边行走的农夫恰卡，捡到一把掉在路边的装饰刀。周围的人想要把刀拔出来却完全拔不动，但恰卡一出手，泛着妖异光芒的刀身就显露了出来。紧接着，恰卡心中响起不可思议的声音，原本个性老实的恰卡，像是着魔了一样个性为之大变。那把奇妙的刀，其真正的身份到底是什么……

波鲁那雷夫在康翁波打倒了“阿努比斯神”的替身使者恰卡，却又遭到理发店老板的袭击，他同样自称是“阿努比斯神”的替身。因为这件事，波鲁那雷夫发现恰卡拿着的“刀”才是替身，于是试着反击。然而，记住波鲁那雷夫的战斗方式之后，阿努比斯神以更加强大的力量将他压制。就在波鲁那雷夫面临生死危机，即将被那把刀斩杀的时候，承太郎出现了！

承太郎他们来到了尼罗河中游的城市乐蜀。路途中，乔瑟夫发现旁边的岩石上面装了一个插座，他觉得很不可思议而不经意地伸手触碰，结束却触电了。然而，除了触电以外没有任何异样，因此乔瑟夫毫不在意地去跟承太郎他们会合。之后，他就开始跟小型的金属物品有碰撞，像是左手的义肢状态变得不太好，或是铁锤往他飞过去……

乔瑟夫因为敌人的替身能力，变成身体带着磁力。他们在追查疑一个似敌人替身使者的女人，在那期间布德尔也因为误触插座，变成带着磁力的身体。在磁力的影响下，乔瑟夫他们两人互相吸附在一起，他们努力把黏在一起的身体分开之后，在城里奔跑追逐那个女人。没多久，他们两个终于找到那个一脸悠闲的女替身使者，然而他们却被铁轨吸住，两人的身体再次黏在一起。这时，火车呜着汽笛，朝着他们奔驰而来！

乔瑟夫与阿布德尔在跟玛莱雅对抗的时候，因为他们一直没来会合，承太郎他们感到不对劲，而到卢克索的街上寻找他们。结果，波鲁那雷夫发现有一个男人，带着杀气跟在他身后。正当他想试出男人的真正身份时，男人的影子延伸出来，向波鲁那雷夫的影子靠近。虽然波鲁那雷夫急忙闪开了，但那男人已经趁机逃走。没多久，波鲁那雷夫发现自己的衣服特别宽松……

阿雷西是拥有“赛特神”暗示的敌人替身使者，他藉由替身能力，让波鲁那雷夫的身心都变回孩童。波鲁那雷夫陷入了一片混乱当中，被一位路过的女性所救。然而，在她的家中，阿雷西的魔掌也步步逼近。波鲁那雷夫在浴室受到阿雷西的攻击，全身赤裸地用与他本人一样缩小的替身持续抵抗。波鲁那雷夫好不容易脱离了险境，原本与他在一起的那位大姐姐却不见踪影……

结束了漫长的旅程，承太郎他们终于抵达了目的地──埃及的开罗。他们立刻到附近的咖啡馆开始打听迪奥的宅邸在哪。结果，那里有一位客人静静地说：“那座宅邸我有印象。”乔瑟夫想问出详细地点，那位客人却要求要赌一场来交换情报。虽然乔瑟夫不想浪费任何时间地提议用金钱交换，但波鲁那雷夫却不耐烦地决定和他赌一场……

乔瑟夫与波鲁那雷夫跟敌人的替身使者丹尼尔·J·达比对赌，结果比输灵魂被夺走。承太郎为了夺回他们两人的灵魂，而用“梭哈”跟对方挑战。承太郎在开始赌之前，向达比展示“白金之星”的眼力有多精准，告诉他绝对不可能出千。而开局之后，承太郎立刻抓到达比在发牌时的不轨之举，将他的手指折断！赌上双方灵魂，白热化的梭哈对决，结果如何呢……

荷尔·荷斯在开罗的机场降落，前来追杀正在开罗打听迪奥宅邸的承太郎等人。他跟一个新的搭挡联手，再次准备前去杀死承太郎他们。而他的搭挡就是拥有预言能力的替身使者波因哥。荷尔·荷斯看上了波因哥的预言能力，而强行把他带来开罗，但却还没有完全相信他的预言能力。然而，当他执行完成一开始显示的惊异预言之后，终于相信：“我们两个是无人能敌的组合！”

荷尔·荷斯他们在开罗于到承太郎一行人。荷尔·荷斯虽然照波因哥的预言所说的，在巷子里趁机把手指插进波鲁那雷夫的鼻孔里，但荷尔·荷斯却不知道接下来该怎么做。这时，承太郎他们来找波鲁那雷夫，使得他照预言行动却反而身陷险境。而他又进一步发现波鲁那雷夫在跟同伴打暗号，于是他决定至少要宰掉波鲁那雷夫，就在那一瞬间！？

承太郎等人继续在开罗的城里寻找迪奥的宅邸。阿布德尔拜托他的熟人，一位熟悉开罗街道的墨镜男找寻宅邸的所在之处，一行人暂时在一旁等待他的消息。另一方面，独自在街上乱晃的伊奇，被两只大型犬缠上了。两只狗被伊奇的眼神吓退，而在附近的一座宅邸里的鸟，成为他们下一个目标。然而，那两只狗一进入宅邸里，就被冰柱刺穿了。这突然的变故，让伊奇感到惊愕，这时一只游隼出现在它面前……

