“我们还有该做的事情”高杉晋作和桂小五郎替吉田松阴扫完了墓。为了将操纵时间的密宝-时辰仪弄乱的时间流回归原本正确的时间流，他们回到了京都。此时大地发出巨响天空裂开，从“时空裂缝”中出现理应毁坏的时辰仪。拥有了“意志”的时辰仪，开始陷入失控状态！然后身为命中注定的宿敌阻挡在他们面前的，是在上次的战斗中，失去了副长土方岁三的新选组！！而从局长近藤勇口中得知，竟然出现了新的“无限斋”。

“最近在京都接连收到目睹‘鬼火’的情报”高杉和桂寻找着消失的时辰仪，他们从同样在追踪时辰仪下落的德川庆喜那边，接下找出传言真相的委托。另一方面，重新统治巨城须佐之男，身边带着左右手神秘少年森兰丸的”第二代无限斋”，也让部下新选组去寻找时辰仪和鬼火的关系。为何新选组就算再次易主，也要为第二代无限斋效劳呢……在接二连三的混乱当中，空中再次出现时空裂缝！！一片火红熊熊燃烧的物体，它的真面目是——！？

坂本龙马告诉高杉和桂“在洛外的某个村子里，村民遭到来历不明的东西袭击接连丧命”。为了搜索时辰仪，桂在京都陆续搜集关于离奇事件、超常现象的情报，他为了确认传言正打算前往村子调查，然而不知怎的高杉却一反常态，态度消极。在龙马的推荐下，桂于是带上以藏前去。这组特殊搭档被卷入的不可思议事件，以及新的须佐之男十二将的真面目究竟是……！？

“如果土方先生出现的话，就狠狠揍他一拳吧”新选组一番队组长冲田总司，回想起在须佐之男事变中消失的土方。新选组为了搜索时辰仪，再次与高杉他们对峙。此时，时辰仪从时空裂缝中现身了。冲田拿到时辰仪的那一瞬间，整个人头下脚上的被吸进了打开的大裂缝里！醒来的冲田所在的地方，是不存在巨城须佐之男的京都。而那里有着另一个池田屋！“强制搜索！！”循着声音的来源，他看见了土方的身影。

“我们结束侦察回来了！”德川家的御庭番阿霞和阿雹结束巨城须佐之男的密探任务，今天也精神饱满地回到了庆喜他们的身边。帝远远看着年纪还小即使满身伤痕脏污却仍拼命完成任务的两人。某天，阿霞和阿雹对在附近游玩的孩子手上的金平糖十分感兴趣。帝为了她们两人，只身一人出门去京都大街。她们两人担心帝于是追了上去。另一方面，在她们身后，晃动着新须佐之男十二将诡异的身影！？

“最近桂的样子怪怪的”时辰仪的气息消失后，这阵子桂似乎开始独自进行调查时辰仪。高杉很在意他的行动，于是开口找龙马商量。高杉坚持要遵从亡师吉田松阴的教诲，和桂一起拿回时辰仪“让时间回到正确的流向”。然而那是否真是“正确”的事情呢。就在被龙马问到哑口无言之际，他们两人忽然感到有奇怪现象而到了外头。接着发现……他们周遭的时间停止了！！高杉提议趁此机会闯进巨城须佐之男。而他的目的是……

“如果就这样拿到时辰仪，让时间回复原本的流向……”桂推测龙马是不是拿到了时辰仪，于是向龙马坦白了无论如何都希望比高杉早拿到它的原因。龙马即使明白桂的心情，还是彻底岔开了话题，然而他的手中却握著时辰仪。另一方面晴明告诉了高杉“时辰仪是我制作的”，时辰仪是怎样诞生的呢？为了确认真相，晴明用他不可思议的力量回到了过去，在那里的是年幼的帝和晴明――

“他打算用时辰仪做什么！”桂知道龙马得到了时辰仪的事。桂追问以藏目的为何，两人激烈地交手了一番。然而不一会儿，时辰仪启动倒转了时间。以藏对龙马不把时辰仪当回事的态度感到疑惑，而在两人发生小冲突之际，遭到时辰仪的光芒吞噬，看见了意想不到的未来。而感应到时辰仪气息的高杉，则逼问着持续做出诡异举动的桂。另一方面，庆喜透过山崎企图与近藤接触。对于未来，庆喜有深藏心中的炽热信念。

“他们两人是跟我们很有缘的对手呢”冲田与新选组等人发现了龙马与以藏的潜伏地点，而无限斋也出现在那。另一方面，为了不让时辰仪被抢走，龙马和以藏兵分二路，但接下来却被无限斋和新选组逼到绝境。就算为了照顾倒下的山崎，庆喜也想赶紧救出帝而寻求高杉和桂，但他们两人仍旧没和好。在开始变得错综复杂的关系背后，近藤对得到了时辰仪的无限斋所说的话是……

“阿岁…！”近藤看见眼前痛苦的无限斋，用怀念的名字呼唤他。然而出现在那里的森兰丸，却以对主人造反的罪名将其逮捕。另一方面，为了救出帝，高杉等人再次入侵巨城须佐之男。在地牢的更深处……在那里等待着他们的是……捡回一命的以藏，和龙马为了夺回时辰仪展开行动。然后桂终于坦白说出一直以来藏在内心的想法。

京城消失了？“秀野十二将们消失之后，高杉他们眼中蔓延着的荒野--在那样的情况下，晴明说出了惊人的事实。”。巨城秀雄连城都飞向了过去！？与再度出现的无限斋对峙的高杉坠落的面具后面是熟识的面孔。与轰鸣一起，巨城秀野也改变着它的身影。另一方面，注视着消失的巨城秀雄的坂本龙马.手上握着时辰仪。

向巨池进攻的无限斋。为了阻止创造战乱之世的野心，高杉、桂、庆喜、新撰组毅然对抗。即使受伤、倒下，他的意志绝不会扭曲！长期玩弄志士们，无法重来的命运(安里斯塔布·克莱西斯)，此刻终于迎来了终局！？围绕着时辰仪，各自的思念的结局是--.而命运所处的新时代