式森和树作了一个不可思议的梦，梦中有个戴著大帽子的女孩对他说：“我们说好了喔”。和树醒来之後虽然感到疑惑，但更重要的是他今天又睡过头了，於是也顾不得梦到什麼，只得急忙赶到学校上课。这天，学校刚好要进行魔法诊断，在这个以魔法的使用次数作为社会地位判断基准的世界中，这是一场非常重要的检查；然而对於魔法使用次数只剩下8次的和树来说，却是他最大的痛苦。为了逃避检查，和树于是装病请假回家，谁知当他打开房门之後，却看见一个美少女正在房间里更衣。

一大早就闯到房里来的夕菜，还有莫名其妙死命拥抱不放的玖里子，再加上动不动就威胁说要杀人的凛，这三个女生的出现让和树顿时不知所措。倒楣的事还不只如此，居然连自己班上的同学也召开了B班法庭，判决禁止和树与夕菜交往，只不过没等到法庭宣判完毕，这三个女生就不顾一切地闯进教室，引发了一场大混乱。後来，和树从仲丸口中得知这些女生其实都只是为了他的基因，并不是真正的喜欢他；为此和树开始变得自暴自弃，并对夕菜说出了很冷淡的话，令夕菜感到十分伤心。

在和树所住的彩云宿舍里，突然出现了一名美少女幽灵伊丽莎白，过去她原本一直住在无人居住的洋房中，不过最近却被人赶了出来。和树与夕菜对于伊丽莎白的遭遇深感同情，於是跑去找那家将伊丽莎白赶出来的不动产仲介商交涉，才知道负责经营这家“风椿不动产”的人就是玖里子。和树与夕菜拜托玖里子让伊丽莎白回到那间洋房居住，但是玖里子却要求和树拿基因来交换。

在葵学园的校园内，最近常常会听见某种奇怪的叫声，玖里子为了追查原因，於是便把和树、夕菜以及凛找来，组成了一支搜查小队。玖里子怀疑，这一切可能是保健室的校医红尉晴明擅自召唤出S等级的召唤兽，并将它藏在那间「打不开的房间」里所导致；不过，红尉完全否认了玖里子对他的质疑。另一方面，夕菜在调查学校仓库的时候，意外发现了一只小黑猫。

“求求你们，让我成为女人！”凛的这句话，让夕菜、玖里子以及和树感到十分震惊。原来是凛所崇拜的生物社学长难波光明要转学了，由於她对学长一直都抱有好感，为了表示自己的心意，所以打算在学长转学前亲手做个便当给他吃。然而，凛却是个超级不擅长煮饭的女人，为了学长她只好向玖里子求救，而玖里子想出的绝招居然是要凛玩变装游戏。

和树的父母打电话来说这个星期天要到宿舍看他，夕菜、玖里子、凛无不觉得这是争取和树父母认同的大好机会，於是便要和树说出他父母喜欢吃的东西；和树想了一下说“大概是鳗鱼吧”，三人闻讯後随即以各自的方式开始准备，打算好好招待和树的父母。凛买来了DVD学习如何露出甜美的笑容，玖里子前往她秘密开发的超级鳗鱼养殖场视察，而夕菜则是把自己锁在房间里不停地发出奇怪的叫声。

“早安！和树”…2年F班的山濑千早，突然出现在和树及夕菜的面前。当夕菜听到和树说千早是他的「童年玩伴」时，整个人顿时紧张了起来。千早希望和树帮忙说服B班，让他们同意与F班在“葵祭”中合作演出戏剧；在听到了F班的提议后，仲丸与其他人想出了一个邪恶的计划，准备好好修理一下品学兼优的F班。然而，和树与夕菜完全不知道同学们的诡计，还一直为了让戏剧能够成功演出而努力准备。

和树最近的身体状况欠佳，夕菜、玖里子、凛三人都为他感到担心。正当他们出门要去上学时，一个小男孩突然从宿舍中冲出与和树撞个正著，而仲丸则是紧追在后准备抓人，虽然取回了被偷走的宝石项鍊，不过最後还是让那个小男孩给跑了。和树到了学校以後，看到仲丸正在教室里向大家炫耀他的宝石，而早上的那名小男孩此时也在学校里出现，和树感觉这其中似乎有什么隐情，于是便追了上去。