伊奇与守护迪奥宅邸的替身使者游隼“宠物店”在下水道展开一场生死决斗。宠物店灵活运用它的游隼自身的优势，以可怕的速度攻击伊奇。伊奇因为宠物店所射出的冰柱，脚上受了重伤，但仍是勉强逃进了河里。然后，在水底做出一座沙堡，打算在河底等到敌人离去，但宠物店却阴魂不散，到底要追杀它到什么时候…

伊奇受伤，但承太郎他们却终于找到了迪奥的宅邸所在。进入宅邸当中，在那里等待他们的是一位自称泰伦斯·T·达比的管家。这个男人是他们之前所打倒的赌徒达比的弟弟，他主动显露自己的替身“亚图姆神”，并展现他的部分能力。在那之后，承太郎、乔瑟夫与花京院立刻落入出现在脚底的异次元空间。三人来到一个有电视游戏的奇妙小岛…

承太郎等人以灵魂为赌注与狂热的达比用电视游戏对决，花京院用赛车游戏挑战达比，在达比的策略之下自己认输，灵魂被夺走。乔瑟夫非常激动，但承太郎只是平静地选择了游戏种类。承太郎选的是棒球游戏，达比大言不惭地说那是他“最拿手”的游戏。达比在其他游戏也有高手级的实力，对面这样的对手，承太郎在比赛开始之后，一举一动都像新手一样生涩。他到底有无胜算！？

承太郎在迪奥的宅邸内与达比用棒球游戏对决，原本应该处于劣势的承太郎，不知为何却开始对达比做投球预告。达比虽然觉得承太郎的行动很可疑，但还是使用他的替身能力判断对方的灵魂状态，想让自己在游戏中取得领先的地位…另一方面，留在迪奥宅邸入口的阿布德尔、波鲁那雷夫与伊奇二人一狗，因为乔瑟夫所设的10分钟时间已经过了，因此没有继续等待他们回来会合，而是开始闯进宅邸里面…

一同走过漫长而危险的旅程，那样的伙伴突然就此告别──。而事态实在是太过轻易而突然，让波鲁那雷夫无法压制自己的感情，他爆发愤怒挥剑到处乱砍，这虽然让看不见身影的敌人受了伤，却也都不足以致命。然而，突然从空间当中出现，对他们发动攻击的敌人神秘替身，却没有停下攻击。为了重新做好准备，波鲁那雷夫与伊奇移动位置，在广阔的居室里背对背迎接敌人的攻击。

在瓦尼拉艾斯毫不留情的攻击下，波鲁那雷夫陷入了绝境。在他准备迎接死亡的时候，濒死的伊奇救了他一命。伊奇的替身在竭尽最后一丝力量之后，渐渐失去了力量。波鲁那雷夫趁机攻击，用剑贯穿了瓦尼拉艾斯的头部。在他的全力一击之下，即使是不死之身，瓦尼拉艾斯也终于倒下。结束一场生死对决之后，波鲁那雷夫强压着自己受伤的身体，前往宿敌迪奥所在之地…

波鲁那雷夫终于见到迪奥。面对展露敌意的波鲁那雷夫，迪奥对他说：“我可以再次把你当成伙伴。”波鲁那雷夫虽然拒绝了他的邀请，却因为某个神秘的现象而无法接近他。波鲁那雷夫认为，至少要看出他的替身有什么能力，因此派出“银色战车”攻击他。而当他正要与迪奥的替身“世界”要交手的瞬间，背后的墙壁崩坍了。出现在那里的是……

对战的舞台移往开始被黑夜包围的开罗街区。面对迪奥，他们的计划是乔瑟夫与花京院且战且逃，承太郎与波鲁那雷夫从后方追击，形成前后夹击的形势。在那当中，花京院“想到了一个试出迪奥替身能力的方法”，而在周围的建筑物上布下陷井。追在花京院身后的迪奥，陷入花京院的“绿色法皇”所布下的封锁阵，受到绿宝石之王喷射的集中炮火攻击……

乔瑟夫透过花京院所遗留的信息，识破了“世界”的能力，却被迪奥无情的攻击所打倒。激动的承太郎用“白金之星”与“世界”挑战出拳狂打，却输给了迪奥的力量。迪奥打算暂停时间，给承太命致命地一击，但在时间静止的世界里发现承太郎的指尖动了一下，让他不由得提起戒心。迪奥脑中闪过了承太郎所说的话──“同一类型的替身”！？

在波鲁那雷夫的奇袭与自己赌上性命所设下的诡计之下，承太郎终于成功反击迪奥。受重伤的迪奥暂停时间想要逃亡，承太郎出拳狂打想给他致命的一击，但没想到那正是迪奥算计好的逃亡路线。承太郎将迪奥打飞，而那前方正是乔瑟夫倒在地上的身体……。迪奥吸完血后身体完全恢复，承太郎的心中怒火燃烧，他没有压抑自己的感情，就那样进入时间静止的世界挑战迪奥，展开最终决战──！