玖里子利用风椿家的情报网，终於找到一个号称可以恢复魔法次数的温泉；然而玖里子开出的条件却是“夕菜不可以跟来”，为了让和树的魔法次数能够恢复，夕菜也只好忍痛答应，目送著玖里子与和树向温泉出发。当两人抵达温泉之後，和树才发现玖里子居然只订了一间房间，而且房间里还装有粉红色的灯饰，至於玖里子更是使出各种招数企图诱惑和树上钩。另一方面，夕菜与凛为了保护和树的基因，也在伊丽莎白的协助下赶往温泉。

不论夕菜、玖里子、凛再怎麼的努力，和树剩馀的魔法次数依旧只剩下三次，虽然一旁的人都很为他担心，但和树本人却是完全不把它当一回事似的，仍然悠哉地过著日子。某日，和树等一行人来到了图书馆，他们从某本书上得知，有个叫“音邑榉”的人拥有能够恢复魔法次数的“勾玉”。此时凛突然说：“这个人说不定就是葵学园毕业的学姊，而且以前是隶属於生物社的”，凛的这句话为和树带来了一线希望，只是不知为何，凛在说这些话时表情却显得有点悲伤。

为了帮助只剩下三次魔法可用的和树，夕菜趁著午休的时间来到红尉老师的保健室，想要取回父亲寄来的一种号称“或许可以增加魔法次数的药”。这时候，仲丸和其他同学正在教室里举办一场便当争夺猜拳大赛，和树眼见夕菜一直没有回来又受不了大家的胡搞，於是便与玖里子以及凛一起到保健室找夕菜。就在和树他们刚离开教室不久，夕菜回来了，此刻的夕菜浑身散发著一股诡异的气氛，一直向同学们追问和树的下落。

最近夕菜不知为何一直咳个不停，由於实在咳得太厉害了，所以和树在课上到一半时就带夕菜到保健室休息，只是没隔多久玖里子与凛也跟来了。看到玖里子和凛还是一样满脑子只想夺取和树的基因，照例原本应该怒火全开的夕菜，此刻却对这两人说“玖里子、凛，和树就麻烦你们了”，和树为此感到极度疑惑，转而向红尉老师追问夕菜咳嗽的原因。最後，夕菜来到了学校的中庭，面对着榉树低声说道“我马上就要消失了，马上要与和树分开了。”

和树为了挽救夕菜的生命，终于用尽了他所有的魔法并化成了幽灵。即便如此，夕菜仍然贴心的安慰和树说:“即使变成了幽灵，和树还是和树”。和树在变成幽灵之后，看到自己连书包跟铅笔都无法抓住，不免感到十分沮丧；这时候，校园中突然出现一名神秘的女子一直凝视着和树。她朝着和树走过来，面带诡异笑容问了一句“旧校舍在哪里？”

和树再次遇见了上次那名神秘女子，当和树被这名女子问到：“我是来确认你是否真的想变回人”时，内心顿时产生了动摇。尽管和树追问这名女子是否真有方法让他恢复原状，她却只留下一句“这只是我的假设”，并要和树到郊外的一栋旧宅邸去见她。另一方面，正在背後后调查这名女子的夕菜等一行人，此时也得到了有人目击她曾出入这栋宅邸的消息，而当她们来到这栋宅邸的大门前时，却看到和树正准备开门走进去。

和树居然在保健室摸了凛的胸部，因此差点被凛打个半死。夕菜最近也发现到凛似乎没什么精神，因此就藉著带和树去向凛道歉的机会，顺便问问她是为了什麼在烦恼；凛一听到和树说他为了表示歉意任何事都愿意做，随即要求和树帮忙她一件事。就在和树还来不及搞清楚状况时，突然冒出一个诡异的身影朝着凛扑去！虽然凛立刻抽刀应战，但这道身影却很轻易就避开了凛的攻击，这个人跟凛究竟是什么关系呢？

“难道你觉得我很碍事吗？”由于伊丽莎白感到玖里子对她的态度似乎越来越冷淡，因此觉得非常沮丧。最近的玖里子甚至连学生会的活动都不参加了，放学后就马上离开学校去与某人见面。为了查明真相，夕菜、凛、和树决定在放学后跟踪玖里子，结果他们在车站前看到玖里子与一名男子会合，而且还收下了这名男子的钱。目睹此景，不仅夕菜、凛、和树感到震惊，伊丽莎白的态度更是激动，全身颤抖的伊丽莎白最后终于忍受不住。

今天是魔力诊断日，变成幽灵的和树因为觉得这件事已跟自己无关，所以感到非常沮丧；看到和树这样，夕菜及其他女孩都非常为他担心。诊断结束后，仲丸竟然被通知说他拥有能生下史上最强魔法师的基因，仲丸也因此认为他的时代即将来临，并自认是最适合与夕菜结婚的男人；目睹这一切，和树对於自己迟迟无法恢复感到更加苦恼。另一方面，仲丸在B班同学的怂恿下，居然兴起了征服世界的野心。

2年B班因为校外教学而来到了京都，大家依规定分成几个小组各自活动。与和树同为一组的夕菜，在路上遇见了自己一个人四处参观的班上同学杜崎沙弓，不料此时却突然出现一个身穿白衣的集团，并对沙弓展开攻击；这件事最后虽然平安解决了，但沙弓似乎知道这群人的来历。正当和树与夕菜正专注於其他事情时，这群白衣人居然又再次出现在沙弓面前，并放话说要解决掉沙弓。

和树一行人因为校外教学旅行而来到京都，他们在路上巧遇转学到京都的千早。此时突然发生一种怪现象，那就是当夕菜、玖里子、凛以及千早四个人同时靠近和树时，她们的身体竟然会瞬间变热，而且会同时往和树身上贴过去。为了与和树在京都留下美好回忆，于是四人决定在明天的自由活动中轮流跟和树约会。隔日，和树很愉快地与四个女孩轮流约会，不过却没发现背后跟着一道诡异的身影。

和树与夕菜早上向来都一起出门到学校上课，但是这天当夕菜走出彩云寮时，却发现和树一个人跟管理员寻崎华怜开心的在聊天，为此而感到嫉妒的夕菜，二话不说马上施展出强力魔法惩罚和树。当两人离开宿舍後，华怜发现夕菜忘了带走她的便当，华怜原本是想送便当到学校给和树，但因为大家都还在上课所以没办法见到和树。华怜一边在校园散步著，一边回想起过去发生的种种趣事。

散落四处的灰渐渐回到了和树身上，使得和树慢慢恢复成原有的样子，现在只剩下玖里子与凛身上的灰还没有回到和树体内。玖里子虽然握住和树的手凝视著他，或是利用柔道课故意让自己陷入危机，希望藉此想让灰回到和树身上，但始终无法如愿。最後她决定要去挑衅红尉紫乃，企图为自己带来危机，没想到紫乃却对她说：“要让灰回到和树身上，方法不是重点，重要的是自己的心……”

身上还留有能让和树复活的灰的人，最後只剩下凛一个。然而凛却从紫乃的口中得知和树一旦复活，他的记忆就会跟著消失，凛因此感到十分犹豫，无法做出最後的决定。不过，玖里子却仍为了让和树能早日找回所有的灰而想尽办法，最后甚至要凛与和树一起去游乐场约会。看到凛这阵子一直闷闷不乐，和树于是决定要做某件事让凛恢复原有的笑容。

散落在大家身上的灰终于全都回到和树身上，夕菜与其他人原本很高兴心想这么一来和树就能复活了，可是后来和树不仅没有复活，反倒被原因不明的疼痛困扰而一直躺在床上。这时候千早刚好来找和树，更是让现场陷入一片混乱，而红尉晴明与紫乃这对兄妹也来到和树的房间，紫乃对大家说“现在的和树由於不是幽灵也不是人类，因此陷入了极度不稳定的状态”。如果这种状态持续下去，据说他的精神与肉体将会产生排斥反应，使他永远从这个世界消失。

只要将留在夕菜与千早体内的灰还给和树，他就能复活成为人；然而听说和树一旦复活，他至今的记忆就会完全消失。即使如此，夕菜仍然认为“不管怎样，和树还是和树！”并决定要将身上的灰还给他，只是没想到千早却拒绝这么做。非常害怕和树会把她遗忘的千早，最后一个人跑出了房间，而夕菜、玖里子、凛为了说服千早，因此赶忙追了出去。